Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Gm9934-202ENSMUST00000191246 1713 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Ern1-203ENSMUST00000106800 654 ntTSL 3 BASIC29.48■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 March8-204ENSMUST00000123405 2102 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Parl-201ENSMUST00000048642 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Eif1-201ENSMUST00000049385 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Amh-201ENSMUST00000036016 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 Gm42778-201ENSMUST00000199644 553 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 AC158990.1-201ENSMUST00000221450 2016 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 AC165080.2-201ENSMUST00000217491 1530 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
Scn4aQ9ER60 H2-Ke6-201ENSMUST00000045467 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Ube2s-201ENSMUST00000079496 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Btbd6-201ENSMUST00000002880 2057 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Podxl2-210ENSMUST00000145944 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Gm10209-201ENSMUST00000203397 1607 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Dgcr6-209ENSMUST00000155387 1415 ntTSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Krtap5-2-202ENSMUST00000190456 1471 ntAPPRIS P2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Gm22240-201ENSMUST00000175225 82 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Hsp25-ps1-201ENSMUST00000109187 630 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Ramp1-203ENSMUST00000188475 711 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Art5-201ENSMUST00000094128 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Hist1h4c-201ENSMUST00000102967 820 ntAPPRIS P1 BASIC29.41■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Ly6h-204ENSMUST00000127095 1336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Chrac1-202ENSMUST00000134353 538 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Pold2-201ENSMUST00000102922 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Pycr2-201ENSMUST00000027802 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Gm10153-201ENSMUST00000084415 522 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Snx7-201ENSMUST00000029639 2021 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
Scn4aQ9ER60 Prph-201ENSMUST00000024249 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Espn-210ENSMUST00000105656 1593 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Nnat-205ENSMUST00000153739 1146 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Dlx6-203ENSMUST00000171311 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Nnat-206ENSMUST00000172487 404 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Nnat-210ENSMUST00000173839 1135 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Lsm2-201ENSMUST00000007266 873 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Gm20760-201ENSMUST00000179197 648 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Kdm3b-204ENSMUST00000224715 2032 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 2310034G01Rik-201ENSMUST00000189008 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Rab34-209ENSMUST00000207728 567 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 1810059C17Rik-201ENSMUST00000125173 487 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Rtl8b-201ENSMUST00000088778 1232 ntAPPRIS P1 BASIC29.36■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Metrn-202ENSMUST00000165838 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Gm27801-201ENSMUST00000184174 223 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Gm4968-201ENSMUST00000071458 858 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Ccdc88a-202ENSMUST00000109477 1716 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Stx18-202ENSMUST00000042146 1473 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Cck-204ENSMUST00000216138 799 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Gm4430-201ENSMUST00000192413 1943 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Ankrd9-205ENSMUST00000142012 1226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Myl6-206ENSMUST00000218127 691 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Marc1-201ENSMUST00000048462 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Arl6ip4-202ENSMUST00000122394 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Klf13-204ENSMUST00000185175 487 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 4930412O13Rik-201ENSMUST00000026889 1187 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Scn4aQ9ER60 Dbp-201ENSMUST00000080885 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Gm12527-201ENSMUST00000117967 564 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Tnfaip8-208ENSMUST00000148989 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Vapa-201ENSMUST00000024897 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Hotairm1-201ENSMUST00000129546 409 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 AI507597-201ENSMUST00000140726 880 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 1700003N22Rik-201ENSMUST00000194834 808 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Rwdd1-201ENSMUST00000019917 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Olfr1411-201ENSMUST00000073748 972 ntAPPRIS P1 BASIC29.31■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 D030056L22Rik-202ENSMUST00000062753 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Kctd17-206ENSMUST00000162517 901 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Kctd17-209ENSMUST00000166142 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Rab28-205ENSMUST00000202913 863 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Fitm1-201ENSMUST00000022826 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 H2afj-201ENSMUST00000074556 1831 ntAPPRIS P2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Vps51-209ENSMUST00000160590 840 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Gm44732-201ENSMUST00000208055 635 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 H2-Ab1-201ENSMUST00000040828 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Fam58b-201ENSMUST00000059468 1224 ntAPPRIS P1 BASIC29.29■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 C1qtnf12-201ENSMUST00000024338 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Aurkaip1-203ENSMUST00000105592 1029 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Sdf2l1-201ENSMUST00000023453 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Tmem234-201ENSMUST00000102591 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Gm26995-201ENSMUST00000182216 1306 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Gm10306-201ENSMUST00000094969 533 ntAPPRIS P1 BASIC29.28■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Gm43530-201ENSMUST00000195920 274 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 A730056A06Rik-202ENSMUST00000206959 526 ntTSL 3 BASIC29.27■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Fgf22-203ENSMUST00000219981 1070 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Ap3s1-204ENSMUST00000225520 957 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Crh-201ENSMUST00000061294 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Rtl8a-201ENSMUST00000088779 1195 ntAPPRIS P1 BASIC29.27■■■□□ 2.28
Scn4aQ9ER60 Gpn2-201ENSMUST00000030661 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Gpx1-201ENSMUST00000082429 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Commd7-202ENSMUST00000109782 1343 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
Scn4aQ9ER60 Kcne1l-201ENSMUST00000134825 1543 ntAPPRIS P1 BASIC29.25■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 47 ms