Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Gm11627-201ENSMUST00000107080 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Hyal2-203ENSMUST00000193747 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Tmem239-201ENSMUST00000055421 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Henmt1-201ENSMUST00000059946 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Rspo1-201ENSMUST00000030687 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Tomm6-201ENSMUST00000113301 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Tmem147-201ENSMUST00000006478 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Ptrh1-201ENSMUST00000066352 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Fancf-201ENSMUST00000169357 1691 ntAPPRIS P1 BASIC29.23■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Cmc1-202ENSMUST00000215799 531 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Cldn3-201ENSMUST00000094245 1259 ntAPPRIS P1 BASIC29.23■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Mrpl12-201ENSMUST00000043627 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 M5C1000I18Rik-202ENSMUST00000186205 1414 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Grtp1-207ENSMUST00000211128 1416 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Wdsub1-202ENSMUST00000102751 1526 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Polr2j-202ENSMUST00000111127 900 ntTSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Zfp428-201ENSMUST00000071361 1182 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 AC166356.1-201ENSMUST00000228236 1426 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Nrbp2-208ENSMUST00000228366 1863 ntAPPRIS P1 BASIC29.22■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Homer2-201ENSMUST00000026922 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Rgs19-207ENSMUST00000108779 642 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Gm11421-201ENSMUST00000122124 294 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Gm8520-201ENSMUST00000186517 868 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 D130020L05Rik-202ENSMUST00000220889 769 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 AC161052.2-201ENSMUST00000220969 1375 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Rpusd3-202ENSMUST00000113092 1269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Jsrp1-203ENSMUST00000181039 1108 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Fam228b-205ENSMUST00000218575 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 A930012O16Rik-202ENSMUST00000156418 1541 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Gm29394-202ENSMUST00000176935 1326 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Atraid-201ENSMUST00000013766 966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Opn3-201ENSMUST00000027809 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Cetn3-201ENSMUST00000022009 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Avl9-203ENSMUST00000177249 1614 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Kcna3-201ENSMUST00000052718 1902 ntAPPRIS P1 BASIC29.18■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Gm29241-201ENSMUST00000189260 1096 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Mir5133-201ENSMUST00000174955 77 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 1700101I19Rik-202ENSMUST00000186712 510 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Gng5-201ENSMUST00000090031 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Gm43859-201ENSMUST00000200075 1412 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Rell2-201ENSMUST00000070709 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 1700030C12Rik-201ENSMUST00000101462 858 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Vkorc1l1-202ENSMUST00000073945 650 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Nnat-201ENSMUST00000088484 458 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 1700023F06Rik-202ENSMUST00000107026 1127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Gm13168-201ENSMUST00000121771 632 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Fam98c-203ENSMUST00000134176 1189 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 1700125G02Rik-201ENSMUST00000154947 519 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Arhgap27-202ENSMUST00000092557 1504 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Mrps23-203ENSMUST00000118784 1404 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Deptor-203ENSMUST00000100660 1377 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Scn4aQ9ER60 Chkb-201ENSMUST00000023289 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Foxj3-209ENSMUST00000162267 1391 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 P4hb-203ENSMUST00000168360 770 ntTSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Gm45894-202ENSMUST00000212728 1097 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Hes3-202ENSMUST00000218045 962 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Psmb5-201ENSMUST00000022803 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Gm13234-201ENSMUST00000120010 747 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Gm42555-201ENSMUST00000199304 1039 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Mgll-202ENSMUST00000113581 1308 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Htatip2-202ENSMUST00000207895 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Hsd17b2-201ENSMUST00000034304 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Psip1-202ENSMUST00000107214 1973 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Trp53rka-201ENSMUST00000039007 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Mir6982-201ENSMUST00000184354 68 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Gm11175-202ENSMUST00000211380 408 ntTSL 3 BASIC29.1■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Gm19531-201ENSMUST00000216737 1377 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 D830036C21Rik-202ENSMUST00000208263 1548 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Gm2990-201ENSMUST00000180662 1118 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Gm9988-201ENSMUST00000069786 435 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Hes7-201ENSMUST00000024543 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Tekt5-201ENSMUST00000043415 1803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Atp23-202ENSMUST00000168520 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Hoxb6-201ENSMUST00000000704 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Clta-201ENSMUST00000107845 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 4930412F12Rik-201ENSMUST00000211700 1471 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Cox18-202ENSMUST00000118816 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Gm13836-201ENSMUST00000121159 501 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Gm16764-202ENSMUST00000148931 433 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
Scn4aQ9ER60 Tmem54-203ENSMUST00000106064 1066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Gm13148-201ENSMUST00000118892 745 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Rbmxl1-202ENSMUST00000211719 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Adgrb1-202ENSMUST00000170845 2704 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Ube2a-208ENSMUST00000202812 719 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 H2afy-201ENSMUST00000016081 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Zfp513-201ENSMUST00000031562 2213 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Reep4-203ENSMUST00000226563 1444 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
Scn4aQ9ER60 Uap1-203ENSMUST00000111351 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 63 ms