Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Ccpg1-206ENSMUST00000140675 2839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Zfp810-201ENSMUST00000086278 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Fgfr3-211ENSMUST00000171509 4020 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Sike1-201ENSMUST00000029447 7375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Zfp202-201ENSMUST00000026693 3461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Tle3-204ENSMUST00000159386 4527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Pparg-204ENSMUST00000203732 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Cyb5rl-203ENSMUST00000106758 2516 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Dnaic2-201ENSMUST00000069325 2874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Enah-201ENSMUST00000078719 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Zer1-202ENSMUST00000113677 4189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Strada-201ENSMUST00000007444 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Spns3-202ENSMUST00000092940 2080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Gm6903-201ENSMUST00000160509 1366 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Evc2-201ENSMUST00000056365 4091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Ralgapa2-211ENSMUST00000228797 8245 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 2010007H06Rik-202ENSMUST00000186025 4934 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Magee1-201ENSMUST00000033578 3550 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Psap-203ENSMUST00000165878 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Gabrr2-202ENSMUST00000108162 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 1110028F11Rik-201ENSMUST00000137077 837 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Gm7666-201ENSMUST00000146631 819 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Pcgf1-207ENSMUST00000177177 854 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Gm10550-201ENSMUST00000188846 982 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 4930430O22Rik-202ENSMUST00000202548 579 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Gng8-204ENSMUST00000205716 432 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Pgam2-201ENSMUST00000020768 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Gm8285-201ENSMUST00000208293 759 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Cmtm2a-203ENSMUST00000212492 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 AC122463.1-201ENSMUST00000214559 597 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 AC101677.2-201ENSMUST00000218733 741 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 AC134860.1-201ENSMUST00000224867 660 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Mlf1-201ENSMUST00000061322 1113 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Cd320-202ENSMUST00000087559 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Trim28Q62318 Trpm4-209ENSMUST00000211743 3673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Sec62-201ENSMUST00000029256 3967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Gm32479-201ENSMUST00000204226 2739 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Myo1d-201ENSMUST00000041065 5354 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Slc25a25-205ENSMUST00000113310 3278 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Smarca5-201ENSMUST00000043359 6113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Parp3-202ENSMUST00000112479 2030 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Slc16a3-208ENSMUST00000168579 4335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Tas1r1-201ENSMUST00000030792 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Api5-201ENSMUST00000028617 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 5430405H02Rik-201ENSMUST00000153616 1431 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Nsd3-208ENSMUST00000146919 3652 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Ap5b1-201ENSMUST00000096318 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Cdadc1-203ENSMUST00000167100 2243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Coch-201ENSMUST00000085412 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Lin28a-201ENSMUST00000051674 3505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Pgap2-204ENSMUST00000120879 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Susd3-201ENSMUST00000021816 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Myf5-201ENSMUST00000000445 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Rccd1-201ENSMUST00000047362 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Vamp5-202ENSMUST00000101285 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Taf6l-202ENSMUST00000010249 848 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Cd300ld2-202ENSMUST00000106578 918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Cdc42se1-204ENSMUST00000107201 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Camk1d-202ENSMUST00000114987 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Hemk1-202ENSMUST00000118051 453 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Mup-ps26-201ENSMUST00000121751 202 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Gm14441-201ENSMUST00000121960 540 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Gm17391-201ENSMUST00000171036 126 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Gnpda2-207ENSMUST00000173927 1011 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Gm6450-201ENSMUST00000200896 574 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Gm5051-201ENSMUST00000204085 485 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Gm44867-201ENSMUST00000205675 530 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Gm10109-202ENSMUST00000206890 1211 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 2010001M07Rik-201ENSMUST00000214235 364 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Gm2553-201ENSMUST00000215986 605 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 AC125486.1-201ENSMUST00000218701 320 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Gm29787-201ENSMUST00000222129 849 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Psmg2-201ENSMUST00000025418 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Cthrc1-201ENSMUST00000067072 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Gm10109-201ENSMUST00000072123 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Ifi27-203ENSMUST00000076788 708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Rpl9-ps6-201ENSMUST00000078034 691 ntAPPRIS P1 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Hist1h1b-201ENSMUST00000080511 743 ntAPPRIS P1 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Gm5537-201ENSMUST00000091117 1252 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Scoc-202ENSMUST00000167525 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Specc1-202ENSMUST00000092415 6797 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Pdp1-203ENSMUST00000108297 4201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Srsf5-202ENSMUST00000110351 1498 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Tmem269-201ENSMUST00000030394 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Adgrb2-202ENSMUST00000097868 4635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Slc14a2-202ENSMUST00000163367 1428 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Cib2-201ENSMUST00000041901 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 6430571L13Rik-201ENSMUST00000042581 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Ly6e-210ENSMUST00000188866 2068 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 2810403A07Rik-201ENSMUST00000029696 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Srsf10-205ENSMUST00000126641 3754 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Abhd12b-203ENSMUST00000169156 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Phka1-201ENSMUST00000043596 5938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Zfp362-202ENSMUST00000106072 2812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Gm2916-202ENSMUST00000181779 1702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Gm22144-201ENSMUST00000157402 102 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Gm17231-202ENSMUST00000165858 663 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Trub2-210ENSMUST00000177467 744 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Gm37707-201ENSMUST00000195309 325 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Trim28Q62318 Gm38804-201ENSMUST00000203998 767 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 39.2 ms