Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 AC116345.2-201ENST00000512837 523 ntBASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC015689.1-201ENST00000525365 462 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AP000894.2-204ENST00000577358 473 ntTSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC093330.1-206ENST00000582546 812 ntTSL 3 BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RN7SL555P-201ENST00000584742 339 ntBASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC234782.2-201ENST00000614615 1240 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 LDHAL6B-201ENST00000307144 1693 ntAPPRIS P1 BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RBM46-204ENST00000514866 2315 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 ZNF212-201ENST00000335870 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 KRT77-201ENST00000341809 3305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TSPAN11-201ENST00000261177 5505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CEP63-212ENST00000513612 2903 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 ANAPC5-201ENST00000261819 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 GOLGA8S-201ENST00000562295 1878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RHPN1-201ENST00000289013 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 USP43-202ENST00000570475 3500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TMEM106A-202ENST00000541594 1330 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AL008718.2-201ENST00000609206 1313 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 GLIDR-202ENST00000625350 2588 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 PRKD2-201ENST00000291281 3070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 PRRT2-207ENST00000572820 2403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 ACTL6A-202ENST00000429709 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 C3-201ENST00000245907 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 PIGT-246ENST00000639499 2021 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AL022326.1-201ENST00000434516 1778 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 KRT17-201ENST00000311208 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CRLF2-201ENST00000381566 1545 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CCDC183-AS1-201ENST00000414656 2386 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 WWC2-201ENST00000403733 8826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 UGDH-201ENST00000316423 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 MRPS22-201ENST00000310776 1120 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TNNT2-206ENST00000367320 1007 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NCR3-204ENST00000376073 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NRSN2-201ENST00000382285 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 DMAC2-203ENST00000417807 1065 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 MIR663AHG-201ENST00000427348 1213 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AL590617.2-201ENST00000432673 917 ntTSL 3 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC012360.1-201ENST00000433219 674 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 MYO16-AS1-201ENST00000439299 580 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RN7SL818P-201ENST00000485099 259 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC104561.3-201ENST00000518590 715 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CCNC-217ENST00000523985 958 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 MANEAL-204ENST00000525897 1294 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 SIRT3-210ENST00000529382 1225 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NDUFC2-KCTD14-202ENST00000530054 656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC093525.1-201ENST00000569317 596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AL031282.1-201ENST00000577672 409 ntTSL 3 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 SMIM22-209ENST00000591870 355 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 MAP3K14-AS1-210ENST00000592422 831 ntTSL 3 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC011466.3-201ENST00000596563 852 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RN7SL725P-201ENST00000606439 259 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC073352.2-201ENST00000609385 439 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC011491.1-203ENST00000637688 543 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RLF-201ENST00000372771 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 FGD5P1-202ENST00000614866 2498 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 DCUN1D4-203ENST00000451288 4269 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CYP4F11-203ENST00000402119 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 IPO8-201ENST00000256079 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CFAP36-201ENST00000339012 1373 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 SLC30A5-209ENST00000621204 3999 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 SEPT12-201ENST00000268231 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 SLC51A-201ENST00000296327 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 MBD1-211ENST00000585595 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TMEM63C-201ENST00000298351 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 ARL10-201ENST00000310389 10845 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TBPL2-201ENST00000247219 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC073082.1-201ENST00000602369 2103 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 STAMBPL1-204ENST00000371927 4184 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TBC1D3J-201ENST00000620719 1426 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NFKB2-203ENST00000369966 3101 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AL137783.1-201ENST00000623494 1896 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 INE2-201ENST00000630399 1874 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TOB2-201ENST00000327492 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC011840.2-201ENST00000563063 1520 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 SLIT1-201ENST00000266058 7925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RPS23-201ENST00000296674 3437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 LINC00926-201ENST00000501726 2530 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 GDAP1L1-201ENST00000342560 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AGT-201ENST00000366667 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.4 ms