Protein–RNA interactions for Protein: Q9EPU0

Upf1, Regulator of nonsense transcripts 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,124 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf1Q9EPU0 Nfix-201ENSMUST00000076715 1403 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Upf1Q9EPU0 Rtl8b-201ENSMUST00000088778 1232 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Upf1Q9EPU0 2310034G01Rik-201ENSMUST00000189008 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Upf1Q9EPU0 Erh-205ENSMUST00000218740 981 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Upf1Q9EPU0 Ube2s-201ENSMUST00000079496 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Upf1Q9EPU0 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Upf1Q9EPU0 Vps51-209ENSMUST00000160590 840 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Upf1Q9EPU0 Ramp1-203ENSMUST00000188475 711 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Upf1Q9EPU0 Gm4881-201ENSMUST00000206705 1152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Upf1Q9EPU0 4930519A11Rik-202ENSMUST00000221053 667 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Upf1Q9EPU0 Rbks-201ENSMUST00000031018 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Upf1Q9EPU0 Cmc4-201ENSMUST00000033543 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Upf1Q9EPU0 Ubald2-201ENSMUST00000057676 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Eif1-201ENSMUST00000049385 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 1810059C17Rik-201ENSMUST00000125173 487 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Smad6-203ENSMUST00000179458 273 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Hist1h2ag-201ENSMUST00000091741 485 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 BC022687-201ENSMUST00000037014 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Lipt2-201ENSMUST00000032967 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Parl-201ENSMUST00000048642 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Rab28-205ENSMUST00000202913 863 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Hoxd4-202ENSMUST00000111980 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 1110004F10Rik-201ENSMUST00000032899 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Gm3264-202ENSMUST00000166776 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Tmem234-201ENSMUST00000102591 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Slc25a3-203ENSMUST00000164505 1483 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Rwdd1-201ENSMUST00000019917 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Tmem53-201ENSMUST00000062824 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Sds-201ENSMUST00000066540 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Dlk2-204ENSMUST00000170271 1783 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Clta-201ENSMUST00000107845 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Cck-204ENSMUST00000216138 799 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 D130020L05Rik-203ENSMUST00000221044 803 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Sccpdh-201ENSMUST00000040538 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Upf1Q9EPU0 Ly6h-206ENSMUST00000156032 752 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Ly6h-201ENSMUST00000023241 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Vax2os-202ENSMUST00000150233 595 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Specc1-215ENSMUST00000202744 674 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Ctf1-204ENSMUST00000206506 784 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Wbp1-201ENSMUST00000032111 1419 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Auh-204ENSMUST00000120535 1647 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Fitm1-201ENSMUST00000022826 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Lsm2-201ENSMUST00000007266 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Btbd17-201ENSMUST00000000206 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 3110082J24Rik-202ENSMUST00000199573 767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Gm45894-202ENSMUST00000212728 1097 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Park7-201ENSMUST00000030805 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Metrn-202ENSMUST00000165838 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Art5-201ENSMUST00000094128 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Hist1h4c-201ENSMUST00000102967 820 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Rell2-211ENSMUST00000176902 1835 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Cys1-208ENSMUST00000189849 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Hsp25-ps1-201ENSMUST00000109187 630 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Tfam-203ENSMUST00000121685 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Dlx6-203ENSMUST00000171311 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 1700003N22Rik-201ENSMUST00000194834 808 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Kcmf1-206ENSMUST00000206378 544 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Hes3-202ENSMUST00000218045 962 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Dgcr6-209ENSMUST00000155387 1415 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Pithd1-201ENSMUST00000105851 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Hotairm1-201ENSMUST00000129546 409 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 1700051O22Rik-202ENSMUST00000195451 638 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Gm4968-201ENSMUST00000071458 858 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
Upf1Q9EPU0 Rxrb-203ENSMUST00000173354 1743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Mad2l2-201ENSMUST00000030860 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Tmem203-201ENSMUST00000104998 854 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 A730056A06Rik-202ENSMUST00000206959 526 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Tmem239-201ENSMUST00000055421 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Gm26776-201ENSMUST00000180479 1872 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Htatip2-202ENSMUST00000207895 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Rhno1-203ENSMUST00000112152 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Kti12-201ENSMUST00000102738 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Nnat-205ENSMUST00000153739 1146 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Cdkn1c-202ENSMUST00000167912 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Nnat-206ENSMUST00000172487 404 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Nnat-210ENSMUST00000173839 1135 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Nfe2l3-203ENSMUST00000160133 1125 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Ptrh1-201ENSMUST00000066352 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Gm10209-201ENSMUST00000203397 1607 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 4930507D05Rik-201ENSMUST00000181110 1834 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Gm11627-201ENSMUST00000107080 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Gm12527-201ENSMUST00000117967 564 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Mir6982-201ENSMUST00000184354 68 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
Upf1Q9EPU0 Hspb1-201ENSMUST00000005077 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.3 ms