Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Gm31378-201ENSMUST00000213538 267 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Gm5072-201ENSMUST00000063726 1035 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Mapk8ip3-221ENSMUST00000178969 5579 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Lta4h-201ENSMUST00000016033 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Srpk3-201ENSMUST00000002081 1981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Map1b-203ENSMUST00000223725 2669 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Cdh2-201ENSMUST00000025166 4843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Gpr35-205ENSMUST00000186298 2647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 BC004004-203ENSMUST00000149405 1402 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Adh5-201ENSMUST00000005964 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Commd7-201ENSMUST00000071852 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Etl4-207ENSMUST00000114610 2863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 4833422M21Rik-202ENSMUST00000181252 2410 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Ccdc170-201ENSMUST00000019901 2151 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Tle1-204ENSMUST00000102848 3660 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Usp2-208ENSMUST00000177054 2370 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Trim41-201ENSMUST00000047145 3432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Camkk1-201ENSMUST00000092937 3424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Ighv1-49-201ENSMUST00000103519 294 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
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Scn4aQ9ER60 Foxp1-207ENSMUST00000113328 2121 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 4933438A12Rik-201ENSMUST00000144579 1013 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Sema6b-202ENSMUST00000167545 3847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Gm20443-201ENSMUST00000173840 735 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Foxp1-228ENSMUST00000177307 2121 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Gm44173-201ENSMUST00000204316 132 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
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Scn4aQ9ER60 Gnao1-207ENSMUST00000138659 5526 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 A230009B12Rik-202ENSMUST00000159602 1810 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Pltp-202ENSMUST00000109316 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Lats2-201ENSMUST00000022531 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Calcr-204ENSMUST00000170266 2175 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Rbbp5-206ENSMUST00000190825 2456 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
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Scn4aQ9ER60 Pdzrn3-201ENSMUST00000075994 4104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 4632428C04Rik-201ENSMUST00000181485 2430 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Gm5053-201ENSMUST00000208361 1678 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
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Scn4aQ9ER60 Madcam1-202ENSMUST00000217748 944 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
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Scn4aQ9ER60 Eps8l1-214ENSMUST00000171445 2975 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Gm38246-201ENSMUST00000194318 1511 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Prim2-201ENSMUST00000027312 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Gm43156-201ENSMUST00000202338 2127 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Map3k1-201ENSMUST00000109267 6978 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Zfp777-201ENSMUST00000095944 3184 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Erfe-201ENSMUST00000086861 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Zfp90-203ENSMUST00000212606 2685 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Myef2-206ENSMUST00000142718 2942 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Vmp1-201ENSMUST00000018315 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Atg16l1-201ENSMUST00000027512 3130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Gnai1-201ENSMUST00000074694 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Dpm1-202ENSMUST00000109193 1076 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Cfap100-204ENSMUST00000134224 849 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Atad3aos-202ENSMUST00000150777 650 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 1700008K24Rik-201ENSMUST00000185974 833 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 CAAA01125382.3-201ENSMUST00000215277 643 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 AC134913.2-201ENSMUST00000225017 771 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Polb-201ENSMUST00000033938 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Sde2-201ENSMUST00000038091 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Pdcl3-201ENSMUST00000027247 3914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Rexo1-201ENSMUST00000057910 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Gm26732-201ENSMUST00000181807 2771 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Scn4aQ9ER60 Pde4b-206ENSMUST00000106907 1374 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
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