Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
Col18a1P39061 Lrrc3b-201ENSMUST00000055211 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
Col18a1P39061 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Cox16-207ENSMUST00000169124 685 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Sumo3-209ENSMUST00000174113 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Nrbp2-208ENSMUST00000228366 1863 ntAPPRIS P1 BASIC28.94■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Gm13448-201ENSMUST00000143469 1847 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 4930507D05Rik-201ENSMUST00000181110 1834 ntAPPRIS P1 BASIC28.94■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Tor3a-208ENSMUST00000190607 453 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Gm43759-201ENSMUST00000196925 1261 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Gm28050-202ENSMUST00000131029 663 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Kcnd3os-201ENSMUST00000130683 1091 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Henmt1-201ENSMUST00000059946 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Gm10033-202ENSMUST00000211874 928 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Gpx7-201ENSMUST00000030332 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Stac3-202ENSMUST00000160019 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 D030056L22Rik-202ENSMUST00000062753 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Gm12669-201ENSMUST00000122162 1009 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Vamp5-201ENSMUST00000074231 553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Cbln2-203ENSMUST00000122464 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 AC158990.1-201ENSMUST00000221450 2016 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Gabpb1-203ENSMUST00000103226 1338 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Gm42642-201ENSMUST00000200683 355 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Gm6085-201ENSMUST00000182774 1470 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Eri3-201ENSMUST00000037127 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 Ltb4r2-201ENSMUST00000044554 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Col18a1P39061 3110082J24Rik-202ENSMUST00000199573 767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Gm16286-201ENSMUST00000025463 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Camk1-201ENSMUST00000032409 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Gm43060-201ENSMUST00000200621 289 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Tspan17-202ENSMUST00000099503 822 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 D630036H23Rik-201ENSMUST00000171007 940 ntAPPRIS P1 BASIC28.87■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Gm7160-202ENSMUST00000188519 1027 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 5033430I15Rik-201ENSMUST00000038032 729 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 D830025C05Rik-201ENSMUST00000059474 976 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Tmbim4-201ENSMUST00000020446 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Gtsf1-201ENSMUST00000023129 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Lrfn1-201ENSMUST00000055110 1479 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Ubald2-201ENSMUST00000057676 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Rell2-201ENSMUST00000070709 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Apoe-206ENSMUST00000174064 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 1700086O06Rik-202ENSMUST00000181871 1564 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Slc25a3-203ENSMUST00000164505 1483 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Neurl1b-203ENSMUST00000183077 1084 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 A930018P22Rik-201ENSMUST00000040374 822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 B230217C12Rik-201ENSMUST00000054783 1189 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Kdelr3-201ENSMUST00000010974 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Mpig6b-202ENSMUST00000174190 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC28.84■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Gm38165-201ENSMUST00000191654 486 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Htra1-201ENSMUST00000006367 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Marc1-201ENSMUST00000048462 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Col18a1P39061 Kctd5-201ENSMUST00000017090 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Col18a1P39061 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Col18a1P39061 Gm40848-201ENSMUST00000221998 324 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
Col18a1P39061 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
Col18a1P39061 Amh-201ENSMUST00000036016 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Col18a1P39061 Dnajb2-206ENSMUST00000187058 1732 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Col18a1P39061 Gpx4-202ENSMUST00000105372 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Col18a1P39061 Prodh-206ENSMUST00000139861 677 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Col18a1P39061 Mrpl52-201ENSMUST00000010550 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Col18a1P39061 Cnpy3-202ENSMUST00000121671 561 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
Col18a1P39061 March8-204ENSMUST00000123405 2102 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
Col18a1P39061 Gm15270-201ENSMUST00000125158 870 ntTSL 3 BASIC28.78■■■□□ 2.2
Col18a1P39061 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Col18a1P39061 Rnf39-202ENSMUST00000173072 631 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
Col18a1P39061 Gm45168-202ENSMUST00000206461 1069 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
Col18a1P39061 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.2
Col18a1P39061 Cacna2d1-207ENSMUST00000196750 1272 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Ypel3-201ENSMUST00000038614 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Wasl-202ENSMUST00000041737 1298 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Zfp513-201ENSMUST00000031562 2213 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Kdm3b-204ENSMUST00000224715 2032 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Gm7143-201ENSMUST00000222811 859 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Rhno1-203ENSMUST00000112152 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Btbd17-201ENSMUST00000000206 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Adgrb1-202ENSMUST00000170845 2704 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Gpx1-202ENSMUST00000191997 787 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Sap30-201ENSMUST00000034022 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Grifin-201ENSMUST00000042993 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 H2afy-201ENSMUST00000016081 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Ccdc88a-202ENSMUST00000109477 1716 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Gamt-201ENSMUST00000020359 979 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Gm46218-201ENSMUST00000215448 801 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Gm11650-201ENSMUST00000141271 1145 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 Gm14486-201ENSMUST00000144704 644 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
Col18a1P39061 4930519A11Rik-202ENSMUST00000221053 667 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.1 ms