Protein–RNA interactions for Protein: Q3UDK1

Trafd1, TRAF-type zinc finger domain-containing protein 1, mousemouse

Predictions only

Length 580 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trafd1Q3UDK1 Cnnm1-202ENSMUST00000223787 2931 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Ugp2-201ENSMUST00000060895 2044 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Hsf1-201ENSMUST00000072838 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Nkx2-2-201ENSMUST00000067075 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Trim33-201ENSMUST00000029444 8875 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Snrnp40-201ENSMUST00000105994 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Lgi2-201ENSMUST00000039750 6456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Ctsz-201ENSMUST00000016400 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Btg3-201ENSMUST00000023570 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Raver2-202ENSMUST00000106955 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Kctd20-201ENSMUST00000057174 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Fam118b-201ENSMUST00000059057 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Has1-201ENSMUST00000003762 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Pmpca-202ENSMUST00000114093 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Rnf111-204ENSMUST00000213647 4961 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Zfp579-201ENSMUST00000108572 2157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Gm15334-201ENSMUST00000131421 325 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Gimap1-201ENSMUST00000054368 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Puf60-202ENSMUST00000100527 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Gfi1-202ENSMUST00000065478 2639 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Ttc14-211ENSMUST00000200271 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Mecp2-201ENSMUST00000033770 1739 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Polr2m-201ENSMUST00000034720 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Htatsf1-202ENSMUST00000114751 1128 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Gm15893-201ENSMUST00000143208 1559 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Fastk-201ENSMUST00000030800 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Frat1-201ENSMUST00000087155 2614 ntAPPRIS P1 BASIC21.04■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Notum-203ENSMUST00000106178 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Galr2-201ENSMUST00000055872 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Tshz1-201ENSMUST00000060303 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Krt8-201ENSMUST00000023952 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Zfp703-201ENSMUST00000127097 587 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Plk5-201ENSMUST00000039836 2112 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Snapin-203ENSMUST00000149884 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Marc1-202ENSMUST00000110992 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Mpnd-204ENSMUST00000149441 1701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Dgcr6-207ENSMUST00000151266 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Gadd45g-201ENSMUST00000021903 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Nsd1-206ENSMUST00000224918 1001 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Irf2bp1-201ENSMUST00000053713 2734 ntAPPRIS P1 BASIC21.02■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Cnot6-203ENSMUST00000145353 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Ppp1r14c-201ENSMUST00000043374 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Trafd1Q3UDK1 Gpr162-201ENSMUST00000046893 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Gm3558-201ENSMUST00000163790 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 1810026B05Rik-203ENSMUST00000184587 5738 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 6430573P05Rik-203ENSMUST00000195547 2457 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Lyar-201ENSMUST00000087514 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Ints11-201ENSMUST00000030901 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Ell3-201ENSMUST00000028679 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Ccdc61-201ENSMUST00000098780 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Rab28-201ENSMUST00000031011 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Dus1l-209ENSMUST00000167023 1909 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Dus1l-201ENSMUST00000026151 1930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 AC164883.3-201ENSMUST00000227396 1774 ntBASIC21■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Gorasp2-201ENSMUST00000028509 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Abhd12-201ENSMUST00000056149 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Zranb1-202ENSMUST00000106157 5008 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Ppcs-201ENSMUST00000030385 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Arl5a-201ENSMUST00000036541 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Cers5-201ENSMUST00000023762 2096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Rnf187-201ENSMUST00000094151 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Phf12-202ENSMUST00000108360 3047 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Osbpl2-201ENSMUST00000040668 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Syde2-201ENSMUST00000039517 5495 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Rgs6-202ENSMUST00000161801 2141 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Neurl4-202ENSMUST00000108617 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Stmn4-204ENSMUST00000121955 1361 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Cntfr-203ENSMUST00000102961 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Gpr160-204ENSMUST00000108261 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Fance-204ENSMUST00000114804 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Mrpl48-207ENSMUST00000146003 1625 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Larp4b-204ENSMUST00000188939 2658 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Ppia-202ENSMUST00000132846 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Ubtf-201ENSMUST00000006754 3213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Kcnk1-201ENSMUST00000046765 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Trafd1Q3UDK1 Sh2d4b-202ENSMUST00000096000 1597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 41.6 ms