Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Mlycd-201ENSMUST00000098367 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Mrpl48-207ENSMUST00000146003 1625 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Naa20-202ENSMUST00000110000 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Josd2-211ENSMUST00000134398 563 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Pigx-211ENSMUST00000189013 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Rtn4rl2-201ENSMUST00000054514 1263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Pigx-201ENSMUST00000096109 993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 P4ha3-201ENSMUST00000057023 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Ntsr2-201ENSMUST00000111064 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col6a1Q04857 Ltk-205ENSMUST00000140224 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Ltk-206ENSMUST00000182203 2232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Rtn4-210ENSMUST00000170731 1272 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Dtd2-202ENSMUST00000085404 1012 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Msl2-202ENSMUST00000189616 2612 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Henmt1-201ENSMUST00000059946 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 2310061I04Rik-203ENSMUST00000148482 1193 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Gm13001-201ENSMUST00000154285 774 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Gng2-202ENSMUST00000159028 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Gm26571-205ENSMUST00000223215 591 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Cdkn1c-202ENSMUST00000167912 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Pan3-201ENSMUST00000031651 5048 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Ppp3cc-201ENSMUST00000078434 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Aktip-205ENSMUST00000125257 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 March9-201ENSMUST00000040307 3037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Ubtd1-201ENSMUST00000026170 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Cetn4-203ENSMUST00000102955 1064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Pigp-204ENSMUST00000113914 912 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Drd4-201ENSMUST00000026569 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Ankrd9-204ENSMUST00000140788 1451 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Dap-205ENSMUST00000186547 535 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Lrrc24-201ENSMUST00000036247 1758 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Lrp2-202ENSMUST00000092551 2228 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Dlk2-204ENSMUST00000170271 1783 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Anapc13-204ENSMUST00000190279 589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Gm8493-201ENSMUST00000196881 489 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Rnf187-202ENSMUST00000217262 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Kctd17-201ENSMUST00000089414 1180 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Dusp28-201ENSMUST00000060913 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Nfkbil1-201ENSMUST00000048994 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Msl1-203ENSMUST00000107485 2091 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Tmbim6-202ENSMUST00000159209 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Usf2-211ENSMUST00000172417 648 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Gm9870-201ENSMUST00000063874 645 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Smox-202ENSMUST00000110179 1320 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Art1-201ENSMUST00000033300 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col6a1Q04857 Zgpat-202ENSMUST00000108807 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Gm27027-201ENSMUST00000183110 547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Ccdc9-201ENSMUST00000041010 2379 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Gltpd2-201ENSMUST00000057685 1216 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Krt10-201ENSMUST00000103131 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Ing2-201ENSMUST00000080353 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Rbp4-202ENSMUST00000112335 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Arv1-201ENSMUST00000034463 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Dync1i1-203ENSMUST00000115556 2718 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Triobp-201ENSMUST00000109687 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Dhrs13os-201ENSMUST00000150471 2429 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Tk2-205ENSMUST00000212275 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 AC112142.1-201ENSMUST00000228796 918 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 E030030I06Rik-201ENSMUST00000069372 876 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Grin2d-203ENSMUST00000211713 5244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Acot3-203ENSMUST00000223080 1545 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Dact1-202ENSMUST00000150639 2448 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Gnl1-201ENSMUST00000087200 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Hrh3-203ENSMUST00000164442 1242 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Wdr70-203ENSMUST00000227371 1130 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Ptpn4-203ENSMUST00000163435 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Snx7-201ENSMUST00000029639 2021 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 4930526A20Rik-202ENSMUST00000142461 1628 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Tcte2-209ENSMUST00000143162 1221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Prr3-204ENSMUST00000172900 439 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Serbp1-212ENSMUST00000204294 717 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Cdkn2a-201ENSMUST00000060501 852 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Gm3558-201ENSMUST00000163790 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Tmed10-201ENSMUST00000040766 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 AW121686-201ENSMUST00000181049 2200 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Taf3-203ENSMUST00000114907 695 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Gm6569-201ENSMUST00000154520 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Arl10-201ENSMUST00000026988 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Gfra4-201ENSMUST00000028787 909 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Dyrk1b-202ENSMUST00000172467 2523 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Dyrk1b-201ENSMUST00000085901 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Rell2-211ENSMUST00000176902 1835 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Cdk18-202ENSMUST00000112362 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
Col6a1Q04857 Nrxn1-213ENSMUST00000172466 2477 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
Col6a1Q04857 Tifa-202ENSMUST00000163775 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Col6a1Q04857 Cys1-208ENSMUST00000189849 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Col6a1Q04857 Porcn-203ENSMUST00000089402 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Col6a1Q04857 Mnx1-202ENSMUST00000165512 2245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Col6a1Q04857 Prph-201ENSMUST00000024249 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Col6a1Q04857 Nabp2-202ENSMUST00000164199 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.2 ms