Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 AB124611-203ENSMUST00000173769 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Selenos-205ENSMUST00000206575 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Mrpl2-201ENSMUST00000002844 1031 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 A930012O16Rik-202ENSMUST00000156418 1541 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Acot3-203ENSMUST00000223080 1545 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Ctage5-203ENSMUST00000170992 2785 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Terf2-204ENSMUST00000133925 2666 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Stac3-202ENSMUST00000160019 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Stx18-202ENSMUST00000042146 1473 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Susd6-203ENSMUST00000220238 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Banp-202ENSMUST00000093078 2289 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Dact1-202ENSMUST00000150639 2448 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Tmem120b-201ENSMUST00000067505 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Ptpn4-203ENSMUST00000163435 2365 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Pou2f2-204ENSMUST00000108416 1754 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Lgi2-202ENSMUST00000199942 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Klc1-201ENSMUST00000084941 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Kazald1-201ENSMUST00000026234 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Grap-201ENSMUST00000004959 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Gm10941-201ENSMUST00000105408 708 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Gon7-201ENSMUST00000173969 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Cotl1-201ENSMUST00000034285 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Coq10a-201ENSMUST00000043211 1421 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Mxi1-202ENSMUST00000025998 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Dhrs13-201ENSMUST00000021187 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Klhl22-201ENSMUST00000117192 2754 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Foxo6-201ENSMUST00000102656 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Nabp2-202ENSMUST00000164199 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Ppa1-201ENSMUST00000020286 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Creb1-204ENSMUST00000185594 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 9230116N13Rik-201ENSMUST00000181746 2097 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 H2-Q7-204ENSMUST00000116598 1134 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Jtb-202ENSMUST00000119304 878 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Fbxl15-202ENSMUST00000177667 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Rab28-201ENSMUST00000031011 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Camk1-201ENSMUST00000032409 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 P4ha3-201ENSMUST00000057023 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Hyal2-201ENSMUST00000010191 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Wipi1-202ENSMUST00000103060 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Bdh1-201ENSMUST00000089759 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 E130208F15Rik-201ENSMUST00000098585 1733 ntAPPRIS P1 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Dus1l-209ENSMUST00000167023 1909 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Dus1l-201ENSMUST00000026151 1930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Dapk1-202ENSMUST00000077453 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Antxr1-204ENSMUST00000204805 2156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Wdfy1-202ENSMUST00000113510 704 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Wdfy1-203ENSMUST00000113511 704 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Gm15867-201ENSMUST00000159407 388 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Gm37564-201ENSMUST00000195000 330 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Wdfy1-201ENSMUST00000048820 717 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Eef1a2-201ENSMUST00000055990 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Insm2-201ENSMUST00000051857 2660 ntAPPRIS P1 BASIC17.66■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Ovol2-201ENSMUST00000037423 1539 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Tpst2-201ENSMUST00000031287 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Gm21988-202ENSMUST00000176268 1621 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 AC166356.1-201ENSMUST00000228236 1426 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Mfn1-201ENSMUST00000091257 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Taf4-204ENSMUST00000227325 4380 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Rnf187-201ENSMUST00000094151 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Aktip-201ENSMUST00000109609 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Gm43173-201ENSMUST00000202246 593 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Rspo1-201ENSMUST00000030687 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Acsl6-209ENSMUST00000108904 2594 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Zfp287-205ENSMUST00000150336 1605 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Nkx3-1P97436 Ggnbp2-202ENSMUST00000100686 2275 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Rdh14-201ENSMUST00000020947 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Aars-201ENSMUST00000034441 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Gm12251-201ENSMUST00000117893 792 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Gm43530-201ENSMUST00000195920 274 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Gm5297-201ENSMUST00000198555 1171 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Krtap5-4-201ENSMUST00000061403 1046 ntAPPRIS P1 BASIC17.64■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Fabp3-201ENSMUST00000070532 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Slc16a11-205ENSMUST00000126388 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 2010300C02Rik-203ENSMUST00000162875 4634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Osbp-201ENSMUST00000025590 4578 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Triobp-201ENSMUST00000109687 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Ssbp1-205ENSMUST00000121360 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 E130218I03Rik-201ENSMUST00000122952 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Rpusd3-204ENSMUST00000129047 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Gm15908-201ENSMUST00000154345 1091 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 D830025C05Rik-201ENSMUST00000059474 976 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Rpusd3-201ENSMUST00000060634 1224 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Dtd2-202ENSMUST00000085404 1012 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Lmtk3-202ENSMUST00000120005 4997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Zfp653-202ENSMUST00000179605 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 1110004F10Rik-201ENSMUST00000032899 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Rfwd2-201ENSMUST00000076894 5116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Sp5-201ENSMUST00000100043 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Tpm1-212ENSMUST00000113696 1714 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Ypel1-202ENSMUST00000090199 631 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Kdelr3-201ENSMUST00000010974 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Rhno1-203ENSMUST00000112152 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Nkx3-1P97436 Msantd3-203ENSMUST00000107704 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.1 ms