Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Impdh1-201ENSMUST00000078155 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp579-201ENSMUST00000108572 2157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Setd4-201ENSMUST00000023669 1816 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp1cb-206ENSMUST00000202078 383 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 AC161180.2-201ENSMUST00000222567 1015 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Chml-203ENSMUST00000210367 1324 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Btbd19-209ENSMUST00000183310 1620 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Kcnip1-203ENSMUST00000109340 1840 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Letm2-209ENSMUST00000210810 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Rem2-201ENSMUST00000164697 1194 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Svbp-201ENSMUST00000030395 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Ostc-201ENSMUST00000043937 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Gm9780-202ENSMUST00000184915 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Ccdc39Q9D5Y1 Kmt5a-201ENSMUST00000059580 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Hebp2-202ENSMUST00000213153 968 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Klf2-201ENSMUST00000067912 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 AC153962.1-201ENSMUST00000218530 1948 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Ube2q1-201ENSMUST00000038356 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 1810026B05Rik-203ENSMUST00000184587 5738 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Lrp2-202ENSMUST00000092551 2228 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Oser1-201ENSMUST00000046908 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Msl1-203ENSMUST00000107485 2091 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Clta-204ENSMUST00000107849 1099 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 D130020L05Rik-203ENSMUST00000221044 803 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Ltk-205ENSMUST00000140224 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Ltk-206ENSMUST00000182203 2232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Llph-202ENSMUST00000130198 1463 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Zc3h8-201ENSMUST00000028866 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Pithd1-201ENSMUST00000105851 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Lrrfip2-205ENSMUST00000196981 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Ppm1g-205ENSMUST00000202294 1868 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Dynlt1f-201ENSMUST00000179554 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Phf14-203ENSMUST00000115511 3336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Bend6-201ENSMUST00000062289 2487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Wnt5b-204ENSMUST00000178696 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Aurkb-202ENSMUST00000108666 1831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Gm45869-201ENSMUST00000210335 1704 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Nkx6-2-202ENSMUST00000106095 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 8430432A02Rik-201ENSMUST00000039080 1248 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Tcte2-201ENSMUST00000053376 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Rmdn2-208ENSMUST00000225357 2118 ntAPPRIS P1 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Mageb3-201ENSMUST00000104936 2341 ntAPPRIS P1 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Gm16253-201ENSMUST00000148290 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Pkig-202ENSMUST00000099105 640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 E130311K13Rik-201ENSMUST00000061706 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Dcun1d5-202ENSMUST00000215683 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ccdc39Q9D5Y1 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp335os-201ENSMUST00000129364 1127 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 AC122379.1-201ENSMUST00000220658 355 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Ssr2-201ENSMUST00000035785 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Hyal2-201ENSMUST00000010191 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Btbd17-201ENSMUST00000000206 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Srm-201ENSMUST00000006611 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Snrpb-201ENSMUST00000103199 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Ankrd11-207ENSMUST00000212937 943 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 4930444P10Rik-202ENSMUST00000145070 1844 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 A830035O19Rik-201ENSMUST00000216147 1898 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Habp4-201ENSMUST00000021929 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Pus1-202ENSMUST00000031483 1814 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Tshz1-201ENSMUST00000060303 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 5930403N24Rik-204ENSMUST00000217338 337 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Tbc1d24-201ENSMUST00000024931 4894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Gm13448-201ENSMUST00000143469 1847 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Slc25a38-201ENSMUST00000035106 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Gm26558-201ENSMUST00000180559 861 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 A730098A19Rik-201ENSMUST00000188193 978 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Pawr-202ENSMUST00000218332 870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Sox2-201ENSMUST00000099151 2057 ntAPPRIS P1 BASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Nckap1-201ENSMUST00000028386 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Psmd11-214ENSMUST00000173938 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 2900079G21Rik-201ENSMUST00000139552 1139 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Smox-207ENSMUST00000110186 2170 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Slc9a7-202ENSMUST00000115393 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Hoxb7-201ENSMUST00000049352 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Ccdc74a-201ENSMUST00000056962 1273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Pnrc1-201ENSMUST00000049357 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Gm26617-201ENSMUST00000180381 4429 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Tsen34-202ENSMUST00000108627 1319 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Uap1-203ENSMUST00000111351 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Grm2-203ENSMUST00000201681 2111 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Clta-205ENSMUST00000107851 1135 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Ankra2-205ENSMUST00000150916 1028 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Gm9847-201ENSMUST00000052528 599 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
Ccdc39Q9D5Y1 Cblc-202ENSMUST00000108449 1514 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Fbxl6-201ENSMUST00000023219 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.1 ms