Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Atg16l1-203ENSMUST00000113190 3102 ntTSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 4933431E20Rik-201ENSMUST00000131345 5407 ntTSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Chit1-203ENSMUST00000160060 1580 ntTSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Elovl6-202ENSMUST00000197070 2275 ntTSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 C1qtnf9-201ENSMUST00000025940 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Dph3-202ENSMUST00000067955 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Neu2-201ENSMUST00000070898 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Gm34785-201ENSMUST00000222571 4582 ntTSL 5 BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Zfp125-201ENSMUST00000079237 2488 ntBASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Cebpd-201ENSMUST00000096232 3746 ntAPPRIS P1 BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Xylb-201ENSMUST00000039610 3383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Gm13556-201ENSMUST00000132692 1412 ntTSL 3 BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Msh6-201ENSMUST00000005503 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Klhl8-203ENSMUST00000112815 2898 ntTSL 5 BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Sdr9c7-201ENSMUST00000047134 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Dysf-216ENSMUST00000204987 6474 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Abcg2-202ENSMUST00000114294 2178 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Ctnnb1-214ENSMUST00000178812 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Palm-204ENSMUST00000218631 2725 ntTSL 2 BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 4931440F15Rik-201ENSMUST00000104962 3274 ntAPPRIS P1 BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Nppa-201ENSMUST00000103230 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Gm5150-201ENSMUST00000108347 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Gm14270-201ENSMUST00000118388 846 ntBASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Gm11244-201ENSMUST00000121243 237 ntBASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Ighv1-76-201ENSMUST00000169155 294 ntAPPRIS P1 BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Ighv1-62-1-202ENSMUST00000171270 90 ntAPPRIS P1 BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Ccl4-201ENSMUST00000019074 660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Gm37826-201ENSMUST00000195329 322 ntBASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Znhit6-206ENSMUST00000199033 1127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
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Usf1Q61069 Pbld1-204ENSMUST00000219045 602 ntTSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 AC169036.1-201ENSMUST00000227994 296 ntBASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Gsto1-201ENSMUST00000026050 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Rasl11a-201ENSMUST00000031646 1126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Atp5h-201ENSMUST00000043931 625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Myf6-201ENSMUST00000044210 1263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Vmp1-201ENSMUST00000018315 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Evc2-201ENSMUST00000056365 4091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Pik3cd-206ENSMUST00000122059 4832 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Pex1-201ENSMUST00000006061 4433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Enpp5-201ENSMUST00000024756 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 EU599041-202ENSMUST00000205291 1386 ntTSL 5 BASIC10.77□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Ces2e-202ENSMUST00000109410 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Nckipsd-201ENSMUST00000035218 3360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Kdm2b-203ENSMUST00000086200 4999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.77□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Gm44056-201ENSMUST00000204623 1427 ntBASIC10.77□□□□□ -0.68
Usf1Q61069 Ncaph-201ENSMUST00000110387 2695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.69
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Usf1Q61069 Polrmt-202ENSMUST00000159016 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Bcat2-203ENSMUST00000209204 2081 ntTSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Psd2-205ENSMUST00000176873 4375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.69
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Usf1Q61069 Gm44647-201ENSMUST00000207402 428 ntBASIC10.77□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 CT009546.1-201ENSMUST00000222573 1120 ntBASIC10.77□□□□□ -0.69
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Usf1Q61069 Gm9754-201ENSMUST00000031305 3004 ntTSL 2 BASIC10.77□□□□□ -0.69
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Usf1Q61069 Gm15941-205ENSMUST00000140044 1825 ntTSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.69
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Usf1Q61069 Kcnj5-201ENSMUST00000034533 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Nr2c2-202ENSMUST00000113463 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Axin2-201ENSMUST00000052915 4260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Grid1-201ENSMUST00000043349 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Zfp536-203ENSMUST00000176114 4341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Nmral1-204ENSMUST00000120056 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Pdzk1-201ENSMUST00000058865 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Cacna1c-201ENSMUST00000075591 7584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Fgd3-203ENSMUST00000110087 4698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Tbc1d1-202ENSMUST00000101195 5432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Ino80c-203ENSMUST00000141489 2207 ntTSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 C5ar1-201ENSMUST00000050770 2481 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Mpp3-202ENSMUST00000100400 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Fbxo34-205ENSMUST00000168833 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Zfp354c-202ENSMUST00000109135 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 4933406P04Rik-201ENSMUST00000092680 1789 ntBASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm43447-201ENSMUST00000198471 1535 ntBASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm45199-201ENSMUST00000207640 1507 ntBASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Trav13d-1-201ENSMUST00000103588 396 ntAPPRIS P1 BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Rpl10-ps1-201ENSMUST00000119438 645 ntBASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Rbm3os-201ENSMUST00000124018 839 ntTSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm11789-203ENSMUST00000140645 737 ntTSL 2 BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm16876-201ENSMUST00000151945 760 ntTSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Acat3-202ENSMUST00000160378 987 ntTSL 5 BASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm8459-201ENSMUST00000162504 760 ntBASIC10.76□□□□□ -0.69
Usf1Q61069 Gm8723-201ENSMUST00000166076 820 ntBASIC10.76□□□□□ -0.69
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.5 ms