Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Eva1b-203ENSMUST00000106152 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Gm15441-202ENSMUST00000107095 1653 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Llph-202ENSMUST00000130198 1463 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Gm28417-202ENSMUST00000185881 538 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Mpv17l2-201ENSMUST00000038626 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Paip1-201ENSMUST00000026520 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Hck-202ENSMUST00000109799 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Hck-203ENSMUST00000189688 2090 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Hck-201ENSMUST00000003370 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Cpne2-202ENSMUST00000109537 2121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Txnrd2-213ENSMUST00000178093 1785 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Fam207a-201ENSMUST00000045454 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Rasgrp2-206ENSMUST00000113472 2124 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Zbed3-201ENSMUST00000045909 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Ccdc112-201ENSMUST00000072835 2801 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Tmx4-202ENSMUST00000110119 596 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Slc30a1-201ENSMUST00000044954 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Ctdsp1-201ENSMUST00000027367 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp4P35123 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Tead1-204ENSMUST00000106638 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Cbfb-204ENSMUST00000109395 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Amdhd1-201ENSMUST00000016034 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Sdhaf1-201ENSMUST00000098586 2490 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Pick1-204ENSMUST00000163571 2054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Sin3b-202ENSMUST00000109950 1024 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Dynll1-202ENSMUST00000112090 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Nsd1-203ENSMUST00000224156 1149 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Pigv-202ENSMUST00000067902 990 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Btbd17-201ENSMUST00000000206 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Socs2-214ENSMUST00000172070 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Adrb1-201ENSMUST00000038949 2491 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Cnbp-208ENSMUST00000204653 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Cnbp-201ENSMUST00000032138 2178 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Mgat1-213ENSMUST00000167400 3151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Gm15334-201ENSMUST00000131421 325 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Gm43566-201ENSMUST00000196851 808 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Mt2-201ENSMUST00000034214 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Maz-203ENSMUST00000205568 2650 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Clasp2-211ENSMUST00000216817 2234 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Thoc6-201ENSMUST00000047436 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Trim33-201ENSMUST00000029444 8875 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Cacng7-201ENSMUST00000092891 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Erc1-202ENSMUST00000079582 2304 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Tedc1-201ENSMUST00000049271 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Casd1-204ENSMUST00000181734 1063 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp4P35123 AC164424.2-201ENSMUST00000223281 725 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Ak2-201ENSMUST00000030583 986 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp4P35123 A930002H24Rik-201ENSMUST00000050753 492 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Ksr1-202ENSMUST00000108264 2748 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Pdcd2-205ENSMUST00000154293 1924 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Tmem164-206ENSMUST00000112896 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Lgals3-201ENSMUST00000142734 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Vgf-202ENSMUST00000186451 2277 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Gm15820-201ENSMUST00000201566 728 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
Usp4P35123 AC158990.1-201ENSMUST00000221450 2016 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Clpp-201ENSMUST00000002735 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Zbed3-202ENSMUST00000221807 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Homer2-201ENSMUST00000026922 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Auh-204ENSMUST00000120535 1647 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Shisa6-201ENSMUST00000066679 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Exosc8-201ENSMUST00000029316 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Gng12-203ENSMUST00000114224 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Gng12-206ENSMUST00000114227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Vax1-201ENSMUST00000172821 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Gm45444-201ENSMUST00000211394 898 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Siah2-201ENSMUST00000070368 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Dtnb-216ENSMUST00000173736 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Adgrb1-201ENSMUST00000042035 6228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Rfx8-202ENSMUST00000151913 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Ccng2-201ENSMUST00000031331 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Nrl-203ENSMUST00000178694 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Phf2os1-201ENSMUST00000123212 498 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Ndfip1-201ENSMUST00000025293 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Shisa8-201ENSMUST00000179269 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Hoxb6-202ENSMUST00000173432 1964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Klhl8-201ENSMUST00000031254 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Usp4P35123 Rin3-207ENSMUST00000150795 937 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Pptc7-201ENSMUST00000053426 4644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Hnrnpa3-204ENSMUST00000111964 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Dusp22-203ENSMUST00000110310 2319 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Agap2-201ENSMUST00000039259 5633 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Fam20b-201ENSMUST00000086153 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Krt5-201ENSMUST00000023709 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Ube2k-206ENSMUST00000201984 1449 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Mark2-207ENSMUST00000165286 2975 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Whamm-201ENSMUST00000165460 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Mylip-201ENSMUST00000038275 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Lrp3-202ENSMUST00000122409 4147 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Btg3-201ENSMUST00000023570 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Lipt2-201ENSMUST00000032967 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Zbtb4-203ENSMUST00000108640 4067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp4P35123 Tmem79-202ENSMUST00000107552 2063 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Usp4P35123 0610009L18Rik-201ENSMUST00000143813 619 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 549.5 ms