Protein–RNA interactions for Protein: Q9QXK7

Cpsf3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, mousemouse

Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cpsf3Q9QXK7 Prkar2b-201ENSMUST00000003079 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Pkm-201ENSMUST00000034834 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Ccdc61-201ENSMUST00000098780 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 A030001D20Rik-201ENSMUST00000211533 1542 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Ttc7b-201ENSMUST00000062957 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 1110065P20Rik-206ENSMUST00000185036 1223 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Gm26796-201ENSMUST00000181092 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Ubl4a-206ENSMUST00000155676 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Arhgap27os2-201ENSMUST00000123812 1390 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Ssbp1-203ENSMUST00000117411 933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Rhob-201ENSMUST00000067384 2349 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Cdx1-201ENSMUST00000025521 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Dusp26-201ENSMUST00000036631 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Gm28050-202ENSMUST00000131029 663 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Bcl2l10-201ENSMUST00000034709 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 4430402I18Rik-201ENSMUST00000025872 2152 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Klc3-201ENSMUST00000047170 1901 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Pou3f3-201ENSMUST00000054883 7409 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Cnot6-203ENSMUST00000145353 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Inafm2-201ENSMUST00000149978 3053 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Gm20548-204ENSMUST00000174528 791 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Art1-201ENSMUST00000033300 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Stac3-202ENSMUST00000160019 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Cpsf3Q9QXK7 Gm12504-201ENSMUST00000120860 2231 ntBASIC22.02■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Fam193a-202ENSMUST00000180376 5536 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Gm13042-201ENSMUST00000119244 1955 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 A930012O16Rik-202ENSMUST00000156418 1541 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Prdm13-201ENSMUST00000076206 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Mprip-204ENSMUST00000116371 8766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Polr1d-201ENSMUST00000050970 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Atn1-201ENSMUST00000088357 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Mprip-202ENSMUST00000072031 8718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Rsrc1-202ENSMUST00000065047 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Gm572-201ENSMUST00000105698 1385 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Hsd17b3-202ENSMUST00000166224 1286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Rexo2-208ENSMUST00000216470 454 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 BC037034-201ENSMUST00000048421 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Ier3ip1-201ENSMUST00000026487 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Agps-202ENSMUST00000111952 2589 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Nab1-201ENSMUST00000069792 3874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Fez1-201ENSMUST00000034630 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Dleu2-203ENSMUST00000182259 1437 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 AC140930.3-201ENSMUST00000222935 274 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 2810025M15Rik-201ENSMUST00000061537 1194 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Msantd3-203ENSMUST00000107704 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Bcl3-201ENSMUST00000120537 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Fbxo24-201ENSMUST00000031732 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Galr2-201ENSMUST00000055872 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Rnf44-208ENSMUST00000128257 1689 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Rexo5-201ENSMUST00000033218 1966 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Rxrb-203ENSMUST00000173354 1743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Ubald2-201ENSMUST00000057676 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Ccdc9-201ENSMUST00000041010 2379 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Tcte2-209ENSMUST00000143162 1221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Adad2-201ENSMUST00000098361 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Spast-202ENSMUST00000224711 2066 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Gm14207-203ENSMUST00000156538 988 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 D630002J18Rik-201ENSMUST00000181854 1115 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Gm43530-201ENSMUST00000195920 274 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 1700030C10Rik-203ENSMUST00000189625 1735 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Htra2-202ENSMUST00000113962 1305 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Ccdc85c-201ENSMUST00000136175 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Cpsf3Q9QXK7 Arhgap9-204ENSMUST00000219511 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Cnnm1-201ENSMUST00000165311 5037 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Spint1-201ENSMUST00000028783 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Fance-202ENSMUST00000114801 1751 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Hey1-201ENSMUST00000042412 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Fuz-214ENSMUST00000209132 853 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Rnf187-202ENSMUST00000217262 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 B3galnt1-201ENSMUST00000061826 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Cpeb3-205ENSMUST00000126781 2095 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Plk5-201ENSMUST00000039836 2112 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Dgcr6-209ENSMUST00000155387 1415 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Phf12-202ENSMUST00000108360 3047 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 AC124392.1-201ENSMUST00000225172 5324 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Aatf-201ENSMUST00000018841 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Dcaf15-201ENSMUST00000041367 2312 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 C1qtnf4-201ENSMUST00000111466 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Gm20522-201ENSMUST00000173576 784 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Mapkapk3-208ENSMUST00000192054 944 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Hyi-205ENSMUST00000194248 936 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Gm4553-202ENSMUST00000210925 1044 ntAPPRIS P5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Gltpd2-201ENSMUST00000057685 1216 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 6330562C20Rik-201ENSMUST00000098867 784 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Cacna2d2-205ENSMUST00000168532 5807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Ccne1-201ENSMUST00000108023 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Cpsf3Q9QXK7 Map2k2-202ENSMUST00000105331 1556 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.7 ms