Protein–RNA interactions for Protein: P11087

Col1a1, Collagen alpha-1(I) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,453 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col1a1P11087 Llph-202ENSMUST00000130198 1463 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Cept1-203ENSMUST00000121231 2121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Tcte2-202ENSMUST00000127032 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Snhg6-203ENSMUST00000182580 473 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Dap-205ENSMUST00000186547 535 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Cdc34b-202ENSMUST00000188741 1252 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Tor3a-208ENSMUST00000190607 453 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Cdc34-201ENSMUST00000020550 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Cdc34b-201ENSMUST00000021240 1233 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Hist1h2bp-201ENSMUST00000102982 469 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Mms22l-205ENSMUST00000138567 1350 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 3110082J24Rik-202ENSMUST00000199573 767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Arhgap8-207ENSMUST00000172307 1544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Kdelr3-201ENSMUST00000010974 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Fbxw2-204ENSMUST00000113077 1670 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 2310061I04Rik-203ENSMUST00000148482 1193 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Camk1-201ENSMUST00000032409 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Srsf2-201ENSMUST00000092404 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 D630036H23Rik-201ENSMUST00000171007 940 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Fbxo2-201ENSMUST00000047951 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Creb1-204ENSMUST00000185594 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Uchl5-206ENSMUST00000189936 1696 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Gm12063-201ENSMUST00000148087 715 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 6230400D17Rik-202ENSMUST00000224976 1019 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Arv1-201ENSMUST00000034463 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Krtap5-3-201ENSMUST00000084414 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Col1a1P11087 Nat14-204ENSMUST00000207687 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Mad2l2-201ENSMUST00000030860 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Chkb-201ENSMUST00000023289 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Gm26833-201ENSMUST00000180899 440 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Gm7160-202ENSMUST00000188519 1027 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Spcs1-204ENSMUST00000226782 949 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 D830025C05Rik-201ENSMUST00000059474 976 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Gm10493-201ENSMUST00000097270 612 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Rcc1l-201ENSMUST00000076228 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Pla2g12a-201ENSMUST00000029629 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Gm10849-201ENSMUST00000100397 618 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Gm26571-201ENSMUST00000181399 666 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Spcs1-207ENSMUST00000228767 1008 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Akr7a5-201ENSMUST00000073787 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 4930444P10Rik-202ENSMUST00000145070 1844 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 0610010K14Rik-208ENSMUST00000108578 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Cadm1-201ENSMUST00000034581 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC24.73■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Gm6085-201ENSMUST00000182774 1470 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Ubl3-204ENSMUST00000201595 2064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Setd4-201ENSMUST00000023669 1816 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Hyal2-203ENSMUST00000193747 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Gm27405-201ENSMUST00000184201 112 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Cdkn2aipnl-201ENSMUST00000102763 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Stx18-202ENSMUST00000042146 1473 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Uap1-203ENSMUST00000111351 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Gm6916-201ENSMUST00000205277 828 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Gpx7-201ENSMUST00000030332 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Gabpb1-203ENSMUST00000103226 1338 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Rbm34-203ENSMUST00000212618 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Rxrb-203ENSMUST00000173354 1743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 St3gal5-202ENSMUST00000114112 2439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Gm13067-201ENSMUST00000134236 404 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Yjefn3-203ENSMUST00000180068 629 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Cdkn2a-201ENSMUST00000060501 852 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Tmem171-201ENSMUST00000064347 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Hoxb9-201ENSMUST00000000010 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
Col1a1P11087 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 1700086O06Rik-202ENSMUST00000181871 1564 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 Wnt16-203ENSMUST00000148639 1168 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 A930012O16Rik-202ENSMUST00000156418 1541 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 Hes7-201ENSMUST00000024543 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 Eif2b3-203ENSMUST00000106448 1555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 Prodh-206ENSMUST00000139861 677 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 Tinagl1-209ENSMUST00000175992 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 1700012B09Rik-204ENSMUST00000191047 654 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 Gm43530-201ENSMUST00000195920 274 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 Gm44731-201ENSMUST00000203086 542 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 Rab42-201ENSMUST00000040411 761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 Ltb4r2-201ENSMUST00000044554 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Col1a1P11087 Kcna3-201ENSMUST00000052718 1902 ntAPPRIS P1 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.5 ms