Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Sorl1-201ENSMUST00000060989 10715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Trmt1-203ENSMUST00000109767 2138 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Bdnf-205ENSMUST00000111045 3973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Slc5a11-207ENSMUST00000167299 2022 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Nars2-201ENSMUST00000044466 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Cep89-201ENSMUST00000079414 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Kdm1b-201ENSMUST00000037025 4987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Msi2-203ENSMUST00000107909 6436 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Tmcc2-206ENSMUST00000142609 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Rbm11-203ENSMUST00000114253 2699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Aanat-205ENSMUST00000153476 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Yae1d1-204ENSMUST00000222796 1382 ntTSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Zdhhc23-201ENSMUST00000036321 1380 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Gm26857-201ENSMUST00000181580 3347 ntTSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Hist1h4d-201ENSMUST00000102968 1138 ntAPPRIS P1 BASIC13.62□□□□□ -0.23
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Rnf40Q3U319 Josd2-202ENSMUST00000117324 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Gm1401-201ENSMUST00000122048 772 ntBASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 2810408I11Rik-202ENSMUST00000150749 711 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Gm28577-201ENSMUST00000176106 741 ntTSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Gm38554-201ENSMUST00000201639 708 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Cenpp-201ENSMUST00000021818 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Idnk-201ENSMUST00000051490 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Dars-202ENSMUST00000064309 645 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
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Rnf40Q3U319 Agpat5-202ENSMUST00000149565 10779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
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Rnf40Q3U319 Tubg2-201ENSMUST00000043654 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Ptbp1-216ENSMUST00000172282 3110 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
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Rnf40Q3U319 Kpna1-201ENSMUST00000004054 5039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Spata7-203ENSMUST00000101146 1913 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Tcf4-205ENSMUST00000114980 2192 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 BC003331-203ENSMUST00000097546 3174 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Ffar1-201ENSMUST00000052700 4175 ntAPPRIS P1 BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Pde6c-201ENSMUST00000025956 2586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Pcdh10-203ENSMUST00000171554 7273 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Mark4-201ENSMUST00000085715 3886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Zfp341-201ENSMUST00000081926 3299 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
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Rnf40Q3U319 Myo18a-221ENSMUST00000167856 6132 ntTSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Prkd1-201ENSMUST00000002765 3653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Tmem41b-202ENSMUST00000118429 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
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Rnf40Q3U319 Faah-201ENSMUST00000049095 3827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Gfod2-201ENSMUST00000013294 4352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 F10-204ENSMUST00000128418 1395 ntTSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Gm43650-201ENSMUST00000197337 1382 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Gm30214-201ENSMUST00000199271 1383 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 AC157950.1-201ENSMUST00000217561 2168 ntBASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Wdr81-204ENSMUST00000173320 6908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 AU022754-201ENSMUST00000180441 2976 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Brinp2-201ENSMUST00000004133 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Gm8798-201ENSMUST00000211877 1661 ntBASIC13.61□□□□□ -0.23
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Rnf40Q3U319 Gm16091-201ENSMUST00000156664 963 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
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Rnf40Q3U319 C730036E19Rik-201ENSMUST00000188305 1102 ntTSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
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Rnf40Q3U319 Glod4-201ENSMUST00000017430 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Rapgef3-205ENSMUST00000129223 3750 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Stk33-204ENSMUST00000121748 2295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Mirt1-203ENSMUST00000181539 2259 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Dysf-205ENSMUST00000113823 6578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Nrf1-209ENSMUST00000115209 2406 ntTSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Chchd5-201ENSMUST00000035481 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Slc44a1-204ENSMUST00000107647 2176 ntTSL 2 BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Wdr59-201ENSMUST00000034437 4896 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Cchcr1-205ENSMUST00000173903 3054 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Pml-211ENSMUST00000153820 2652 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Mettl27-203ENSMUST00000111218 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Gm13571-201ENSMUST00000124654 1381 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Syt8-204ENSMUST00000118276 1503 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Zfp853-203ENSMUST00000212715 3133 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Rita1-207ENSMUST00000177800 1668 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Pnpla5-201ENSMUST00000019012 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Chia1-201ENSMUST00000079132 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Fgfr3-211ENSMUST00000171509 4020 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Gm43365-201ENSMUST00000196522 2106 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Lnx1-201ENSMUST00000039744 2727 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Dnajb1-202ENSMUST00000212300 2854 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Arhgef40-202ENSMUST00000100639 4843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Pemt-203ENSMUST00000102693 961 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Drap1-202ENSMUST00000113673 744 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Gm26474-201ENSMUST00000116762 122 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Gm11543-201ENSMUST00000120758 370 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Gm15171-201ENSMUST00000122191 334 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 4930570G19Rik-204ENSMUST00000149387 986 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 Bik-201ENSMUST00000016902 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
Rnf40Q3U319 A830052D11Rik-201ENSMUST00000181729 1130 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
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