Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

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Length 1,841 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Alcam-201ENSMUST00000023312 6036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Sema4a-202ENSMUST00000107531 2897 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Ccdc30-202ENSMUST00000063642 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm5529-201ENSMUST00000165691 891 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Tcstv1-201ENSMUST00000178510 1280 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm19013-201ENSMUST00000183895 1222 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm19014-201ENSMUST00000184828 1189 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Prm2-202ENSMUST00000189593 674 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm43460-201ENSMUST00000202491 1057 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 AC165249.1-202ENSMUST00000217990 734 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Mptx1-201ENSMUST00000027816 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Clec1b-201ENSMUST00000032262 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 4921508M14Rik-201ENSMUST00000061679 1099 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 AC158777.1-201ENSMUST00000226216 1724 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Zhx1-202ENSMUST00000110168 5212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Nars-201ENSMUST00000025483 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Sertad3-201ENSMUST00000068641 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Frzb-201ENSMUST00000028389 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Ttc8-201ENSMUST00000079146 2270 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm8873-201ENSMUST00000217847 1439 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Strn-203ENSMUST00000145910 8629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Kcnj12-203ENSMUST00000108717 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Kif17-201ENSMUST00000030539 3453 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 AC160405.1-201ENSMUST00000218207 1545 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Aldoa-201ENSMUST00000032934 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Nrf1-201ENSMUST00000004761 1589 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Arxes1-201ENSMUST00000057625 1580 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Lgals12-202ENSMUST00000099729 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Traf1-202ENSMUST00000113064 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Atp8b1-201ENSMUST00000025482 6440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm1113-201ENSMUST00000183573 2434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Rps23-ps1-201ENSMUST00000116115 425 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm14829-201ENSMUST00000121499 1138 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm11457-203ENSMUST00000146846 676 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Rps23-ps2-201ENSMUST00000146939 432 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm42908-201ENSMUST00000197508 870 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm25580-201ENSMUST00000083409 327 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gps2-202ENSMUST00000072581 1311 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Plk4-203ENSMUST00000203295 3363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Picalm-213ENSMUST00000208742 3361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Ssh3-202ENSMUST00000113852 2735 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Mpp1-202ENSMUST00000114091 1558 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Sorbs1-213ENSMUST00000225153 3589 ntAPPRIS P4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm1661-203ENSMUST00000165128 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Fbxo21-201ENSMUST00000035579 3883 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm25148-201ENSMUST00000104611 123 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 B230307C23Rik-202ENSMUST00000122450 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm21958-201ENSMUST00000178832 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm27316-201ENSMUST00000184884 277 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm5738-201ENSMUST00000206016 779 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Tnfrsf14-205ENSMUST00000219534 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 AC118639.1-202ENSMUST00000226957 653 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Nsmce2-203ENSMUST00000227173 1122 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 4930553M12Rik-201ENSMUST00000057837 498 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Prdm4-201ENSMUST00000037646 3877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Lmo3-206ENSMUST00000163024 1331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Trh-201ENSMUST00000006046 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 4731419I09Rik-201ENSMUST00000180791 2820 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Hps1-204ENSMUST00000160455 2952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Styk1-202ENSMUST00000121078 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Igtp-203ENSMUST00000168280 1832 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm26519-201ENSMUST00000181193 2249 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Slc44a3-201ENSMUST00000039197 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Pdcd6ip-202ENSMUST00000111861 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Hlf-201ENSMUST00000004051 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Ighv1-81-201ENSMUST00000103548 351 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Tfap2a-202ENSMUST00000110193 2863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Zfp467-203ENSMUST00000114558 3115 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Celf2-205ENSMUST00000114927 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm13505-201ENSMUST00000121666 817 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Mir3100-201ENSMUST00000174918 65 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Six3os1-211ENSMUST00000176958 2889 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm3052-202ENSMUST00000188254 2224 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm29067-201ENSMUST00000190821 470 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm37582-201ENSMUST00000192953 1409 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm44939-201ENSMUST00000206939 814 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 AC241616.1-201ENSMUST00000213741 166 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 CT030195.2-201ENSMUST00000226074 1286 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Fbxl3-201ENSMUST00000022720 4309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Hspa9-201ENSMUST00000025217 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Dennd6a-201ENSMUST00000037585 6638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Scara3-201ENSMUST00000042046 3597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Grin3b-201ENSMUST00000045085 3283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Rpl37-201ENSMUST00000045356 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Lsm8-201ENSMUST00000056398 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Lmf1-201ENSMUST00000063344 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Adam9-204ENSMUST00000208247 4044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Slc4a1ap-213ENSMUST00000202950 2499 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Tsku-207ENSMUST00000206414 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Zscan21-201ENSMUST00000062350 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Bpi-203ENSMUST00000109500 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Radil-204ENSMUST00000110785 3708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Aldoart2-201ENSMUST00000080123 1658 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 BC003965-201ENSMUST00000088307 3022 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Acnat2-202ENSMUST00000107698 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 2700038G22Rik-201ENSMUST00000181574 1375 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Lyrm1-202ENSMUST00000106516 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Olfr29-ps1-201ENSMUST00000117959 963 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm15015-201ENSMUST00000135491 636 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Scn4aQ9ER60 Gm15020-201ENSMUST00000147142 636 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 48.1 ms