Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Rasgef1a-201ENSMUST00000164960 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Wdr41-202ENSMUST00000159647 2289 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Wdr41-206ENSMUST00000167155 2289 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Pink1-201ENSMUST00000030536 2375 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Hgsnat-201ENSMUST00000037609 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Hsf1-204ENSMUST00000226872 2104 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Bsg-201ENSMUST00000067036 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Gabbr1-201ENSMUST00000025338 5248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Fgfbp3-201ENSMUST00000057337 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Morf4l1-202ENSMUST00000169860 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Cops7a-201ENSMUST00000032220 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Dtx4-201ENSMUST00000045521 5765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Pde7a-202ENSMUST00000099195 6298 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Cep170b-202ENSMUST00000101018 6641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Spryd7-202ENSMUST00000100496 1459 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Kazald1-202ENSMUST00000111948 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 D030056L22Rik-202ENSMUST00000062753 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Bbc3-201ENSMUST00000002152 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Nkx2-3-201ENSMUST00000057178 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Sdc1P18828 Tmem185a-201ENSMUST00000101506 2429 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Fndc5-201ENSMUST00000102600 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Azi2-205ENSMUST00000133580 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Asph-217ENSMUST00000146441 2576 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Map4k4-201ENSMUST00000163854 5782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Atxn2-201ENSMUST00000051950 4472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Dlg3-204ENSMUST00000113736 4940 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Rfx8-202ENSMUST00000151913 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Syt5-201ENSMUST00000065957 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Pthlh-201ENSMUST00000052296 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Irx3-202ENSMUST00000175795 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Sdhaf1-201ENSMUST00000098586 2490 ntAPPRIS P1 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Kctd20-204ENSMUST00000122163 2423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Foxf1-201ENSMUST00000181504 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Klc1-204ENSMUST00000122300 2268 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Zfyve9-202ENSMUST00000106657 6459 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Slc35b2-205ENSMUST00000224905 1906 ntAPPRIS P1 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Shc4-202ENSMUST00000110477 1988 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Kcnip1-203ENSMUST00000109340 1840 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Mgat4b-201ENSMUST00000041725 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Sema6d-203ENSMUST00000077847 6444 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Cavin3-201ENSMUST00000047040 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Ebf3-201ENSMUST00000033378 4838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Tsen54-201ENSMUST00000021134 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Epdr1-201ENSMUST00000002885 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Qrich1-206ENSMUST00000193258 2291 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Hnrnpl-211ENSMUST00000174548 2679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 St3gal3-201ENSMUST00000030263 2549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Trmt61a-201ENSMUST00000084947 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Atoh8-201ENSMUST00000042646 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Chpt1-203ENSMUST00000117440 4863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Sco1-202ENSMUST00000108690 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Schip1-205ENSMUST00000182532 2059 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Mprip-201ENSMUST00000066330 7765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 A130051J06Rik-201ENSMUST00000180649 2618 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Pou2f2-205ENSMUST00000108417 1937 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Lrfn4-201ENSMUST00000053597 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Dbf4-201ENSMUST00000002368 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Paxip1-201ENSMUST00000002291 5850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Dda1-202ENSMUST00000124745 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Dll3-201ENSMUST00000108315 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Usp2-202ENSMUST00000065461 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Nek6-202ENSMUST00000112895 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Traf3-203ENSMUST00000117269 6972 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Lpcat2-205ENSMUST00000210099 2179 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Ank1-207ENSMUST00000118733 8201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Wnk2-204ENSMUST00000110096 6534 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Cep57-209ENSMUST00000148086 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Spg7-209ENSMUST00000149248 2896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 L3mbtl4-201ENSMUST00000093007 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Gls-202ENSMUST00000114510 5596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Dact3-201ENSMUST00000108493 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Terc-201ENSMUST00000082862 423 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
Sdc1P18828 Meg3-207ENSMUST00000143836 1896 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Sdc1P18828 Aurkb-202ENSMUST00000108666 1831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
Sdc1P18828 Pard3-219ENSMUST00000162309 5659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Sdc1P18828 Cacul1-203ENSMUST00000166712 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
Sdc1P18828 Paics-203ENSMUST00000120912 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27 ms