Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Dcaf11-204ENSMUST00000121622 2379 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Tjap1-203ENSMUST00000180283 2368 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Hsph1-201ENSMUST00000074846 3240 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Adcyap1r1-202ENSMUST00000070756 6107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Rnf144a-201ENSMUST00000020971 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Rad54b-202ENSMUST00000095145 2403 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Rpl21-201ENSMUST00000035983 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Fasn-201ENSMUST00000055655 10050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Cep170b-201ENSMUST00000092279 3817 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 A530013C23Rik-201ENSMUST00000130679 2555 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm43579-201ENSMUST00000202387 1307 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Col26a1-201ENSMUST00000057497 2724 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ap3d1-201ENSMUST00000020420 4805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Commd1-201ENSMUST00000057843 1459 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Dab2ip-206ENSMUST00000112987 6287 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Igf2os-203ENSMUST00000141681 4778 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Zfp444-204ENSMUST00000108567 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Psmd13-208ENSMUST00000163610 1382 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ackr4-204ENSMUST00000219146 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Cops5-201ENSMUST00000027050 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Hoxd10-201ENSMUST00000061745 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ttc5-201ENSMUST00000006451 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Matn3-201ENSMUST00000020899 3014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Luc7l3-202ENSMUST00000107820 3478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Cpxm2-201ENSMUST00000033149 3498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Trim34a-202ENSMUST00000106848 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Mir1247-201ENSMUST00000116706 82 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Pde9a-203ENSMUST00000127929 1891 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 P2rx4-204ENSMUST00000139631 1030 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 P2rx4-206ENSMUST00000142664 1111 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm12167-201ENSMUST00000148132 578 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ddx27-205ENSMUST00000150571 2151 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Egfl7-211ENSMUST00000152988 723 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 C87198-201ENSMUST00000173553 1045 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Hmgcll1-207ENSMUST00000183979 1136 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Plk4-203ENSMUST00000203295 3363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm19163-201ENSMUST00000223313 780 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Snx24-201ENSMUST00000025417 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Exosc7-201ENSMUST00000026891 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ccdc113-201ENSMUST00000041569 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Krtap19-2-201ENSMUST00000076186 605 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Eif4g1-205ENSMUST00000115461 5507 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Polr2c-202ENSMUST00000211939 3881 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Tmem51os1-204ENSMUST00000153023 3440 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Zbtb20-205ENSMUST00000114695 2977 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Elf4-202ENSMUST00000114958 6088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Bin2-205ENSMUST00000182814 1901 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 9130011E15Rik-201ENSMUST00000045396 2896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm11661-201ENSMUST00000121761 1327 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Mdm2-201ENSMUST00000020408 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Dnajc27-201ENSMUST00000020986 4698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm9920-204ENSMUST00000148544 2752 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Cd81-201ENSMUST00000037941 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Arid1b-202ENSMUST00000115797 11325 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ccdc167-202ENSMUST00000128751 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Lypla1-201ENSMUST00000027036 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gsdme-201ENSMUST00000031845 2502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Scg3-201ENSMUST00000034699 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Pias3-202ENSMUST00000107076 2858 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm26777-201ENSMUST00000181852 2573 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Grin1-204ENSMUST00000114310 4276 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Spib-201ENSMUST00000035323 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Cops4-201ENSMUST00000045993 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Trim27-206ENSMUST00000222544 4312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm22018-201ENSMUST00000104357 131 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm10327-201ENSMUST00000105222 1002 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm12539-201ENSMUST00000121549 1098 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm6161-201ENSMUST00000121942 1102 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm833-201ENSMUST00000143133 884 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Pcp2-206ENSMUST00000144977 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Tspan17-208ENSMUST00000163915 459 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Hnrnpa3-207ENSMUST00000164947 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm6254-201ENSMUST00000168178 1072 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm6153-201ENSMUST00000172004 1058 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm9242-201ENSMUST00000177820 1074 ntAPPRIS P1 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 1500004A13Rik-208ENSMUST00000184958 823 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm5641-202ENSMUST00000198699 1080 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm18041-201ENSMUST00000218210 618 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ormdl2-204ENSMUST00000219524 724 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 AC154462.2-201ENSMUST00000227519 370 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Chchd1-201ENSMUST00000071215 616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Cdc26-201ENSMUST00000084525 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Mdk-203ENSMUST00000090602 714 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Bscl2-210ENSMUST00000171649 1962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm16244-201ENSMUST00000159313 2327 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ppp6r1-201ENSMUST00000064099 3862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Hsd3b3-201ENSMUST00000090743 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Dlgap1-208ENSMUST00000135938 2895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Cacna1g-203ENSMUST00000103166 8104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 AC155298.2-201ENSMUST00000225485 6226 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Hoxb9-202ENSMUST00000174042 2269 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Cluh-201ENSMUST00000092915 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Traf1P39428 AC101945.2-201ENSMUST00000227886 1377 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Phactr3-202ENSMUST00000103066 2680 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ncaph-201ENSMUST00000110387 2695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Cadps2-209ENSMUST00000142913 4533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Herpud1-205ENSMUST00000161576 1952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Pcdha11-201ENSMUST00000115658 5359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Nid2-201ENSMUST00000022340 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Fbxw7-201ENSMUST00000029727 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 48.3 ms