Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Gm44755-201ENSMUST00000207830 2102 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gdf10-201ENSMUST00000168727 5210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Nop16-201ENSMUST00000026987 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Tpd52l2-202ENSMUST00000069712 1799 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Brinp2-201ENSMUST00000004133 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 A530032D15Rik-201ENSMUST00000160792 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim28Q62318 Olfr56-202ENSMUST00000102785 1930 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Olfr56-203ENSMUST00000179282 1935 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 AC166574.4-201ENSMUST00000227165 1937 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Arcn1-201ENSMUST00000034607 4072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Tbx3-203ENSMUST00000121021 4777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Chrna10-201ENSMUST00000084830 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Foxo3-203ENSMUST00000105502 6848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm18294-201ENSMUST00000176980 1748 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Irf5-202ENSMUST00000163511 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 AL732309.2-201ENSMUST00000228052 3210 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Cfb-202ENSMUST00000128767 2751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Flywch1-201ENSMUST00000045517 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Krtap4-9-201ENSMUST00000105059 1059 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm15617-201ENSMUST00000118973 771 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm12030-201ENSMUST00000121917 223 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Nop56-204ENSMUST00000136621 868 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm20536-201ENSMUST00000172588 406 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 1700021P04Rik-201ENSMUST00000178667 659 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Rbp2-202ENSMUST00000187905 611 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm44323-201ENSMUST00000198689 129 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm9139-201ENSMUST00000218817 700 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 AC099934.4-201ENSMUST00000220745 523 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Mgp-201ENSMUST00000032342 617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Fam212a-201ENSMUST00000048568 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 1700036A12Rik-202ENSMUST00000190053 1828 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Ppp6r3-202ENSMUST00000113997 4952 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Epha5-204ENSMUST00000113401 5158 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Coro2b-201ENSMUST00000048043 3610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 D230017M19Rik-201ENSMUST00000180722 3096 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Ptn-202ENSMUST00000201321 2558 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Disp1-205ENSMUST00000195372 4901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Txndc5-204ENSMUST00000162075 2619 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Prr18-202ENSMUST00000163887 3251 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 E430018J23Rik-203ENSMUST00000165495 3324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Emp1-202ENSMUST00000111907 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm45416-201ENSMUST00000209713 2201 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Trim28Q62318 Mgl2-205ENSMUST00000165951 1635 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Slc22a4-201ENSMUST00000020586 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Appl1-201ENSMUST00000036570 7642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Cpne1-201ENSMUST00000079312 1683 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Vtn-201ENSMUST00000017488 1744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Fancc-214ENSMUST00000161977 3111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Ankrd34c-202ENSMUST00000185470 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Pou6f1-201ENSMUST00000058274 2523 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Tgm2-201ENSMUST00000103122 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 1110032A03Rik-201ENSMUST00000042468 2082 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Tomm5-202ENSMUST00000107808 679 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm12990-201ENSMUST00000120372 468 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm16347-202ENSMUST00000149000 772 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Ddt-202ENSMUST00000172820 574 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm19246-201ENSMUST00000173599 255 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Isl1-202ENSMUST00000176044 1198 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm29155-201ENSMUST00000185910 269 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm43058-201ENSMUST00000197645 625 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Fxr1-204ENSMUST00000197694 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm3793-201ENSMUST00000204973 672 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm3028-201ENSMUST00000213805 1119 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm34973-201ENSMUST00000217087 572 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm10254-201ENSMUST00000052888 867 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Fpr-rs3-201ENSMUST00000071189 1032 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Vmn1r220-201ENSMUST00000072385 897 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm16380-201ENSMUST00000077997 478 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Zrsr2-201ENSMUST00000090840 3867 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Adarb1-201ENSMUST00000020496 6549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Accsl-201ENSMUST00000099690 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Fam47e-203ENSMUST00000146417 1357 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Gm9544-201ENSMUST00000223349 2482 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Fam83h-201ENSMUST00000060807 4502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Paqr5-201ENSMUST00000034817 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Med12l-203ENSMUST00000040846 3747 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Ap3d1-201ENSMUST00000020420 4805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Bmp4-202ENSMUST00000100676 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Col20a1-205ENSMUST00000228434 5012 ntAPPRIS P2 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Sgca-202ENSMUST00000103162 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Lrp1-203ENSMUST00000121829 2887 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim28Q62318 Ces3a-201ENSMUST00000093222 2046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trim28Q62318 Paupar-201ENSMUST00000194826 3482 ntBASIC15.05■□□□□ 0
Trim28Q62318 Rgs12-201ENSMUST00000030984 5472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trim28Q62318 Med25-211ENSMUST00000208551 2678 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
Trim28Q62318 Vps4b-202ENSMUST00000112736 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trim28Q62318 Golim4-202ENSMUST00000117242 4551 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trim28Q62318 Cmklr1-201ENSMUST00000047936 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trim28Q62318 Pik3cd-203ENSMUST00000105689 3132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Trim28Q62318 Trmt10b-202ENSMUST00000107800 983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Trim28Q62318 Olfr269-ps1-201ENSMUST00000120783 302 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Trim28Q62318 Nhp2-202ENSMUST00000127405 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Trim28Q62318 Zfp133-ps-204ENSMUST00000149523 424 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
Trim28Q62318 Gm16553-201ENSMUST00000160490 716 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
Trim28Q62318 Mir6958-201ENSMUST00000184207 73 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Trim28Q62318 Gm29261-201ENSMUST00000188535 678 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Trim28Q62318 Gm9884-201ENSMUST00000194343 1222 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Trim28Q62318 Diablo-210ENSMUST00000200247 748 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Trim28Q62318 Gm3726-201ENSMUST00000203110 785 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Trim28Q62318 Eny2-204ENSMUST00000226827 558 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 147.6 ms