Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Cars-202ENSMUST00000105909 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Dctn1-205ENSMUST00000113919 4292 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Gal3st4-201ENSMUST00000100530 3162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Akap3-201ENSMUST00000095440 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Gm15622-201ENSMUST00000143025 1464 ntTSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Vrtn-203ENSMUST00000167227 3440 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Dpep2-201ENSMUST00000034373 1702 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Gm26286-201ENSMUST00000104166 134 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Tnnt3-209ENSMUST00000105947 780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Cstl1-201ENSMUST00000109952 629 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Hopx-202ENSMUST00000113453 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Camk1d-202ENSMUST00000114987 1295 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Gm15954-201ENSMUST00000160746 466 ntTSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Slpi-202ENSMUST00000165980 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Abhd14a-203ENSMUST00000171925 1122 ntTSL 3 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Rps13-ps2-201ENSMUST00000182017 453 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Gm7003-201ENSMUST00000195089 312 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
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Usp4P35123 Gm44968-201ENSMUST00000207652 1171 ntTSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 C230062I16Rik-204ENSMUST00000208342 643 ntTSL 3 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 5330413P13Rik-205ENSMUST00000210961 913 ntTSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Ndufaf5-201ENSMUST00000044825 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Elfn1-201ENSMUST00000050519 3832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Wfdc21-201ENSMUST00000070832 434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Snx31-203ENSMUST00000161202 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Trim9-202ENSMUST00000110522 4405 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Stk17b-201ENSMUST00000027263 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Gm45416-201ENSMUST00000209713 2201 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Erlin2-201ENSMUST00000033873 4838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 A230077H06Rik-202ENSMUST00000189574 2477 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Ncf1-202ENSMUST00000111275 2721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Smok3a-201ENSMUST00000085886 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Spata48-201ENSMUST00000020410 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Ribc2-201ENSMUST00000023067 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Dhx34-201ENSMUST00000094816 4073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Ehmt1-203ENSMUST00000102938 4680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Gm17518-201ENSMUST00000181232 1346 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Rbm8a-203ENSMUST00000198027 2757 ntTSL 3 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Gm4593-201ENSMUST00000205334 1555 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Brat1-202ENSMUST00000100505 3431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.51
Usp4P35123 Gm6124-201ENSMUST00000188240 2580 ntBASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Bnc2-202ENSMUST00000107198 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Zbtb45-205ENSMUST00000210282 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 A330033J07Rik-201ENSMUST00000180921 2816 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Raver1-201ENSMUST00000115487 3470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Anxa9-202ENSMUST00000107183 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Map7d2-202ENSMUST00000112470 1350 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 AC109214.1-201ENSMUST00000219520 1372 ntBASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Plin2-201ENSMUST00000000466 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Kcnn3-201ENSMUST00000000811 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Myo1b-201ENSMUST00000018561 4767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Atf7ip2-201ENSMUST00000044005 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Scml2-201ENSMUST00000019101 4842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Fam149a-201ENSMUST00000093526 5469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
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Usp4P35123 Tmem116-209ENSMUST00000156080 1184 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
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Usp4P35123 Gm17099-201ENSMUST00000166780 412 ntTSL 3 BASIC11.83□□□□□ -0.52
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Usp4P35123 Smim22-207ENSMUST00000184439 382 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.83□□□□□ -0.52
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Usp4P35123 Gm28840-208ENSMUST00000191514 738 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
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Usp4P35123 CT009718.3-201ENSMUST00000221116 367 ntBASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Gm14267-206ENSMUST00000226870 1209 ntBASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Cox5a-201ENSMUST00000000090 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Maob-201ENSMUST00000040820 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Npas2-201ENSMUST00000056815 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Tcp10a-202ENSMUST00000128533 2589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Usp5-201ENSMUST00000047510 3213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Ndrg4-203ENSMUST00000080666 2738 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Tmc5-203ENSMUST00000121715 3906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 4933409D19Rik-201ENSMUST00000193674 1557 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Armc1-201ENSMUST00000029125 3673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Bcl2l2-203ENSMUST00000133397 3813 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Arntl2-202ENSMUST00000111636 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Arntl2-203ENSMUST00000111638 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Arntl2-201ENSMUST00000080530 1740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Trak1-201ENSMUST00000045903 4827 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Cd8b1-201ENSMUST00000065248 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Adra2b-202ENSMUST00000104934 4014 ntAPPRIS ALT2 BASIC11.83□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Ttc14-201ENSMUST00000099153 9661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Mfsd4a-204ENSMUST00000126927 2422 ntTSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Dscaml1-201ENSMUST00000034592 6886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Anxa11-202ENSMUST00000112364 1625 ntTSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Gm12799-201ENSMUST00000118151 2560 ntBASIC11.82□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Ppp1r17-201ENSMUST00000052827 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Mff-209ENSMUST00000160972 1358 ntTSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
Usp4P35123 4930594M22Rik-202ENSMUST00000161599 3595 ntTSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Slc38a4-202ENSMUST00000166223 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Als2-204ENSMUST00000163058 5379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
Usp4P35123 Dync1i2-202ENSMUST00000100028 2097 ntTSL 5 BASIC11.82□□□□□ -0.52
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 47.3 ms