Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Gm6277-202ENSMUST00000224036 2779 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Srsf1-202ENSMUST00000107920 1209 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Pusl1-201ENSMUST00000097737 1243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Klhl2-205ENSMUST00000210166 5126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Srsf2-201ENSMUST00000092404 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Gm7143-201ENSMUST00000222811 859 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Hlx-201ENSMUST00000048572 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Rmdn2-208ENSMUST00000225357 2118 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Fam60a-202ENSMUST00000081956 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Lrrc3b-201ENSMUST00000055211 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Rell2-201ENSMUST00000070709 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Hey1-201ENSMUST00000042412 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Lrfn1-201ENSMUST00000055110 1479 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Gm13042-201ENSMUST00000119244 1955 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Btbd6-201ENSMUST00000002880 2057 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 1700086O06Rik-202ENSMUST00000181871 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Lgi2-201ENSMUST00000039750 6456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Irf5-201ENSMUST00000004392 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Slc22a17-210ENSMUST00000228495 2340 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Rnaset2b-202ENSMUST00000179728 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Gm12669-201ENSMUST00000122162 1009 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Sap30-201ENSMUST00000034022 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Rfx5-205ENSMUST00000107260 2355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Amh-201ENSMUST00000036016 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Tead2-202ENSMUST00000097216 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Gm4553-201ENSMUST00000168049 714 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Gm6899-201ENSMUST00000089614 622 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Stac3-202ENSMUST00000160019 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Picalm-205ENSMUST00000207225 3489 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Carm1-203ENSMUST00000115395 3152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Cep68-202ENSMUST00000109596 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Gm12216-203ENSMUST00000121435 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Stk32c-201ENSMUST00000016125 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Gm10033-202ENSMUST00000211874 928 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 AC122828.1-201ENSMUST00000220785 489 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Gm16286-201ENSMUST00000025463 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Dkk4-201ENSMUST00000033936 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 A930018P22Rik-201ENSMUST00000040374 822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Cotl1-201ENSMUST00000034285 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Prodh-206ENSMUST00000139861 677 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Cacna2d1-207ENSMUST00000196750 1272 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Gm9922-201ENSMUST00000066461 435 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Ppp5c-201ENSMUST00000003183 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Rxrb-203ENSMUST00000173354 1743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Htr7-201ENSMUST00000099505 1606 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Nipa1-201ENSMUST00000052204 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Nab1-201ENSMUST00000069792 3874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 1110004F10Rik-201ENSMUST00000032899 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Lemd3-202ENSMUST00000119944 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 3110082J24Rik-202ENSMUST00000199573 767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Gm40848-201ENSMUST00000221998 324 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Gtsf1-201ENSMUST00000023129 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Pbx2-201ENSMUST00000038149 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Ccdc88a-202ENSMUST00000109477 1716 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 March8-204ENSMUST00000123405 2102 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 E130307A14Rik-201ENSMUST00000129191 2011 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Homer2-201ENSMUST00000026922 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Ly6h-206ENSMUST00000156032 752 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 AV356131-201ENSMUST00000206201 750 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Gm18671-201ENSMUST00000214826 683 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Rps7-203ENSMUST00000221871 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Ly6h-201ENSMUST00000023241 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 5033430I15Rik-201ENSMUST00000038032 729 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Ypel3-201ENSMUST00000038614 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Fbxo6-202ENSMUST00000056965 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Dusp1-201ENSMUST00000025025 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Krt72-201ENSMUST00000071104 1951 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Btbd17-201ENSMUST00000000206 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Gm14486-201ENSMUST00000144704 644 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Mrpl40-201ENSMUST00000023391 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Rras-201ENSMUST00000044111 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Atn1-201ENSMUST00000088357 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col6a1Q04857 Cnpy3-202ENSMUST00000121671 561 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Gm15298-201ENSMUST00000145916 1212 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Gpx1-202ENSMUST00000191997 787 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 4930519A11Rik-202ENSMUST00000221053 667 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Wasl-202ENSMUST00000041737 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Kdm3b-204ENSMUST00000224715 2032 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Psip1-202ENSMUST00000107214 1973 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Gm4430-201ENSMUST00000192413 1943 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Acss2-203ENSMUST00000103142 2145 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Morn4-201ENSMUST00000051772 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Gm26775-201ENSMUST00000180684 2197 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Gm46218-201ENSMUST00000215448 801 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Gar1-201ENSMUST00000029643 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Slc18a3-201ENSMUST00000191501 2413 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 BC037034-205ENSMUST00000159649 2093 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 H2afy-201ENSMUST00000016081 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 S100a6-201ENSMUST00000001051 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Rbm39-202ENSMUST00000109584 667 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Gm13063-201ENSMUST00000132247 669 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Smim1-209ENSMUST00000145527 562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Hacd1-203ENSMUST00000114753 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Morf4l1-211ENSMUST00000191189 1223 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Cystm1-201ENSMUST00000050584 831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.8 ms