Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 D630008O14Rik-201ENSMUST00000144260 1568 ntTSL 2 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Apobec1-201ENSMUST00000112585 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Exosc10-202ENSMUST00000076022 2682 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Armcx6-201ENSMUST00000052431 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm21064-201ENSMUST00000189723 1375 ntTSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm18782-201ENSMUST00000209023 1399 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Phf7-206ENSMUST00000228437 1373 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gmeb1-201ENSMUST00000030733 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Spata2-201ENSMUST00000057627 4012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Fam109b-203ENSMUST00000161178 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Mlc1-202ENSMUST00000109368 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Spaca3-202ENSMUST00000103223 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Arpc3-203ENSMUST00000111713 708 ntTSL 3 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Agbl3-202ENSMUST00000115012 790 ntTSL 3 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gldnos-201ENSMUST00000149237 841 ntTSL 2 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Pde4b-210ENSMUST00000172616 823 ntTSL 5 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 A930009A15Rik-201ENSMUST00000173620 1001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm5706-201ENSMUST00000181525 993 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 C430014B12Rik-201ENSMUST00000181720 1001 ntTSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm38133-201ENSMUST00000195109 815 ntTSL 5 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm38154-201ENSMUST00000195444 340 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm43438-201ENSMUST00000198133 379 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm5717-201ENSMUST00000198243 1062 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm43568-203ENSMUST00000199116 1270 ntTSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Rpl7a-ps2-201ENSMUST00000200554 774 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm45233-201ENSMUST00000203633 898 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm4768-201ENSMUST00000206199 686 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Psenen-203ENSMUST00000207747 669 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm19572-201ENSMUST00000214326 338 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm31793-201ENSMUST00000218557 415 ntTSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm34165-201ENSMUST00000222012 1174 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 AC154484.1-201ENSMUST00000227311 771 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Srd5a2-201ENSMUST00000043458 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Lgals1-201ENSMUST00000089377 800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Ccdc33-202ENSMUST00000098681 1093 ntTSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Tldc2-201ENSMUST00000099140 608 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Htr1b-202ENSMUST00000183482 4724 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Cfap52-201ENSMUST00000021287 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Entpd5-203ENSMUST00000110272 4972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Best1-201ENSMUST00000117346 2080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gtf3c6-206ENSMUST00000217537 2526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 C130060K24Rik-203ENSMUST00000170608 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Txlng-201ENSMUST00000041370 3862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Rad51ap1-202ENSMUST00000112221 1871 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gfra2-201ENSMUST00000022699 3472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Elfn1-201ENSMUST00000050519 3832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Odf2l-202ENSMUST00000098538 2564 ntTSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Stx1b-201ENSMUST00000106267 4536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Mtm1-201ENSMUST00000025391 3286 ntTSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Arhgef2-231ENSMUST00000177498 3966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 D930032P07Rik-201ENSMUST00000181393 1314 ntTSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm3287-205ENSMUST00000228893 1332 ntBASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Med17-201ENSMUST00000034411 3964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Ecsit-201ENSMUST00000098937 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Hpcal4-201ENSMUST00000059667 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Stx7-205ENSMUST00000220041 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gtf2ird1-204ENSMUST00000100652 3693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Zbtb25-205ENSMUST00000176509 1591 ntTSL 2 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 AC123857.2-201ENSMUST00000225756 1582 ntBASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm37031-201ENSMUST00000195487 2530 ntBASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Ldb3-207ENSMUST00000227819 1499 ntBASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Oas1f-201ENSMUST00000057814 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Armcx4-201ENSMUST00000124226 7996 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Ebf3-202ENSMUST00000106118 3736 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Trim46-203ENSMUST00000107464 3252 ntTSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Pde4c-202ENSMUST00000110095 3290 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Chchd3-202ENSMUST00000115091 1363 ntTSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Hsd17b6-201ENSMUST00000026462 1392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Rwdd2a-201ENSMUST00000034988 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Slc1a2-203ENSMUST00000111212 1957 ntTSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Palb2-204ENSMUST00000106469 2559 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm6124-201ENSMUST00000188240 2580 ntBASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Ncor2-202ENSMUST00000086083 8575 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Unc5cl-201ENSMUST00000074574 2838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Cfb-207ENSMUST00000176203 2733 ntTSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Rgs19-205ENSMUST00000108776 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Cldn34d-201ENSMUST00000114054 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm14746-201ENSMUST00000120309 741 ntBASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Ccl25-205ENSMUST00000127460 867 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm10863-205ENSMUST00000148028 905 ntTSL 3 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm13625-201ENSMUST00000149283 480 ntTSL 5 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Pfdn5-205ENSMUST00000166658 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm26600-201ENSMUST00000181637 1256 ntTSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Uba52-ps-201ENSMUST00000183770 379 ntBASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 A630095E13Rik-202ENSMUST00000184611 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm18799-201ENSMUST00000189104 913 ntBASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 1700018A23Rik-201ENSMUST00000201350 398 ntTSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm44559-201ENSMUST00000207177 1012 ntBASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Emp3-203ENSMUST00000210297 601 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Proz-203ENSMUST00000211363 984 ntTSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Olfr1059-ps1-201ENSMUST00000215214 586 ntBASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 AC123830.1-201ENSMUST00000217156 609 ntTSL 3 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm19163-201ENSMUST00000223313 780 ntBASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Lamtor1-201ENSMUST00000033131 1119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Nup37-201ENSMUST00000052355 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Krtap13-201ENSMUST00000053149 882 ntAPPRIS P1 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Olfr1161-201ENSMUST00000054845 1012 ntAPPRIS P1 BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Cts7-201ENSMUST00000021892 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Anxa7-201ENSMUST00000065504 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Bcl7a-202ENSMUST00000117971 4642 ntTSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 79.5 ms