Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Znrf1-204ENSMUST00000171182 5466 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Jkamp-202ENSMUST00000117449 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Htra2-203ENSMUST00000113963 1629 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Klc3-204ENSMUST00000108459 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Cd83-201ENSMUST00000015540 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Spryd7-202ENSMUST00000100496 1459 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Rpf2-201ENSMUST00000045114 1853 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Fgfr2-217ENSMUST00000124096 2425 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Dtnb-225ENSMUST00000174663 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Matn4-203ENSMUST00000109358 2056 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Pou2f2-210ENSMUST00000176408 1697 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Mast4-202ENSMUST00000164111 2350 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Terc-201ENSMUST00000082862 423 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Smarcad1-201ENSMUST00000031984 5168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Gm29430-202ENSMUST00000191453 2015 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Morf4l1-202ENSMUST00000169860 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Mark2-202ENSMUST00000032557 4488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Fgfbp3-201ENSMUST00000057337 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Slc12a2-201ENSMUST00000115366 6520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Pink1-201ENSMUST00000030536 2375 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Fyn-204ENSMUST00000126486 2495 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Tmem132b-201ENSMUST00000031446 7995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Cops7a-201ENSMUST00000032220 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Mreg-201ENSMUST00000048860 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Sae1-201ENSMUST00000094815 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Ahcyl1-201ENSMUST00000029490 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Rnf40Q3U319 Atp10a-201ENSMUST00000168747 5419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Gm16933-201ENSMUST00000141741 2169 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Pde1b-201ENSMUST00000023132 3218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Clint1-201ENSMUST00000109260 3311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Hsf1-204ENSMUST00000226872 2104 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Kcnip1-203ENSMUST00000109340 1840 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Gp1bb-202ENSMUST00000167388 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 9230116N13Rik-201ENSMUST00000181746 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Ccdc50-201ENSMUST00000039443 2192 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Gm4799-201ENSMUST00000095396 657 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Hs3st4-201ENSMUST00000106437 3189 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Surf4-201ENSMUST00000015011 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Rasgef1a-201ENSMUST00000164960 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Rab3il1-201ENSMUST00000113161 2225 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Asph-217ENSMUST00000146441 2576 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Bbc3-201ENSMUST00000002152 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Samd10-201ENSMUST00000060173 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 5730507C01Rik-202ENSMUST00000177778 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Siah1b-201ENSMUST00000037928 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Sdhaf1-201ENSMUST00000098586 2490 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Cpeb3-202ENSMUST00000123727 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Bmp2k-202ENSMUST00000112974 3244 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Gm5913-201ENSMUST00000119397 1399 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Rhoa-201ENSMUST00000007959 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Nrl-203ENSMUST00000178694 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Kdf1-202ENSMUST00000105901 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Ptger3-202ENSMUST00000173533 2097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Shc4-202ENSMUST00000110477 1988 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Kazald1-202ENSMUST00000111948 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Cavin3-201ENSMUST00000047040 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Kcnip2-209ENSMUST00000162528 2395 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 AI115009-201ENSMUST00000181093 1853 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Dbf4-201ENSMUST00000002368 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Ralgps2-205ENSMUST00000185198 2229 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Nectin3-201ENSMUST00000023334 3062 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Actrt3-201ENSMUST00000047630 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Mtmr9-201ENSMUST00000058679 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Irx3-202ENSMUST00000175795 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 A930035D04Rik-201ENSMUST00000064013 543 ntBASIC21.27■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 L3mbtl4-201ENSMUST00000093007 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Lrfn4-201ENSMUST00000053597 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Rnf40Q3U319 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Rnf40Q3U319 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Rnf40Q3U319 Epdr1-201ENSMUST00000002885 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Rnf40Q3U319 Pias2-202ENSMUST00000114777 4968 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Rnf40Q3U319 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Rnf40Q3U319 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
Rnf40Q3U319 Wdr41-202ENSMUST00000159647 2289 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Rnf40Q3U319 Wdr41-206ENSMUST00000167155 2289 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Rnf40Q3U319 Rfx8-202ENSMUST00000151913 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Rnf40Q3U319 Kctd20-204ENSMUST00000122163 2423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Rnf40Q3U319 Bsg-201ENSMUST00000067036 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Rnf40Q3U319 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Rnf40Q3U319 Tsen54-201ENSMUST00000021134 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Rnf40Q3U319 Snrnp40-201ENSMUST00000105994 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Rnf40Q3U319 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Rnf40Q3U319 Neurl4-213ENSMUST00000177476 4952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
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