Protein–RNA interactions for Protein: Q8CCB4

Vps53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 832 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps53Q8CCB4 Mbd3-201ENSMUST00000092295 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 H3f3a-207ENSMUST00000162814 724 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Sin3b-203ENSMUST00000212095 1257 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Polr1d-201ENSMUST00000050970 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Dcun1d5-202ENSMUST00000215683 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Hsd11b2-201ENSMUST00000034363 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Atf5-201ENSMUST00000047356 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Nt5m-201ENSMUST00000102695 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Tcte2-202ENSMUST00000127032 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Cys1-208ENSMUST00000189849 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Psmd7-201ENSMUST00000044106 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Dnajb2-207ENSMUST00000188290 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 4930526A20Rik-202ENSMUST00000142461 1628 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Msl2-202ENSMUST00000189616 2612 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Slc35a3-201ENSMUST00000029569 5725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Slc35e2-203ENSMUST00000118607 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Stub1-201ENSMUST00000044911 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Stk19-201ENSMUST00000077477 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Hlx-201ENSMUST00000048572 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Jak2-201ENSMUST00000025705 4947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Gm11492-201ENSMUST00000060360 1972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Slc18a3-201ENSMUST00000191501 2413 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Col23a1-201ENSMUST00000102765 5658 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Nrarp-201ENSMUST00000104999 2582 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Ccdc9-201ENSMUST00000041010 2379 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Actr5-201ENSMUST00000045644 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Dmtn-209ENSMUST00000228295 2572 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Gm10642-201ENSMUST00000098589 1610 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Nrxn1-213ENSMUST00000172466 2477 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Msrb1-201ENSMUST00000101800 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Ltb-203ENSMUST00000173600 905 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Gm28417-201ENSMUST00000185218 785 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Nenf-201ENSMUST00000046770 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Mfsd4b2-201ENSMUST00000045526 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Ncoa7-206ENSMUST00000215725 1445 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Vps53Q8CCB4 Tmem120b-201ENSMUST00000067505 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Stk32c-201ENSMUST00000016125 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Fam241b-203ENSMUST00000124615 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Pwwp2b-202ENSMUST00000172136 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Zfand2b-204ENSMUST00000160439 1206 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 AC122379.1-201ENSMUST00000220658 355 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Mtx1-202ENSMUST00000118964 1445 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Apaf1-205ENSMUST00000160788 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Aars-201ENSMUST00000034441 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Hmg20b-203ENSMUST00000105324 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Taf4-204ENSMUST00000227325 4380 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Snrpb-201ENSMUST00000103199 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Ispd-204ENSMUST00000221452 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 A830035O19Rik-201ENSMUST00000216147 1898 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Pink1-203ENSMUST00000105817 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Tmem70-201ENSMUST00000065373 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Bean1-202ENSMUST00000164076 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Efna3-203ENSMUST00000200436 742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Gm5131-201ENSMUST00000212776 1238 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Ptms-201ENSMUST00000032216 1149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Notum-202ENSMUST00000106177 2212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Btbd6-204ENSMUST00000221104 2085 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Wnk2-211ENSMUST00000162581 6628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Grm2-203ENSMUST00000201681 2111 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Anp32b-201ENSMUST00000102926 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Selenof-201ENSMUST00000082437 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Kcnj12-202ENSMUST00000089184 2291 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Ptpn4-203ENSMUST00000163435 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Clip1-205ENSMUST00000111566 6133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Dynlt1f-201ENSMUST00000179554 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Tmem192-203ENSMUST00000209852 1193 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Kcnip2-201ENSMUST00000026247 1203 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 4930527J03Rik-201ENSMUST00000094270 543 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Tinagl1-209ENSMUST00000175992 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Smox-207ENSMUST00000110186 2170 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Map4k3-202ENSMUST00000112389 4231 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Gm9934-202ENSMUST00000191246 1713 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Zfp629-208ENSMUST00000151107 583 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Ccdc85c-201ENSMUST00000136175 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Rfx5-205ENSMUST00000107260 2355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Vps53Q8CCB4 Thap4-206ENSMUST00000190116 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.47
Vps53Q8CCB4 Chsy1-201ENSMUST00000036372 4176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Vps53Q8CCB4 Ggnbp2-202ENSMUST00000100686 2275 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Vps53Q8CCB4 Mbp-208ENSMUST00000114676 1685 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Vps53Q8CCB4 Mrgbp-201ENSMUST00000029085 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Vps53Q8CCB4 Tinagl1-203ENSMUST00000105999 1952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Vps53Q8CCB4 Aktip-205ENSMUST00000125257 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Vps53Q8CCB4 Grin2c-202ENSMUST00000106554 4895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Vps53Q8CCB4 Gm26775-201ENSMUST00000180684 2197 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Vps53Q8CCB4 Gm16464-201ENSMUST00000117815 1095 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
Vps53Q8CCB4 Anp32e-210ENSMUST00000171368 878 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Vps53Q8CCB4 Dcaf15-201ENSMUST00000041367 2312 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Vps53Q8CCB4 4930444P10Rik-202ENSMUST00000145070 1844 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Vps53Q8CCB4 Pde7a-202ENSMUST00000099195 6298 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Vps53Q8CCB4 Cept1-203ENSMUST00000121231 2121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Vps53Q8CCB4 Nkx2-5-201ENSMUST00000015723 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Vps53Q8CCB4 Sh2d4b-202ENSMUST00000096000 1597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Vps53Q8CCB4 Pus1-202ENSMUST00000031483 1814 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32 ms