Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Krtap6-2-201ENSMUST00000082065 786 ntAPPRIS P1 BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Snrpg-201ENSMUST00000089558 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm8325-201ENSMUST00000099086 453 ntBASIC10.96□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Senp5-201ENSMUST00000023457 3498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Taf1c-201ENSMUST00000093099 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Dlgap1-208ENSMUST00000135938 2895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Lysmd4-201ENSMUST00000058771 2898 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Ckm-203ENSMUST00000208710 2742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.66
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Usf1Q61069 Runx1-201ENSMUST00000023673 5861 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gm26783-201ENSMUST00000181197 2377 ntTSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Rab3d-201ENSMUST00000115351 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Zfp68-201ENSMUST00000063262 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gm5380-201ENSMUST00000119296 2136 ntBASIC10.96□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Myo18a-211ENSMUST00000130627 6202 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.96□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Atg2b-201ENSMUST00000041055 7546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Mib1-205ENSMUST00000165555 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Ttc23l-201ENSMUST00000022857 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Def8-203ENSMUST00000093049 1909 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.66
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Usf1Q61069 4930563E18Rik-201ENSMUST00000180948 1553 ntTSL 1 (best) BASIC10.95□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Pcbp3-203ENSMUST00000105411 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.95□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Dpyd-201ENSMUST00000039177 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.95□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Nup88-201ENSMUST00000035283 2450 ntTSL 1 (best) BASIC10.95□□□□□ -0.66
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Usf1Q61069 Tbc1d22bos-202ENSMUST00000163069 1349 ntTSL 1 (best) BASIC10.95□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Rpl11-201ENSMUST00000102536 833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.95□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Sun3-202ENSMUST00000102909 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.95□□□□□ -0.66
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Usf1Q61069 Gm13822-201ENSMUST00000127563 346 ntTSL 3 BASIC10.95□□□□□ -0.66
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Usf1Q61069 4930413E15Rik-201ENSMUST00000202500 1290 ntTSL 1 (best) BASIC10.95□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Il21r-202ENSMUST00000206103 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.95□□□□□ -0.66
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Usf1Q61069 Jade2-203ENSMUST00000109091 6099 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.95□□□□□ -0.66
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Usf1Q61069 Stat3-203ENSMUST00000127638 4516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Arhgef10l-202ENSMUST00000069623 4531 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Mtmr3-201ENSMUST00000040448 5534 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Cul9-201ENSMUST00000066026 7818 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Wdfy2-201ENSMUST00000014691 6646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Tjap1-202ENSMUST00000164342 2559 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Dnajc16-201ENSMUST00000038014 5969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Lypd6-201ENSMUST00000053208 3620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 AC126262.1-201ENSMUST00000221802 1904 ntBASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Fam171a1-201ENSMUST00000062934 4129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Bhmt-201ENSMUST00000099309 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Tfap2c-202ENSMUST00000099058 2985 ntTSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Nrg1-210ENSMUST00000208488 2403 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Kcna6-202ENSMUST00000112242 3464 ntAPPRIS P1 BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Trpm7-202ENSMUST00000103224 7107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Ifna2-201ENSMUST00000105147 1032 ntAPPRIS P1 BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gm16166-201ENSMUST00000118291 787 ntBASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Snhg17-205ENSMUST00000151331 529 ntTSL 2 BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gm15744-201ENSMUST00000161734 213 ntBASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Ccl19-ps3-201ENSMUST00000179634 324 ntBASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gm12407-201ENSMUST00000180219 324 ntBASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Rpain-201ENSMUST00000018593 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gm9116-201ENSMUST00000192400 1018 ntBASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gm37406-201ENSMUST00000192478 500 ntTSL 3 BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gm43001-201ENSMUST00000198925 603 ntTSL 3 BASIC10.94□□□□□ -0.66
Usf1Q61069 Gm35713-201ENSMUST00000210516 199 ntBASIC10.94□□□□□ -0.66
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.5 ms