Protein–RNA interactions for Protein: P28357

Hoxd9, Homeobox protein Hox-D9, mousemouse

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Length 339 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hoxd9P28357 Klf1-201ENSMUST00000067060 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Hoxd9P28357 Ppp1r12c-201ENSMUST00000013886 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Hoxd9P28357 Ech1-201ENSMUST00000066264 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Hoxd9P28357 B4galt1-202ENSMUST00000108096 1413 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Hoxd9P28357 Taf11-202ENSMUST00000114848 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Hoxd9P28357 Dmtn-209ENSMUST00000228295 2572 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
Hoxd9P28357 Rps24-207ENSMUST00000224568 714 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
Hoxd9P28357 Rab24-201ENSMUST00000035242 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Hoxd9P28357 Hmg20b-203ENSMUST00000105324 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Hoxd9P28357 Atf5-201ENSMUST00000047356 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Hoxd9P28357 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Zfp629-208ENSMUST00000151107 583 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Sarnp-203ENSMUST00000219512 953 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Rtca-201ENSMUST00000000348 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Mfsd4b2-201ENSMUST00000045526 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Prss50-201ENSMUST00000051097 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 1700016K19Rik-201ENSMUST00000066408 921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Kcnj12-202ENSMUST00000089184 2291 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 D1Ertd622e-203ENSMUST00000149927 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Gabbr1-209ENSMUST00000174456 1595 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Unc119-201ENSMUST00000002127 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Taf4-204ENSMUST00000227325 4380 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Ccnh-201ENSMUST00000022030 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Rcc1l-201ENSMUST00000076228 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Gnpnat1-201ENSMUST00000046191 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Vwc2-201ENSMUST00000056344 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Cgrrf1-201ENSMUST00000068532 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Gm45102-201ENSMUST00000207427 857 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Bub3-205ENSMUST00000208571 747 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Rabac1-201ENSMUST00000076961 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Fbxl3-204ENSMUST00000132004 2534 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Pim3-201ENSMUST00000042818 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Trim9-208ENSMUST00000221370 2393 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Sugct-201ENSMUST00000068545 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Notumos-201ENSMUST00000151998 2659 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Csnk1a1-201ENSMUST00000115246 1484 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Cdkn2d-203ENSMUST00000215619 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Adora2b-201ENSMUST00000018644 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Casd1-204ENSMUST00000181734 1063 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Bloc1s5-202ENSMUST00000224115 1020 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Gm9959-201ENSMUST00000068277 390 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Kcnip3-202ENSMUST00000088538 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Gm8093-201ENSMUST00000128935 1892 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Shisa5-201ENSMUST00000026737 1834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Fam216a-201ENSMUST00000031419 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 D030056L22Rik-202ENSMUST00000062753 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 1700034P13Rik-201ENSMUST00000181358 1343 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Gm9748-202ENSMUST00000194881 783 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Mapk12-201ENSMUST00000088827 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Pgk1-201ENSMUST00000081593 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Gm26766-202ENSMUST00000227544 2347 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 1700097N02Rik-201ENSMUST00000188852 845 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Bloc1s4-201ENSMUST00000071949 1273 ntAPPRIS P1 BASIC19.84■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Eri3-201ENSMUST00000037127 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Cebpa-202ENSMUST00000205391 2161 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Fbxw2-204ENSMUST00000113077 1670 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Lhx2-201ENSMUST00000000253 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Ppm1g-205ENSMUST00000202294 1868 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 D130058E05Rik-201ENSMUST00000173856 1372 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Paqr3-203ENSMUST00000112969 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Ubtf-210ENSMUST00000174302 4692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Ndrg2-202ENSMUST00000111632 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Gadd45a-207ENSMUST00000204369 716 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Sin3b-203ENSMUST00000212095 1257 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Gm5131-201ENSMUST00000212776 1238 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
Hoxd9P28357 Tcte2-202ENSMUST00000127032 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Cdkn2aipnl-201ENSMUST00000102763 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Mpzl1-201ENSMUST00000068705 2171 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Tmem74b-202ENSMUST00000109872 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Selenof-201ENSMUST00000082437 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Bbc3-201ENSMUST00000002152 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Gm14117-201ENSMUST00000122417 843 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Gm10642-201ENSMUST00000098589 1610 ntAPPRIS P1 BASIC19.82■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Tspan17-201ENSMUST00000026993 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Gm38160-201ENSMUST00000193090 2499 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 4930526A20Rik-202ENSMUST00000142461 1628 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Rell2-201ENSMUST00000070709 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Picalm-205ENSMUST00000207225 3489 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Mecp2-201ENSMUST00000033770 1739 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Pkp2-203ENSMUST00000162150 1959 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Rap1a-201ENSMUST00000090678 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Mpnd-204ENSMUST00000149441 1701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Cept1-203ENSMUST00000121231 2121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Rap1a-202ENSMUST00000197094 782 ntTSL 3 BASIC19.8■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Prrt2-206ENSMUST00000202045 429 ntTSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 A730035I17Rik-205ENSMUST00000205851 684 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Tead2-202ENSMUST00000097216 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 C1ql2-201ENSMUST00000037286 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Tysnd1-201ENSMUST00000020284 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Lipt2-201ENSMUST00000032967 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
Hoxd9P28357 Foxj3-206ENSMUST00000138845 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.5 ms