Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Sdsl-201ENSMUST00000031594 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Nr0b1-201ENSMUST00000026036 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Cep68-202ENSMUST00000109596 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Hes3-202ENSMUST00000218045 962 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Rer1-201ENSMUST00000030914 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Tomm40-202ENSMUST00000093552 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Mta3-204ENSMUST00000112352 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Gm29394-202ENSMUST00000176935 1326 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Rhno1-202ENSMUST00000112151 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Mvb12a-201ENSMUST00000034272 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Tekt5-201ENSMUST00000043415 1803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Gm44949-201ENSMUST00000206423 1450 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Polr2c-201ENSMUST00000109521 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Adrm1-201ENSMUST00000061437 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Polr2j-202ENSMUST00000111127 900 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Npm3-ps1-201ENSMUST00000119728 528 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Npm3-201ENSMUST00000070215 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Rell2-212ENSMUST00000177058 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Setd6-201ENSMUST00000034096 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Srsf2-201ENSMUST00000092404 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Ovol2-201ENSMUST00000037423 1539 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Bsg-205ENSMUST00000179781 1261 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Rabac1-203ENSMUST00000205871 986 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Tfg-202ENSMUST00000121554 716 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 H2-Ab1-201ENSMUST00000040828 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Gpx1-201ENSMUST00000082429 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Zfp653-202ENSMUST00000179605 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 1810010K12Rik-201ENSMUST00000070378 1324 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
Col18a1P39061 Ypel3-204ENSMUST00000106359 469 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Spr-202ENSMUST00000174286 775 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Arhgap8-201ENSMUST00000006029 1527 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Mapk12-201ENSMUST00000088827 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 E130208F15Rik-201ENSMUST00000098585 1733 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Pou2f2-210ENSMUST00000176408 1697 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Bdh1-201ENSMUST00000089759 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 AI507597-201ENSMUST00000140726 880 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Gm17041-201ENSMUST00000163196 479 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Gpr62-201ENSMUST00000164834 1977 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Gm11175-202ENSMUST00000211380 408 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Myadml2-201ENSMUST00000026134 931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Snx21-206ENSMUST00000174070 1446 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Hsp25-ps1-201ENSMUST00000109187 630 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Gm14281-201ENSMUST00000121700 1294 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Gm44732-201ENSMUST00000208055 635 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Ltk-205ENSMUST00000140224 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 P4hb-203ENSMUST00000168360 770 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Gm10252-201ENSMUST00000209541 832 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Spaca1-201ENSMUST00000029927 1197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Spaca1-202ENSMUST00000084734 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Mrpl12-201ENSMUST00000043627 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Dcaf15-201ENSMUST00000041367 2312 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Nle1-201ENSMUST00000103213 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Dtymk-202ENSMUST00000112890 1055 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Kctd8-202ENSMUST00000087231 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Gm27151-202ENSMUST00000185015 1145 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Cox18-202ENSMUST00000118816 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Col18a1P39061 Gm27045-201ENSMUST00000182145 1402 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Rce1-201ENSMUST00000025823 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Dbnl-201ENSMUST00000020769 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Fance-204ENSMUST00000114804 1842 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Ap3s1-204ENSMUST00000225520 957 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Hsd17b2-201ENSMUST00000034304 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Gm16286-205ENSMUST00000127234 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Pitx3-201ENSMUST00000026259 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Gas5-217ENSMUST00000161005 430 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Rps2-ps3-201ENSMUST00000213102 832 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Pts-208ENSMUST00000215416 439 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Park7-201ENSMUST00000030805 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Ly6h-204ENSMUST00000127095 1336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Gm13234-201ENSMUST00000120010 747 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Gm17098-201ENSMUST00000166507 628 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Cmc1-201ENSMUST00000044220 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Gm4968-201ENSMUST00000071458 858 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Mgll-205ENSMUST00000150180 1312 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 0610038B21Rik-202ENSMUST00000184762 1524 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Cblc-201ENSMUST00000043822 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Emc6-202ENSMUST00000108480 563 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 1700125G02Rik-201ENSMUST00000154947 519 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 2310068J16Rik-201ENSMUST00000188271 1124 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Vkorc1l1-202ENSMUST00000073945 650 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Aurkaip1-203ENSMUST00000105592 1029 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 1700003N22Rik-201ENSMUST00000194834 808 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Gm44210-201ENSMUST00000205253 713 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 1700028I16Rik-201ENSMUST00000076984 1048 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Syt6-205ENSMUST00000121834 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Col18a1P39061 Eif1-201ENSMUST00000049385 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.4 ms