Protein–RNA interactions for Protein: O55187

Cbx4, E3 SUMO-protein ligase CBX4, mousemouse

Predictions only

Length 551 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cbx4O55187 Snap91-203ENSMUST00000074501 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 E530011L22Rik-202ENSMUST00000216791 2007 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Fbxw2-201ENSMUST00000028220 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Hnrnpa3-204ENSMUST00000111964 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Noc2l-202ENSMUST00000179886 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Lhx2-201ENSMUST00000000253 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Gm4430-201ENSMUST00000192413 1943 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Marc1-202ENSMUST00000110992 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Tmem120a-201ENSMUST00000043378 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Dbf4-207ENSMUST00000171808 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Pxmp2-201ENSMUST00000031472 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Hmg20b-203ENSMUST00000105324 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Frat1-201ENSMUST00000087155 2614 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Fance-202ENSMUST00000114801 1751 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Inpp5a-201ENSMUST00000026550 2774 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Agap2-202ENSMUST00000217941 5573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Zfp36l1-202ENSMUST00000165114 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Nars2-202ENSMUST00000107159 1777 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Picalm-212ENSMUST00000208730 3427 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Ube2e3-202ENSMUST00000121433 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Macrod2-207ENSMUST00000110067 4730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 March11-201ENSMUST00000126304 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 B3galnt1-201ENSMUST00000061826 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Trir-201ENSMUST00000047281 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Bex1-201ENSMUST00000058125 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Cbx4O55187 Gm43653-201ENSMUST00000198136 1608 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Magi2-206ENSMUST00000197443 6578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Ooep-201ENSMUST00000034900 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Atg3-201ENSMUST00000023343 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Amh-201ENSMUST00000036016 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Nkpd1-203ENSMUST00000214205 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Gm42501-201ENSMUST00000200220 1026 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Bub3-205ENSMUST00000208571 747 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 4930426I24Rik-202ENSMUST00000217797 1232 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Gm40881-201ENSMUST00000223397 166 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Ttc36-201ENSMUST00000044694 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Rims1-209ENSMUST00000218140 1434 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Papd7-202ENSMUST00000198607 4750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Mapk11-201ENSMUST00000088823 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Junb-201ENSMUST00000064922 1809 ntAPPRIS P1 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Tbxa2r-201ENSMUST00000105325 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Slc25a38-201ENSMUST00000035106 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Notum-203ENSMUST00000106178 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Kif1bp-202ENSMUST00000159704 2622 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Rem2-201ENSMUST00000164697 1194 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Nnat-207ENSMUST00000173041 760 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Gpx7-202ENSMUST00000184609 331 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Faap24-201ENSMUST00000032704 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Mprip-204ENSMUST00000116371 8766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Vstm4-201ENSMUST00000053175 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Rnf26-206ENSMUST00000216511 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 2310022A10Rik-205ENSMUST00000187960 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 2410002F23Rik-201ENSMUST00000055858 1982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Csf2ra-201ENSMUST00000076046 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Ppp3ca-202ENSMUST00000070198 4758 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Lzts2-202ENSMUST00000178087 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Chml-203ENSMUST00000210367 1324 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Pdf-201ENSMUST00000055316 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Kif27-203ENSMUST00000225388 5121 ntAPPRIS P1 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Ltb-203ENSMUST00000173600 905 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Htr6-201ENSMUST00000068036 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Fah-201ENSMUST00000032865 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Dennd6a-202ENSMUST00000203874 2677 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Cbx4-201ENSMUST00000026665 5179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Cacnb1-205ENSMUST00000107562 1745 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Akt1-201ENSMUST00000001780 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Atp2b2-208ENSMUST00000205052 5658 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Tab2-204ENSMUST00000146444 4380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Osbp-201ENSMUST00000025590 4578 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Fez1-201ENSMUST00000034630 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Cntfr-203ENSMUST00000102961 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Mprip-202ENSMUST00000072031 8718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Zfp69-201ENSMUST00000106280 2362 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Htra3-201ENSMUST00000087629 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Gm5131-201ENSMUST00000212776 1238 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Bloc1s4-201ENSMUST00000071949 1273 ntAPPRIS P1 BASIC20.02■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Cnrip1-201ENSMUST00000058159 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Ccnjl-201ENSMUST00000050574 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Cbx4O55187 Zfp523-201ENSMUST00000002318 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 Pgk1-201ENSMUST00000081593 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 Selenof-201ENSMUST00000082437 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 Lrp3-202ENSMUST00000122409 4147 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 Bcl3-201ENSMUST00000120537 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 Spc24-201ENSMUST00000098942 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 Grin2c-202ENSMUST00000106554 4895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 Gt(ROSA)26Sor-201ENSMUST00000124246 1181 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 Sin3b-203ENSMUST00000212095 1257 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 Slc9a3r2-201ENSMUST00000002572 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 Tnks2-201ENSMUST00000025729 6481 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 Fam20b-201ENSMUST00000086153 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 Rap1a-202ENSMUST00000197094 782 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 AC093043.1-201ENSMUST00000226700 898 ntBASIC20■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 Ech1-201ENSMUST00000066264 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 Camk2b-201ENSMUST00000002817 1872 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Cbx4O55187 AC122428.2-201ENSMUST00000216321 1832 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.1 ms