Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 D030062O11Rik-201ENSMUST00000192660 2806 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
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Rnf40Q3U319 Trp53rka-201ENSMUST00000039007 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Prrt1-201ENSMUST00000015620 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Pink1-203ENSMUST00000105817 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Tmie-201ENSMUST00000050958 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Txnl4a-204ENSMUST00000145963 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Oaz2-201ENSMUST00000046490 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Tead2-201ENSMUST00000033060 2140 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Gimap1-201ENSMUST00000054368 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Inhbb-201ENSMUST00000038765 4255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Fam3c-205ENSMUST00000165576 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Ankrd33b-203ENSMUST00000110410 2070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Rapgef1-201ENSMUST00000091146 6212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Arhgap23-202ENSMUST00000107601 5450 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Siglecf-206ENSMUST00000206299 2149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Tram1-201ENSMUST00000027068 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Prdm11-205ENSMUST00000178666 1870 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Ptpmt1-203ENSMUST00000125001 3183 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Rell2-202ENSMUST00000091932 1995 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Cln5-201ENSMUST00000022721 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Rnf40Q3U319 Dcbld1-203ENSMUST00000218582 2795 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
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Rnf40Q3U319 St3gal5-202ENSMUST00000114112 2439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Rnf40Q3U319 Gpr137c-207ENSMUST00000227086 4997 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Rnf40Q3U319 Nr2f1-201ENSMUST00000091458 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Rnf40Q3U319 Il17re-205ENSMUST00000203661 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
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Rnf40Q3U319 Mapk11-201ENSMUST00000088823 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Rnf40Q3U319 Hsd11b2-201ENSMUST00000034363 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Rnf40Q3U319 Hipk1-201ENSMUST00000029438 4185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Rnf40Q3U319 Syap1-201ENSMUST00000033723 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Rnf40Q3U319 Msrb1-201ENSMUST00000101800 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Rnf40Q3U319 Hecw2-202ENSMUST00000097741 1132 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Rnf40Q3U319 Glrb-201ENSMUST00000029654 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Rnf40Q3U319 Triobp-202ENSMUST00000109688 2553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Rnf40Q3U319 Ppp1r16a-201ENSMUST00000037551 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Rnf40Q3U319 Slc9a2-201ENSMUST00000027231 5019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
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Rnf40Q3U319 Rhoq-201ENSMUST00000024956 4151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
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Rnf40Q3U319 Slc16a10-201ENSMUST00000092566 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
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Rnf40Q3U319 Patz1-203ENSMUST00000094471 2930 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
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Rnf40Q3U319 Lgi2-202ENSMUST00000199942 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
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Rnf40Q3U319 4930597O21Rik-201ENSMUST00000065878 984 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
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Rnf40Q3U319 Cdk11b-202ENSMUST00000105598 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
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Rnf40Q3U319 Prkab1-201ENSMUST00000031486 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
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Rnf40Q3U319 Kalrn-208ENSMUST00000114961 6128 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Letm2-201ENSMUST00000079160 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Mgat5b-201ENSMUST00000103027 4258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Ube2k-203ENSMUST00000201266 1449 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Eif2b4-202ENSMUST00000114603 1966 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Ipmk-201ENSMUST00000079252 5447 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Map3k21-201ENSMUST00000034316 5693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Fbxw8-201ENSMUST00000049474 5000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Tedc1-201ENSMUST00000049271 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Cys1-208ENSMUST00000189849 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Msc-201ENSMUST00000027062 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Nog-201ENSMUST00000061728 1695 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Gm43545-201ENSMUST00000196765 2779 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Foxb2-201ENSMUST00000072915 1515 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Tmem11-201ENSMUST00000062677 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Uap1-203ENSMUST00000111351 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Uap1-201ENSMUST00000027981 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Fam83d-201ENSMUST00000029183 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Elf2-212ENSMUST00000194641 5919 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Magi3-201ENSMUST00000064371 6640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Stbd1-201ENSMUST00000050952 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Abhd8-201ENSMUST00000008094 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Fance-202ENSMUST00000114801 1751 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Eif2b3-203ENSMUST00000106448 1555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Lpcat3-201ENSMUST00000004381 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Pcgf6-201ENSMUST00000026032 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Plpp5-207ENSMUST00000139836 1539 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Fads2-201ENSMUST00000025567 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Pbx1-206ENSMUST00000176790 1828 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
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