Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 1810009A15Rik-201ENSMUST00000096251 806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim28Q62318 Cep170b-204ENSMUST00000220627 5395 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Gm996-204ENSMUST00000191602 4812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Lig1-210ENSMUST00000165964 3166 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Gm37122-201ENSMUST00000195313 1567 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Mllt10-203ENSMUST00000114671 5063 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Accs-202ENSMUST00000068513 1872 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Endov-202ENSMUST00000106244 5070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
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Trim28Q62318 Tmem62-202ENSMUST00000110686 2417 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Aldh4a1-201ENSMUST00000039818 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Mcpt9-201ENSMUST00000095798 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Eng-202ENSMUST00000113272 3021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Syngap1-201ENSMUST00000081285 4315 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Mrps30-201ENSMUST00000022245 3319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Wdcp-202ENSMUST00000085793 1992 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
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Trim28Q62318 1700025F24Rik-201ENSMUST00000185238 894 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Gm8197-202ENSMUST00000193422 934 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 5730585A16Rik-201ENSMUST00000193457 1027 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
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Trim28Q62318 Apoc4-201ENSMUST00000003071 538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 1600002K03Rik-201ENSMUST00000041882 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Mirlet7i-201ENSMUST00000083472 85 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Gm6509-201ENSMUST00000098286 1218 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Tgfbr2-201ENSMUST00000035014 3476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Slc29a1-209ENSMUST00000166119 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Telo2-201ENSMUST00000024987 3434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Zfp385c-201ENSMUST00000103119 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Stau2-206ENSMUST00000128957 3907 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Cln3-201ENSMUST00000032962 2386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Alg12-201ENSMUST00000043087 1793 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Gstcd-201ENSMUST00000029651 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Gm16907-201ENSMUST00000180734 2317 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 1700082M22Rik-201ENSMUST00000067136 2022 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Gm42480-201ENSMUST00000198434 2595 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
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Trim28Q62318 Rtn4-202ENSMUST00000078830 3615 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Eif4a2-223ENSMUST00000168891 2203 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Hars2-206ENSMUST00000152954 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Egfl6-201ENSMUST00000000412 2704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Hdac5-202ENSMUST00000107150 3759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 3830406C13Rik-209ENSMUST00000224389 2444 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Epha8-201ENSMUST00000030420 4713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Cplx3-201ENSMUST00000045068 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Grip1-212ENSMUST00000147356 4145 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Myocd-201ENSMUST00000101042 2585 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Aldh3a2-203ENSMUST00000108715 2578 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 2410002F23Rik-206ENSMUST00000107950 3336 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
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Trim28Q62318 Clic3-201ENSMUST00000102918 791 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
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Trim28Q62318 Gm14236-201ENSMUST00000142374 872 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Nr5a1os-201ENSMUST00000146954 926 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Hsh2d-202ENSMUST00000165324 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
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Trim28Q62318 Rftn1-202ENSMUST00000113195 2385 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Lrrc3-201ENSMUST00000057608 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Cxcr5-202ENSMUST00000179828 2824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Tmem176b-202ENSMUST00000164733 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Nat8f3-201ENSMUST00000050780 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Zc3hc1-201ENSMUST00000080812 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Suox-201ENSMUST00000054764 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Gpr157-201ENSMUST00000094451 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Ttpa-203ENSMUST00000121491 2862 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Cxcr5-204ENSMUST00000215293 2846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Otx2-202ENSMUST00000119070 1708 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Palb2-204ENSMUST00000106469 2559 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Treml4-202ENSMUST00000125426 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Gm20400-201ENSMUST00000173695 665 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Gm5342-201ENSMUST00000181982 1003 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Calm5-202ENSMUST00000184271 423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Gm29067-201ENSMUST00000190821 470 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Gm31401-201ENSMUST00000207352 734 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Galc-201ENSMUST00000021390 3832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 AC166341.2-201ENSMUST00000220571 120 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Gm36423-202ENSMUST00000222215 1298 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Prg2-201ENSMUST00000028467 838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Naa10-202ENSMUST00000096316 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim28Q62318 Ankrd34b-201ENSMUST00000061594 4013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
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