Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

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Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Gm10318-202ENSMUST00000217996 639 ntTSL 5 BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gm46204-201ENSMUST00000219800 411 ntTSL 3 BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gm3619-201ENSMUST00000219947 775 ntBASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 AC134328.1-201ENSMUST00000222693 667 ntTSL 2 BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Higd2a-201ENSMUST00000026986 648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Taar9-201ENSMUST00000041180 1047 ntAPPRIS P1 BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Olfr1428-201ENSMUST00000087824 945 ntAPPRIS P1 BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Micalcl-201ENSMUST00000033033 2259 ntTSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Lgals12-202ENSMUST00000099729 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Tbc1d24-209ENSMUST00000201301 4261 ntTSL 5 BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Slc39a8-201ENSMUST00000029810 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 1810030O07Rik-201ENSMUST00000060108 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Kdm4a-202ENSMUST00000097911 4550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Frzb-201ENSMUST00000028389 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Nr2f2-202ENSMUST00000089565 1664 ntTSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Usp19-210ENSMUST00000193678 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Kars-202ENSMUST00000093120 2131 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Pja1-201ENSMUST00000036354 2563 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Per2-201ENSMUST00000069620 5833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Ube2q2-203ENSMUST00000122441 2081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Zeb2-211ENSMUST00000153561 2070 ntTSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Sgsm3-208ENSMUST00000139517 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Olfr156-203ENSMUST00000214843 1559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gm20687-203ENSMUST00000185121 4242 ntTSL 2 BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 4930432E11Rik-202ENSMUST00000063585 10871 ntBASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Map3k20-201ENSMUST00000090824 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gm1113-201ENSMUST00000183573 2434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Cdk13-207ENSMUST00000223490 12548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Chmp5-201ENSMUST00000030128 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gm16070-203ENSMUST00000155588 1902 ntTSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Rtbdn-204ENSMUST00000152378 2322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Exosc1-202ENSMUST00000112123 1499 ntTSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Ddi2-202ENSMUST00000177592 3539 ntTSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Rnf44-218ENSMUST00000177950 3941 ntTSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Shisa9-201ENSMUST00000023138 4326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Rabgef1-203ENSMUST00000119797 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Pxn-202ENSMUST00000086523 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Pnkp-201ENSMUST00000003044 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Klhl18-201ENSMUST00000068025 4530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gnaz-202ENSMUST00000159991 3331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Slc13a5-201ENSMUST00000021161 3329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Phrf1-202ENSMUST00000122143 4864 ntTSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gm4735-201ENSMUST00000138679 1302 ntBASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gm5855-201ENSMUST00000200240 1305 ntBASIC10.93□□□□□ -0.66
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Usf1Q61069 Slc6a18-208ENSMUST00000222029 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Chfr-201ENSMUST00000014812 3146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Asgr1-205ENSMUST00000146411 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
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Usf1Q61069 9330179D12Rik-201ENSMUST00000180569 1105 ntTSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
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Usf1Q61069 Cd247-201ENSMUST00000005907 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
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Usf1Q61069 Dmbt1-201ENSMUST00000084509 6243 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
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Usf1Q61069 CT009489.1-201ENSMUST00000227740 1893 ntBASIC10.93□□□□□ -0.66
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Usf1Q61069 Fam83h-201ENSMUST00000060807 4502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Dpp6-201ENSMUST00000071500 3826 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Spred3-201ENSMUST00000048923 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Trim56-201ENSMUST00000054384 9279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Flnc-202ENSMUST00000101617 8939 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Micu1-204ENSMUST00000165563 2442 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Adgrg3-201ENSMUST00000051259 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Lims1-202ENSMUST00000020078 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Fam3a-201ENSMUST00000015427 1427 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Mfsd4a-205ENSMUST00000144548 3288 ntTSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Golga4-201ENSMUST00000084820 7583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Nr1h3-203ENSMUST00000111355 1672 ntTSL 5 BASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Zfp61-208ENSMUST00000165241 1668 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Hnrnpa2b1-202ENSMUST00000090002 1662 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Prkca-202ENSMUST00000100302 2265 ntTSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Kifc3-202ENSMUST00000169353 2898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Cd163l1-203ENSMUST00000209398 3437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Kctd11-201ENSMUST00000050555 3146 ntAPPRIS P1 BASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Adra1b-201ENSMUST00000067258 3331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 AC129931.1-201ENSMUST00000228865 1861 ntBASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Trpv4-202ENSMUST00000112217 2436 ntTSL 5 BASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Xrcc3-201ENSMUST00000021715 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Tcea3-201ENSMUST00000102533 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Sumo3-203ENSMUST00000124024 776 ntTSL 2 BASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Parvaos-201ENSMUST00000154848 1285 ntTSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gm3150-201ENSMUST00000166418 204 ntBASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 1700088E04Rik-210ENSMUST00000190509 871 ntTSL 5 BASIC10.92□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 1700081H04Rik-201ENSMUST00000190550 1128 ntTSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.66
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 54.5 ms