Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Cacna2d1-206ENSMUST00000180204 3882 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Zfp219-202ENSMUST00000166169 3017 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Rnf14-201ENSMUST00000072376 3038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Tmem104-202ENSMUST00000100235 4561 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Asap1-218ENSMUST00000177374 4582 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Tmem104-201ENSMUST00000061450 4564 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Olfr95-202ENSMUST00000216318 4917 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Krit1-201ENSMUST00000080085 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Itgal-201ENSMUST00000106306 5195 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Adcyap1r1-203ENSMUST00000165786 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Rassf8-201ENSMUST00000032388 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Pja1-204ENSMUST00000113797 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Gm12341-201ENSMUST00000119724 503 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Mrps10-202ENSMUST00000119841 1113 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Tex22-203ENSMUST00000146107 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Gm17150-201ENSMUST00000165577 381 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Pfdn6-205ENSMUST00000174426 396 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Krtap16-3-201ENSMUST00000179707 601 ntAPPRIS P1 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Rab10os-207ENSMUST00000179924 823 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Spag7-201ENSMUST00000018431 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Gm31728-201ENSMUST00000192164 435 ntTSL 3 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Gm38144-201ENSMUST00000192790 465 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 1700029B24Rik-201ENSMUST00000194040 497 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 CT030657.3-201ENSMUST00000222707 1200 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 AC238811.3-201ENSMUST00000225422 709 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Tmem86b-201ENSMUST00000055085 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Olfr373-201ENSMUST00000074540 945 ntAPPRIS P1 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 S100a16-201ENSMUST00000098910 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Dgcr2-203ENSMUST00000117082 2987 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Tspan13-201ENSMUST00000020896 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 AC166574.4-201ENSMUST00000227165 1937 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Gtf2ird1-202ENSMUST00000074114 3330 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Thpo-201ENSMUST00000076422 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Ptprr-204ENSMUST00000128399 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Ralgps2-211ENSMUST00000190648 2498 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Knop1-203ENSMUST00000106549 1467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Lat2-205ENSMUST00000200998 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Trpc7-208ENSMUST00000174457 2424 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Cops4-201ENSMUST00000045993 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Rai1-202ENSMUST00000090806 7217 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Pank4-202ENSMUST00000070953 2706 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Eif4enif1-213ENSMUST00000179770 3676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Gm13883-201ENSMUST00000150450 1404 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 AC096628.2-201ENSMUST00000225443 1413 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Vps4b-202ENSMUST00000112736 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Olfr607-202ENSMUST00000214347 5706 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Tjp3-205ENSMUST00000219479 2901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Gm21982-201ENSMUST00000146232 3821 ntTSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 2610507I01Rik-201ENSMUST00000154354 1360 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Naa15-205ENSMUST00000193266 7480 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Cog6-201ENSMUST00000036665 3182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Mettl27-201ENSMUST00000047196 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Wdcp-205ENSMUST00000220215 2202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Arntl-206ENSMUST00000211770 2464 ntTSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Whamm-203ENSMUST00000209044 1879 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Stx11-201ENSMUST00000042861 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Slc6a4-201ENSMUST00000021195 2725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Mir692-1-201ENSMUST00000102263 109 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Atpif1-203ENSMUST00000152993 462 ntTSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Zfp414-204ENSMUST00000166627 1211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Commd6-203ENSMUST00000168587 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Gm28911-201ENSMUST00000188837 117 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Gm17795-201ENSMUST00000214505 757 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 AC147241.1-201ENSMUST00000222173 785 ntTSL 3 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 AC159006.1-201ENSMUST00000226396 258 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 AC154276.1-201ENSMUST00000228874 1299 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Rsph9-201ENSMUST00000024762 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Zfp414-201ENSMUST00000073570 1197 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Hist1h3b-201ENSMUST00000091703 620 ntAPPRIS P1 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 C530008M17Rik-204ENSMUST00000121160 6921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Ivns1abp-201ENSMUST00000023918 3511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Ptdss2-201ENSMUST00000026568 3624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 2900097C17Rik-202ENSMUST00000192863 4915 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Arl13b-201ENSMUST00000089289 3528 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Sstr5-201ENSMUST00000051864 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 4930473A02Rik-202ENSMUST00000136793 1409 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Sp3-202ENSMUST00000102689 4181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Slc35g3-201ENSMUST00000102586 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Gcdh-202ENSMUST00000109745 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Rspo3-201ENSMUST00000092623 3085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Kif2c-201ENSMUST00000065896 2842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Csrnp3-207ENSMUST00000145598 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Ibsp-201ENSMUST00000031246 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Spryd7-201ENSMUST00000022497 4002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Olfm2-201ENSMUST00000034692 1836 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Gm45684-201ENSMUST00000210244 1571 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 4930550L24Rik-201ENSMUST00000062542 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Lrrfip1-204ENSMUST00000097650 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Nt5c3b-203ENSMUST00000107397 1348 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Dnajc14-207ENSMUST00000219508 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Ank2-203ENSMUST00000182008 2474 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Suox-201ENSMUST00000054764 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Ccdc163-201ENSMUST00000030452 1524 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Slc30a3-206ENSMUST00000202740 1989 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Sumo2-204ENSMUST00000118155 884 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Chchd7-207ENSMUST00000121210 548 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Gm17232-201ENSMUST00000164515 453 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Ly6g6e-203ENSMUST00000172678 750 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 1600014C23Rik-201ENSMUST00000178179 518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Usp4P35123 Gm5279-201ENSMUST00000199575 745 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 49.2 ms