Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Mrps33-202ENSMUST00000114797 500 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm4917-201ENSMUST00000121452 650 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Mir1893-201ENSMUST00000122565 83 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm31466-201ENSMUST00000195457 916 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm9353-201ENSMUST00000200472 604 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm33080-201ENSMUST00000205429 172 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Hpf1-201ENSMUST00000037190 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Cysrt1-201ENSMUST00000043379 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Zfp868-201ENSMUST00000074982 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Shroom3-211ENSMUST00000225438 5742 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm9864-201ENSMUST00000090043 1656 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Ptk2-202ENSMUST00000170939 3598 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Gm807-201ENSMUST00000181742 1723 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Rffl-201ENSMUST00000021036 1719 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Pou6f1-201ENSMUST00000058274 2523 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Rai2-201ENSMUST00000061514 2204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Usp36-202ENSMUST00000106296 5655 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Atp5s-201ENSMUST00000021372 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Tepsin-202ENSMUST00000093901 2770 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Scn4aQ9ER60 Tmem220-201ENSMUST00000061786 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Cd14-201ENSMUST00000061829 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm7841-201ENSMUST00000122108 1629 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Spem2-201ENSMUST00000056941 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Ssfa2-201ENSMUST00000111784 4999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm15353-201ENSMUST00000110860 702 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm13071-201ENSMUST00000122237 376 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Ccpg1os-201ENSMUST00000124565 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm16184-201ENSMUST00000162324 573 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Atad3aos-204ENSMUST00000174185 482 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 CR974487.1-201ENSMUST00000220984 413 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm10848-201ENSMUST00000192361 1811 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Xpo1-202ENSMUST00000102869 6004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Dcaf11-204ENSMUST00000121622 2379 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Astl-201ENSMUST00000059839 2377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Cnnm2-201ENSMUST00000077666 3492 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Anapc11-201ENSMUST00000026128 3229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Baiap2l1-201ENSMUST00000055190 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Anks1b-202ENSMUST00000099366 2549 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Etv6-201ENSMUST00000081028 5545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Cldn34c1-201ENSMUST00000113343 3301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Myt1l-204ENSMUST00000218198 2735 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Arhgef40-220ENSMUST00000182909 5108 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Fgf2-208ENSMUST00000200585 5973 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Espn-220ENSMUST00000207676 4618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Olfr1060-ps1-201ENSMUST00000118335 943 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Has2os-202ENSMUST00000163314 633 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Ppp1r2-ps1-201ENSMUST00000178232 621 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Ppp1r2-ps6-201ENSMUST00000179333 621 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 1010001N08Rik-202ENSMUST00000181316 728 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm30052-201ENSMUST00000211951 913 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Slc10a4-202ENSMUST00000201304 1419 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Ccdc83-201ENSMUST00000040413 1546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Zfp14-201ENSMUST00000077787 1506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm2464-201ENSMUST00000180838 2551 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Tctn2-207ENSMUST00000185820 2733 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 D830024N08Rik-201ENSMUST00000212132 2899 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Rnf111-201ENSMUST00000034739 4880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Tmem25-201ENSMUST00000002100 2448 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Dnmt3b-204ENSMUST00000088976 4130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Pacs1-201ENSMUST00000025786 4339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Ncln-202ENSMUST00000118498 2841 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Myo1d-202ENSMUST00000070997 3106 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm5148-203ENSMUST00000108105 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm14630-201ENSMUST00000118057 246 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm14571-201ENSMUST00000118292 570 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm8661-201ENSMUST00000118688 992 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm25804-201ENSMUST00000122785 188 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Stamos-201ENSMUST00000152524 801 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm6970-201ENSMUST00000169692 666 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm9639-201ENSMUST00000172205 678 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm37590-201ENSMUST00000193294 603 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 9530062K07Rik-201ENSMUST00000203332 787 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm45808-201ENSMUST00000210701 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 AC123698.1-201ENSMUST00000227090 402 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 1700069L16Rik-201ENSMUST00000047891 537 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Cxcr1-201ENSMUST00000053389 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Tmem56-203ENSMUST00000128909 6696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Eddm3b-201ENSMUST00000100645 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Usp27x-203ENSMUST00000191497 4273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 AC132833.1-202ENSMUST00000228875 1690 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Tmprss4-201ENSMUST00000034599 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Llgl1-201ENSMUST00000052346 4303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Ubap2l-204ENSMUST00000195995 3516 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Kcnk13-201ENSMUST00000049788 3078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Ccdc27-201ENSMUST00000047207 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Fancc-218ENSMUST00000220684 2006 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Eef1a1-201ENSMUST00000042235 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Lgals9-203ENSMUST00000108269 1586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Tacc1-201ENSMUST00000084030 7788 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Trim6-206ENSMUST00000214578 1506 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Nrsn2-201ENSMUST00000079278 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm12679-201ENSMUST00000123899 636 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm42859-201ENSMUST00000199572 193 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm35239-201ENSMUST00000218346 487 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Cdk19-201ENSMUST00000044672 5807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Rfx7-202ENSMUST00000163401 7880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Tfap2c-202ENSMUST00000099058 2985 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Wdr47-201ENSMUST00000051145 4222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 AC241621.2-201ENSMUST00000223991 2151 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
Scn4aQ9ER60 Gm8522-201ENSMUST00000118416 1929 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 83.4 ms