Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Pbld1-206ENSMUST00000219687 788 ntTSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Sssca1-201ENSMUST00000025885 693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm5544-201ENSMUST00000098828 891 ntTSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 E230020A03Rik-201ENSMUST00000194646 2386 ntBASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Usp24-201ENSMUST00000094933 10575 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gcom1-201ENSMUST00000163998 1726 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Jade1-204ENSMUST00000170711 2896 ntTSL 5 BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Minos1-203ENSMUST00000143971 2549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gorab-201ENSMUST00000045138 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Cdv3-203ENSMUST00000116517 3741 ntTSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Lmbr1-201ENSMUST00000055195 4926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Hpse2-201ENSMUST00000099428 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Dync1li1-201ENSMUST00000047404 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Adam32-201ENSMUST00000119720 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Neu2-204ENSMUST00000165109 1824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Slc10a1-203ENSMUST00000218342 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Pcdhgb1-201ENSMUST00000192931 4723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Pfas-201ENSMUST00000021282 6373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 B930092H01Rik-201ENSMUST00000213377 2678 ntTSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Nrf1-207ENSMUST00000115206 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Cyp2j13-203ENSMUST00000107078 1493 ntTSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Sp6-202ENSMUST00000107622 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Coq4-201ENSMUST00000028137 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Samd5-201ENSMUST00000100070 6818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Exd2-201ENSMUST00000038185 3310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Scara5-201ENSMUST00000022610 3794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Acadsb-201ENSMUST00000015829 6081 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Sept10-201ENSMUST00000165971 2532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Tmem176b-202ENSMUST00000164733 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
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Usf1Q61069 Ptp4a3-204ENSMUST00000167582 2640 ntTSL 5 BASIC10.99□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 0610038B21Rik-201ENSMUST00000181420 1687 ntTSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm37859-201ENSMUST00000195529 2173 ntBASIC10.99□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Cdadc1-203ENSMUST00000167100 2243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Slc7a3-201ENSMUST00000073927 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 2310007B03Rik-201ENSMUST00000043718 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Aco1-201ENSMUST00000102973 3832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
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Usf1Q61069 1700013F07Rik-201ENSMUST00000029485 661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
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Usf1Q61069 Kif3b-201ENSMUST00000028977 5635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Clec11a-201ENSMUST00000004587 2978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Ptprk-203ENSMUST00000218359 4669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Plekhg4-201ENSMUST00000014927 4167 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.99□□□□□ -0.65
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Usf1Q61069 Cngb1-202ENSMUST00000119870 6189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.65
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Usf1Q61069 Runx1t1-204ENSMUST00000105566 6090 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Cbarp-214ENSMUST00000169546 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Arhgap11a-201ENSMUST00000102545 4958 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Senp3-201ENSMUST00000005336 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm26677-201ENSMUST00000180553 1672 ntTSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Hnf1b-202ENSMUST00000108113 2376 ntTSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Scg3-201ENSMUST00000034699 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 S1pr3-201ENSMUST00000087978 4463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Rnf10-202ENSMUST00000112096 3112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Rbp3-201ENSMUST00000035695 5295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Apaf1-207ENSMUST00000161987 2710 ntTSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Rbm39-201ENSMUST00000029149 2711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm25063-201ENSMUST00000104666 94 ntBASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 4930535L15Rik-201ENSMUST00000175891 536 ntTSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Park2-204ENSMUST00000179624 1108 ntTSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Ly6e-203ENSMUST00000185861 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm8531-201ENSMUST00000188319 893 ntBASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm44158-201ENSMUST00000203881 505 ntBASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Chn2-212ENSMUST00000204115 783 ntTSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm44506-201ENSMUST00000206278 965 ntBASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm2553-201ENSMUST00000215986 605 ntBASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 AC118476.3-201ENSMUST00000216419 1219 ntTSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Eny2-204ENSMUST00000226827 558 ntAPPRIS P1 BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gbgt1-201ENSMUST00000028172 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Efhc1-201ENSMUST00000038447 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Gm26035-201ENSMUST00000083065 308 ntBASIC10.98□□□□□ -0.65
Usf1Q61069 Mir483-201ENSMUST00000093631 73 ntBASIC10.98□□□□□ -0.65
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.6 ms