Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Mid2-201ENSMUST00000112988 2525 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Eri3-201ENSMUST00000037127 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Gnas-206ENSMUST00000109084 1695 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 B430218F22Rik-201ENSMUST00000181168 1495 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Hoxa9-202ENSMUST00000114425 851 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Stard4-203ENSMUST00000119991 941 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 4930439D14Rik-201ENSMUST00000186765 359 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Alad-201ENSMUST00000030090 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Brf1-201ENSMUST00000011302 2615 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Homer2-201ENSMUST00000026922 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Ing1-201ENSMUST00000054399 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Chml-203ENSMUST00000210367 1324 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Sumf1-206ENSMUST00000172188 723 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 1110065P20Rik-206ENSMUST00000185036 1223 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Gm44866-201ENSMUST00000208774 391 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Kmt5b-201ENSMUST00000005518 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Gnl1-201ENSMUST00000087200 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Tmem185a-202ENSMUST00000114630 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Rhod-201ENSMUST00000048197 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Ppm1g-205ENSMUST00000202294 1868 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Tinagl1-209ENSMUST00000175992 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Nrxn1-213ENSMUST00000172466 2477 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Lrp2-202ENSMUST00000092551 2228 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Tsen34-202ENSMUST00000108627 1319 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Get4-201ENSMUST00000026976 2107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Bag1-201ENSMUST00000030125 1295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Gng12-202ENSMUST00000114222 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Tmem230-202ENSMUST00000110163 1551 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Terf2-202ENSMUST00000068421 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Psip1-202ENSMUST00000107214 1973 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 St3gal5-202ENSMUST00000114112 2439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 E130307A14Rik-202ENSMUST00000133302 438 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Dhrs13os-201ENSMUST00000150471 2429 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Tmem59-202ENSMUST00000106753 1148 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Gm20548-204ENSMUST00000174528 791 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Appbp2os-202ENSMUST00000206972 447 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Stub1-201ENSMUST00000044911 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Krt72-201ENSMUST00000071104 1951 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 P4ha3-201ENSMUST00000057023 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Lrrfip2-205ENSMUST00000196981 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Mblac1-201ENSMUST00000057773 1308 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.15
Sf3b1Q99NB9 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Rhou-201ENSMUST00000045487 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Kmt5a-201ENSMUST00000059580 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Pwwp2b-202ENSMUST00000172136 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Gm12821-201ENSMUST00000120022 600 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Pnrc1-201ENSMUST00000049357 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Dcaf15-201ENSMUST00000041367 2312 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Rbm34-203ENSMUST00000212618 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Ttc14-206ENSMUST00000196975 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Pi16-201ENSMUST00000114699 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Bex4-201ENSMUST00000116527 837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Gm13001-201ENSMUST00000154285 774 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Phactr2-202ENSMUST00000105543 2735 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Slc25a38-201ENSMUST00000035106 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Ppp1r12b-203ENSMUST00000112163 828 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 D630002J18Rik-201ENSMUST00000181854 1115 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Kiss1-203ENSMUST00000193888 624 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Rmdn2-208ENSMUST00000225357 2118 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Lypla2-201ENSMUST00000067567 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 6330403L08Rik-202ENSMUST00000187923 5522 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Eif2b3-203ENSMUST00000106448 1555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 4933406I18Rik-202ENSMUST00000163996 904 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Sox8-202ENSMUST00000173447 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Cox5b-204ENSMUST00000193210 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Lgi2-201ENSMUST00000039750 6456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Dleu2-203ENSMUST00000182259 1437 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 2810025M15Rik-201ENSMUST00000061537 1194 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Pithd1-201ENSMUST00000105851 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Nle1-201ENSMUST00000103213 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Gm14424-201ENSMUST00000143191 895 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Sf3b1Q99NB9 Carm1-201ENSMUST00000034703 3220 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Sf3b1Q99NB9 Mir155hg-202ENSMUST00000185662 1362 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Sf3b1Q99NB9 Gm10382-201ENSMUST00000100700 1233 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Sf3b1Q99NB9 Htra2-202ENSMUST00000113962 1305 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Sf3b1Q99NB9 Slc15a4-201ENSMUST00000031367 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Sf3b1Q99NB9 Ccdc88a-202ENSMUST00000109477 1716 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Sf3b1Q99NB9 Mageb3-201ENSMUST00000104936 2341 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Sf3b1Q99NB9 Fbxl14-201ENSMUST00000032094 2963 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Sf3b1Q99NB9 Cblc-202ENSMUST00000108449 1514 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Sf3b1Q99NB9 Hyi-205ENSMUST00000194248 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Sf3b1Q99NB9 Proca1-201ENSMUST00000060539 960 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Sf3b1Q99NB9 Git2-214ENSMUST00000155908 2338 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Sf3b1Q99NB9 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Sf3b1Q99NB9 AC115037.1-201ENSMUST00000223391 2173 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.6 ms