Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Cdkl3-204ENSMUST00000109077 2605 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Usp28Q5I043 Gm4430-201ENSMUST00000192413 1943 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
Usp28Q5I043 Fam49b-202ENSMUST00000164532 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Usp28Q5I043 Trp53rka-201ENSMUST00000039007 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Usp28Q5I043 Cdkn2d-203ENSMUST00000215619 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Usp28Q5I043 P2ry2-202ENSMUST00000178340 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Usp28Q5I043 Krt5-201ENSMUST00000023709 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Usp28Q5I043 Prrt2-206ENSMUST00000202045 429 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Usp28Q5I043 H2afj-202ENSMUST00000203982 577 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Usp28Q5I043 Med25-201ENSMUST00000003049 2619 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Usp28Q5I043 Dusp22-203ENSMUST00000110310 2319 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Usp28Q5I043 Vgf-202ENSMUST00000186451 2277 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Tsen54-201ENSMUST00000021134 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Pdcd2-205ENSMUST00000154293 1924 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Stau2-217ENSMUST00000162751 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Adrb1-201ENSMUST00000038949 2491 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Gm43566-201ENSMUST00000196851 808 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Cacnb1-205ENSMUST00000107562 1745 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Chsy1-201ENSMUST00000036372 4176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Ptov1-201ENSMUST00000046575 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Barhl1-203ENSMUST00000113849 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Serbp1-207ENSMUST00000203436 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Setd4-202ENSMUST00000113951 1826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Galnt11-201ENSMUST00000045737 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Clec3b-201ENSMUST00000026890 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 4930524J08Rik-201ENSMUST00000046721 603 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Doc2a-201ENSMUST00000064110 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Tead1-204ENSMUST00000106638 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Rora-202ENSMUST00000113624 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Paip1-201ENSMUST00000026520 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Rnf8-201ENSMUST00000024817 2077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Gm37035-201ENSMUST00000194809 2148 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Ubtf-213ENSMUST00000178839 4580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Cnpy3-201ENSMUST00000059844 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Tfpt-204ENSMUST00000155592 1091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Ndel1-201ENSMUST00000018880 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Rell2-202ENSMUST00000091932 1995 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Gm26660-201ENSMUST00000181582 2543 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Socs2-213ENSMUST00000170690 2195 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Utp11-201ENSMUST00000030738 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Lpar3-201ENSMUST00000039164 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Ache-209ENSMUST00000196208 1911 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 C1qtnf5-204ENSMUST00000114821 1365 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Fam216a-201ENSMUST00000031419 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 H2-Q2-201ENSMUST00000074806 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Amh-201ENSMUST00000036016 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Fndc4-201ENSMUST00000041266 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Gnas-205ENSMUST00000109083 730 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Pcf11-204ENSMUST00000208058 461 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Sp5-201ENSMUST00000100043 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 1700105P06Rik-201ENSMUST00000186160 1772 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Brd1-203ENSMUST00000109381 4886 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Usp28Q5I043 Fam20b-202ENSMUST00000122424 4532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 D130058E05Rik-201ENSMUST00000173856 1372 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Jkamp-202ENSMUST00000117449 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Nrg3-203ENSMUST00000173780 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Sephs1-202ENSMUST00000115019 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Trpc1-201ENSMUST00000053785 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Ccdc149-202ENSMUST00000198008 2470 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Htra2-201ENSMUST00000089645 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Ntn5-202ENSMUST00000182750 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Dgat1-201ENSMUST00000023214 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Ltk-202ENSMUST00000082130 2767 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Sft2d3-201ENSMUST00000054984 2810 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Celf6-202ENSMUST00000118164 1583 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Ccdc34-201ENSMUST00000028580 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Gtpbp2-217ENSMUST00000172170 2587 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Bloc1s5-202ENSMUST00000224115 1020 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Sh3bp1-204ENSMUST00000109698 1923 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Map4k3-202ENSMUST00000112389 4231 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Smim19-202ENSMUST00000163774 1435 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Sys1-202ENSMUST00000109352 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Psmg1-202ENSMUST00000117044 807 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Dleu2-209ENSMUST00000182957 352 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Bola3-207ENSMUST00000136501 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Hoxd13-201ENSMUST00000001872 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Ptger3-202ENSMUST00000173533 2097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Exoc3l2-201ENSMUST00000011407 2200 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Ift57-201ENSMUST00000046777 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Chml-203ENSMUST00000210367 1324 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Ercc6l2-208ENSMUST00000144763 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Ccnd3-218ENSMUST00000183177 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Eif2ak4-207ENSMUST00000110877 2134 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Pink1-201ENSMUST00000030536 2375 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Lmtk3-202ENSMUST00000120005 4997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Kcnq5-201ENSMUST00000029667 6562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
Usp28Q5I043 Qsox2-201ENSMUST00000036187 2559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Usp28Q5I043 Klrg2-201ENSMUST00000096030 2276 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Usp28Q5I043 Zfp653-202ENSMUST00000179605 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Usp28Q5I043 Zbed3-201ENSMUST00000045909 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Usp28Q5I043 Tmem238-201ENSMUST00000168578 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Usp28Q5I043 Ccdc177-201ENSMUST00000073251 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Usp28Q5I043 Smad2-205ENSMUST00000168423 2857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Usp28Q5I043 Usp2-202ENSMUST00000065461 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10.9 ms