Protein–RNA interactions for Protein: Q8C9S8

Atg4a, Cysteine protease ATG4A, mousemouse

Predictions only

Length 396 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Atg4aQ8C9S8 Rpl10-201ENSMUST00000008826 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Cdv3-203ENSMUST00000116517 3741 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Kirrel-203ENSMUST00000159976 7236 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Gm11766-201ENSMUST00000143428 3018 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Pycr1-206ENSMUST00000170556 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Rbl1-201ENSMUST00000029170 4862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Dock4-201ENSMUST00000037488 8552 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Sp9-201ENSMUST00000090813 4514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Capn3-201ENSMUST00000028748 2606 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 4921507P07Rik-201ENSMUST00000031852 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Hdac5-202ENSMUST00000107150 3759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 A830082K12Rik-201ENSMUST00000123998 2203 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Nsd3-208ENSMUST00000146919 3652 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Tlr9-201ENSMUST00000062241 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Ly6e-210ENSMUST00000188866 2068 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Dlgap4-203ENSMUST00000099145 3402 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Yod1-201ENSMUST00000049813 6128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Chrna3-201ENSMUST00000034851 4358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Vamp1-203ENSMUST00000100942 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Fancc-217ENSMUST00000163091 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Wdr89-201ENSMUST00000062370 2979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Gm11696-203ENSMUST00000188296 1793 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Tfe3-204ENSMUST00000115677 2943 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Gm2916-202ENSMUST00000181779 1702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Osbpl8-202ENSMUST00000105275 7204 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Iqcc-201ENSMUST00000046675 2639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Ptdss2-201ENSMUST00000026568 3624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Wfdc8-201ENSMUST00000094351 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Mybl1-202ENSMUST00000115468 2493 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 3200001D21Rik-201ENSMUST00000221603 2283 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Spryd7-201ENSMUST00000022497 4002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Tti2-202ENSMUST00000209851 3133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Fpr1-201ENSMUST00000061516 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Rps3-202ENSMUST00000107096 952 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Gm14726-201ENSMUST00000120623 896 ntBASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Rbm3-ps-201ENSMUST00000121422 465 ntBASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Gm17040-201ENSMUST00000168672 548 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Gm17586-201ENSMUST00000181502 908 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Gm26956-201ENSMUST00000182176 986 ntBASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 AC122371.3-201ENSMUST00000223402 1061 ntBASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Tgfbr1-202ENSMUST00000044234 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Stau1-201ENSMUST00000049412 2840 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Slc7a15-201ENSMUST00000036938 1907 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Parp10-202ENSMUST00000165738 3367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Dtx1-201ENSMUST00000031607 4035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Hmg20a-204ENSMUST00000214869 1782 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Pds5b-201ENSMUST00000016569 7417 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Runx3-201ENSMUST00000056977 3884 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Acnat2-201ENSMUST00000081541 1664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Gm42748-201ENSMUST00000199354 2341 ntBASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Slc24a4-201ENSMUST00000079020 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Gpd2-201ENSMUST00000028167 5620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Ndel1-202ENSMUST00000101017 1646 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Bckdk-201ENSMUST00000071056 3405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Map1b-203ENSMUST00000223725 2669 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Slc25a45-206ENSMUST00000155697 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Calu-206ENSMUST00000172974 3063 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 N4bp2l1-201ENSMUST00000016279 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Srrt-209ENSMUST00000197466 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Srrt-212ENSMUST00000199243 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Vps25-204ENSMUST00000107280 876 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Aif1-203ENSMUST00000172693 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Gm13381-202ENSMUST00000177012 640 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 6530403H02Rik-204ENSMUST00000183276 659 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Crip2-202ENSMUST00000196015 772 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Sox2ot-207ENSMUST00000196987 727 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Gm43403-202ENSMUST00000198830 370 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Gm5565-201ENSMUST00000199463 1162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Gm43758-201ENSMUST00000199500 367 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Gm45331-201ENSMUST00000209868 554 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Gm7619-201ENSMUST00000210649 1282 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Ifi30-202ENSMUST00000222087 981 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 AC163667.3-201ENSMUST00000225774 222 ntBASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Tm2d3-201ENSMUST00000032726 908 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Lrrc52-201ENSMUST00000036643 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Atg4aQ8C9S8 Zfp810-201ENSMUST00000086278 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Lig1-210ENSMUST00000165964 3166 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Cerk-203ENSMUST00000156546 2162 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Oasl1-201ENSMUST00000031540 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Cacna2d1-201ENSMUST00000039370 3933 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Olfr288-202ENSMUST00000165379 2083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Gm44831-201ENSMUST00000208469 2989 ntBASIC15.02□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 AC154517.2-201ENSMUST00000220829 2458 ntBASIC15.02□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Epb41l5-208ENSMUST00000191046 6870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Tssk5-201ENSMUST00000071119 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Rnft2-202ENSMUST00000121369 4431 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Ascc1-202ENSMUST00000164083 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Eif4g3-203ENSMUST00000084215 8134 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Fbxl12-203ENSMUST00000131128 4182 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 AC157950.1-201ENSMUST00000217561 2168 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Col5a1-201ENSMUST00000028280 8406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Ggt1-208ENSMUST00000134503 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Rnf225-201ENSMUST00000045870 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Xrra1-202ENSMUST00000207855 1334 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Cdc26-202ENSMUST00000107459 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Gm11961-202ENSMUST00000141157 760 ntTSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Pigyl-202ENSMUST00000148088 676 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Ppm1h-208ENSMUST00000162969 811 ntTSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Gm28192-201ENSMUST00000189381 778 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Atg4aQ8C9S8 Gm8885-201ENSMUST00000189382 598 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35 ms