Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Rfc5-202ENSMUST00000111953 772 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Mrpl52-204ENSMUST00000199195 463 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Gm43060-201ENSMUST00000200621 289 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 D830025C05Rik-201ENSMUST00000059474 976 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Mecp2-201ENSMUST00000033770 1739 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Fip1l1-202ENSMUST00000113534 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Dyrk2-201ENSMUST00000004281 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Gsc-201ENSMUST00000021513 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Eri3-201ENSMUST00000037127 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Bend6-201ENSMUST00000062289 2487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Dmtn-209ENSMUST00000228295 2572 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Ttc7b-201ENSMUST00000062957 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Mageb3-201ENSMUST00000104936 2341 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Kdelr3-201ENSMUST00000010974 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Gpx4-202ENSMUST00000105372 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Neurl1b-203ENSMUST00000183077 1084 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Gm43759-201ENSMUST00000196925 1261 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Txnrd2-213ENSMUST00000178093 1785 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Paqr3-203ENSMUST00000112969 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Trim9-208ENSMUST00000221370 2393 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Pim3-201ENSMUST00000042818 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Gnpnat1-201ENSMUST00000046191 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Adamtsl5-202ENSMUST00000105352 989 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Hmgn2-204ENSMUST00000105893 973 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Gm44731-201ENSMUST00000203086 542 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Akr7a5-201ENSMUST00000073787 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Rab20-201ENSMUST00000033900 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Col6a1Q04857 Gm26766-202ENSMUST00000227544 2347 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 D030056L22Rik-202ENSMUST00000062753 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Dhps-201ENSMUST00000078665 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Kcnj12-202ENSMUST00000089184 2291 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Pink1-203ENSMUST00000105817 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Taf4-204ENSMUST00000227325 4380 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Rnf39-202ENSMUST00000173072 631 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Gm9780-201ENSMUST00000184272 350 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Gm38165-201ENSMUST00000191654 486 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Lgals7-201ENSMUST00000081457 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Cebpa-202ENSMUST00000205391 2161 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 March2-206ENSMUST00000173329 2566 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Fbxl3-204ENSMUST00000132004 2534 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Gm13448-201ENSMUST00000143469 1847 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Fbxl6-201ENSMUST00000023219 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Fam149b-204ENSMUST00000090503 2053 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Pstpip1-201ENSMUST00000059206 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Gm6085-201ENSMUST00000182774 1470 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Gpx7-201ENSMUST00000030332 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Ninj1-201ENSMUST00000049022 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Smurf2-202ENSMUST00000103067 5290 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Gm10129-202ENSMUST00000193100 1316 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Gm11650-201ENSMUST00000141271 1145 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Tor3a-208ENSMUST00000190607 453 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Gm20163-202ENSMUST00000212288 989 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Nisch-201ENSMUST00000022469 5559 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Dnajb2-206ENSMUST00000187058 1732 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Pou6f1-202ENSMUST00000073837 4953 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Ppm1g-205ENSMUST00000202294 1868 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Mrpl52-201ENSMUST00000010550 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 0610010K14Rik-208ENSMUST00000108578 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Gm15270-201ENSMUST00000125158 870 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Gm7160-202ENSMUST00000188519 1027 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Gamt-201ENSMUST00000020359 979 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Gm45168-202ENSMUST00000206461 1069 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Vamp5-201ENSMUST00000074231 553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Podxl2-210ENSMUST00000145944 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Cox16-207ENSMUST00000169124 685 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Tmbim4-201ENSMUST00000020446 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 B230217C12Rik-201ENSMUST00000054783 1189 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Tspan17-202ENSMUST00000099503 822 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Ndrg2-202ENSMUST00000111632 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 C1ql2-201ENSMUST00000037286 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Marc1-201ENSMUST00000048462 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Apoe-206ENSMUST00000174064 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Kcnd3os-201ENSMUST00000130683 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Spcs1-204ENSMUST00000226782 949 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Emc9-201ENSMUST00000022828 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 Slc25a3-203ENSMUST00000164505 1483 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 4930507D05Rik-201ENSMUST00000181110 1834 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Col6a1Q04857 AC158990.1-201ENSMUST00000221450 2016 ntBASIC22.52■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Creb1-204ENSMUST00000185594 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Mpzl1-201ENSMUST00000068705 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 D630036H23Rik-201ENSMUST00000171007 940 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Sumo3-209ENSMUST00000174113 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 G630030J09Rik-201ENSMUST00000181958 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 C1galt1-201ENSMUST00000040159 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Ubald2-201ENSMUST00000057676 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Arhgef26-201ENSMUST00000079300 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Ltb4r2-201ENSMUST00000044554 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Col6a1Q04857 Grap-201ENSMUST00000004959 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37.1 ms