Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Rundc3a-202ENSMUST00000107102 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Rce1-201ENSMUST00000025823 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Fdx1l-201ENSMUST00000010348 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Gusb-202ENSMUST00000111307 932 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Josd2-204ENSMUST00000118628 864 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Stard10-211ENSMUST00000210192 1258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 AC135637.1-201ENSMUST00000227750 365 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Josd2-201ENSMUST00000035844 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Gm29994-201ENSMUST00000195495 1193 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Aifm2-201ENSMUST00000067857 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Sncb-201ENSMUST00000036825 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Gm20049-201ENSMUST00000219950 730 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Morn4-201ENSMUST00000051772 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Kcnip1-201ENSMUST00000065970 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Ntn5-201ENSMUST00000107742 1574 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Gm16076-201ENSMUST00000140116 480 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Mir9-3hg-206ENSMUST00000182937 636 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Gm37856-201ENSMUST00000191634 999 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Gm5408-201ENSMUST00000197998 747 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Akip1-201ENSMUST00000033335 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Wdr33-202ENSMUST00000082319 1152 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Scn4aQ9ER60 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Gm39115-201ENSMUST00000211350 699 ntAPPRIS P1 BASIC28.82■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Gpr62-201ENSMUST00000164834 1977 ntAPPRIS P1 BASIC28.82■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Bean1-205ENSMUST00000212979 2131 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Atp23-201ENSMUST00000026504 903 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 March11-203ENSMUST00000152841 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 U2af1-201ENSMUST00000014684 907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Tpsg1-204ENSMUST00000160920 867 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 U2af1-202ENSMUST00000166526 907 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Smim15-206ENSMUST00000226042 1092 ntAPPRIS P1 BASIC28.8■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Snrpc-201ENSMUST00000071006 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Cept1-203ENSMUST00000121231 2121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Gm16286-205ENSMUST00000127234 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Gm43653-201ENSMUST00000198136 1608 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Setd6-201ENSMUST00000034096 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Vkorc1-202ENSMUST00000119922 387 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Bag5-202ENSMUST00000160576 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Pcyt2-203ENSMUST00000106188 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Setd4-201ENSMUST00000023669 1816 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Moap1-201ENSMUST00000173760 1312 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Rab42-201ENSMUST00000040411 761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Rps23-201ENSMUST00000051955 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Syt6-205ENSMUST00000121834 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 4930444P10Rik-202ENSMUST00000145070 1844 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Sp5-201ENSMUST00000100043 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Gprc5b-204ENSMUST00000208394 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Nipsnap2-205ENSMUST00000186265 1600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Gm6934-201ENSMUST00000194780 1905 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Zcrb1-208ENSMUST00000162160 850 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 A230083G16Rik-201ENSMUST00000069553 991 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Cotl1-202ENSMUST00000168698 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Atp8a1-204ENSMUST00000113652 854 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Gm12473-201ENSMUST00000137535 579 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Dbnl-201ENSMUST00000020769 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Ppt2-204ENSMUST00000168391 1342 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Scn4aQ9ER60 Lhpp-202ENSMUST00000106170 999 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Snhg20-202ENSMUST00000149822 593 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Coro1a-209ENSMUST00000173108 1170 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Mrpl10-202ENSMUST00000054252 744 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 P2rx2-202ENSMUST00000112478 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Gm1673-203ENSMUST00000114383 511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Dcaf15-201ENSMUST00000041367 2312 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 E130307A14Rik-208ENSMUST00000145971 830 ntTSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Usf3-201ENSMUST00000088356 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Lbp-202ENSMUST00000109491 1322 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Zfp653-202ENSMUST00000179605 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Gm3807-201ENSMUST00000193520 1168 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Med30-201ENSMUST00000037115 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Nsg1-204ENSMUST00000201363 820 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 BC107364-201ENSMUST00000093126 1159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 BC107364-202ENSMUST00000098841 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Gm20878-202ENSMUST00000108028 339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 0610010K14Rik-202ENSMUST00000021181 779 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Csf2ra-201ENSMUST00000076046 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Srcap-210ENSMUST00000188124 2048 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Gm13563-202ENSMUST00000150375 851 ntTSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Mettl26-205ENSMUST00000169308 1026 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Mtf2-202ENSMUST00000112626 1968 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Gm20621-202ENSMUST00000176618 1234 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
Scn4aQ9ER60 Gm40460-201ENSMUST00000211591 735 ntAPPRIS P1 BASIC28.7■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Ndufa12-204ENSMUST00000179990 566 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Gm44878-201ENSMUST00000205812 1295 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24 ms