Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Gar1-201ENSMUST00000029643 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Chkb-201ENSMUST00000023289 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Uchl5-206ENSMUST00000189936 1696 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Ctf1-204ENSMUST00000206506 784 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 A930012O16Rik-202ENSMUST00000156418 1541 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Hes7-201ENSMUST00000024543 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Parl-201ENSMUST00000048642 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Olfr94-201ENSMUST00000055324 1304 ntAPPRIS P2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Zfp467-201ENSMUST00000101443 599 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Pianp-204ENSMUST00000160704 1116 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Mpzl1-210ENSMUST00000194437 643 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Prmt1-205ENSMUST00000207659 945 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Prmt1-201ENSMUST00000045325 1071 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Cisd1-201ENSMUST00000045887 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Tmem230-202ENSMUST00000110163 1551 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Gm12933-201ENSMUST00000120203 872 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Sp3os-201ENSMUST00000123087 583 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Gm44899-202ENSMUST00000209433 511 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Cystm1-201ENSMUST00000050584 831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
Col18a1P39061 Mpz-202ENSMUST00000111334 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Crnde-206ENSMUST00000179421 773 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Gdf15-202ENSMUST00000110103 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Rpl13-201ENSMUST00000000756 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Pycr2-201ENSMUST00000027802 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Uap1-203ENSMUST00000111351 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Cept1-203ENSMUST00000121231 2121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 4930413G21Rik-201ENSMUST00000205998 993 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 AC166356.1-201ENSMUST00000228236 1426 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Rspo1-201ENSMUST00000030687 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Gm45894-201ENSMUST00000211940 651 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Gm44965-201ENSMUST00000204121 360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 AC165080.2-201ENSMUST00000217491 1530 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Prcd-205ENSMUST00000178875 1227 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Cck-203ENSMUST00000215228 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Igfbp3-201ENSMUST00000020702 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Art5-201ENSMUST00000094128 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Abhd17c-201ENSMUST00000117085 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Krtap5-2-202ENSMUST00000190456 1471 ntAPPRIS P2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 4930444P10Rik-202ENSMUST00000145070 1844 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Espn-210ENSMUST00000105656 1593 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Pex16-201ENSMUST00000028650 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Anapc1-202ENSMUST00000110332 1214 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 2810405F15Rik-201ENSMUST00000195368 932 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Rab42-201ENSMUST00000040411 761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Plac9b-203ENSMUST00000184142 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 AV026068-204ENSMUST00000186214 633 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 C230062I16Rik-202ENSMUST00000207746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Col18a1P39061 Gucd1-211ENSMUST00000219774 806 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Fam58b-201ENSMUST00000059468 1224 ntAPPRIS P1 BASIC28.45■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Manf-202ENSMUST00000159283 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Tcte2-202ENSMUST00000127032 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Nespas-201ENSMUST00000143738 1083 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Hist1h2ag-201ENSMUST00000091741 485 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Rims1-209ENSMUST00000218140 1434 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Gm2464-202ENSMUST00000194841 877 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Ccnh-201ENSMUST00000022030 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Zfand3-202ENSMUST00000226208 923 ntAPPRIS P1 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Faim-201ENSMUST00000035038 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Rbm34-203ENSMUST00000212618 1509 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Gm10209-201ENSMUST00000203397 1607 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Trp53rka-201ENSMUST00000039007 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Purg-201ENSMUST00000070340 1064 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Serbp1-211ENSMUST00000204293 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Arrb2-203ENSMUST00000102563 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Khk-204ENSMUST00000201621 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Msantd3-203ENSMUST00000107704 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Col18a1P39061 Jkamp-201ENSMUST00000057257 1292 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Nfix-201ENSMUST00000076715 1403 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 2310022A10Rik-205ENSMUST00000187960 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Ick-201ENSMUST00000009972 873 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Mettl9-201ENSMUST00000033163 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Dlx6-203ENSMUST00000171311 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Krtcap3-205ENSMUST00000201625 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Erh-205ENSMUST00000218740 981 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Arhgap27-202ENSMUST00000092557 1504 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Setd4-201ENSMUST00000023669 1816 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Sorcs2-202ENSMUST00000070720 2089 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Chrac1-202ENSMUST00000134353 538 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Col18a1P39061 Vax2os-202ENSMUST00000150233 595 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.2 ms