Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

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Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 1700003G13Rik-202ENSMUST00000131342 705 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Gm11851-201ENSMUST00000132219 692 ntTSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 9430021M05Rik-201ENSMUST00000145985 1201 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 4732440D04Rik-202ENSMUST00000159618 413 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Gm29615-201ENSMUST00000185371 697 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Gm28224-201ENSMUST00000186078 697 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Gm29001-201ENSMUST00000186177 697 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Gm28292-201ENSMUST00000186593 697 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Gm28101-201ENSMUST00000187608 697 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Gm29076-201ENSMUST00000187689 697 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Gm28302-201ENSMUST00000187931 697 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Gm28646-201ENSMUST00000188220 697 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Gm28205-201ENSMUST00000189177 697 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Gm29032-201ENSMUST00000189797 697 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Gm28695-201ENSMUST00000190300 697 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Gm37448-201ENSMUST00000192795 697 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 9230114K14Rik-203ENSMUST00000199547 437 ntTSL 3 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Gm2511-202ENSMUST00000206158 455 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Gm44545-201ENSMUST00000208262 746 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Gm39460-201ENSMUST00000215728 1266 ntTSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Pym1-203ENSMUST00000218218 1143 ntTSL 3 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Rad23b-201ENSMUST00000030134 3810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Rps15-202ENSMUST00000068408 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Gpd2-207ENSMUST00000169687 5745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Muc1-201ENSMUST00000041142 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Tjap1-203ENSMUST00000180283 2368 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Kdm4b-201ENSMUST00000025036 4577 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Siglecf-203ENSMUST00000122423 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Elovl6-205ENSMUST00000199910 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
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Usf1Q61069 Ccdc117-201ENSMUST00000020776 3372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Trio-201ENSMUST00000090247 11495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
Usf1Q61069 Slc3a2-207ENSMUST00000206598 1393 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Gm13055-201ENSMUST00000127875 1961 ntTSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Serpinb2-202ENSMUST00000064916 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 C230004F18Rik-203ENSMUST00000137153 2138 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Efs-201ENSMUST00000022813 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Gpr4-201ENSMUST00000060225 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Gpr137b-202ENSMUST00000220628 3634 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.55
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Usf1Q61069 AC110816.2-201ENSMUST00000220360 1323 ntTSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Clcn3-204ENSMUST00000110301 4099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Shank2-203ENSMUST00000105902 8988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Eef1e1-201ENSMUST00000001757 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Smim14-205ENSMUST00000139122 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
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Usf1Q61069 Micu1-202ENSMUST00000092508 2294 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
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Usf1Q61069 Nudt7-201ENSMUST00000066514 935 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Stx5a-202ENSMUST00000073430 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Pja1-205ENSMUST00000167246 2666 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
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Usf1Q61069 Mcur1-201ENSMUST00000021800 4339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
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Usf1Q61069 Strip2-201ENSMUST00000046028 5370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Il1rn-204ENSMUST00000114487 2474 ntTSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Zbtb1-201ENSMUST00000042779 12190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Usp18-201ENSMUST00000032198 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Olfr1156-203ENSMUST00000216726 3271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Tbc1d8-204ENSMUST00000193823 3512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 AC122197.2-201ENSMUST00000219196 1635 ntBASIC11.64□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Lag3-201ENSMUST00000032217 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Gm26867-201ENSMUST00000180963 3615 ntTSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Ces1h-201ENSMUST00000145041 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Cmip-201ENSMUST00000095172 2276 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 5033426O07Rik-202ENSMUST00000212635 2110 ntTSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Selenbp1-201ENSMUST00000090839 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Selenbp2-201ENSMUST00000090848 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Fam170a-201ENSMUST00000039121 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Rnf133-201ENSMUST00000063548 1308 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Lzts3-203ENSMUST00000110260 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Ctsl-201ENSMUST00000021933 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Scp2-201ENSMUST00000030340 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Spns1-201ENSMUST00000032994 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 A230072I06Rik-201ENSMUST00000098935 1839 ntAPPRIS P1 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Prkca-201ENSMUST00000059595 8409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Odf2-203ENSMUST00000113755 2305 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Mavs-202ENSMUST00000110199 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Pars2-201ENSMUST00000058905 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Ins2-203ENSMUST00000105931 472 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Zfp36l1-ps-201ENSMUST00000118349 899 ntBASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Uxt-202ENSMUST00000123836 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Gm12690-201ENSMUST00000132108 354 ntTSL 3 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Usf1Q61069 Anp32a-205ENSMUST00000135395 924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 151.5 ms