Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Nepn-201ENSMUST00000067085 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Sema5b-202ENSMUST00000120756 4646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Rnf10-203ENSMUST00000112097 3476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Dus2-201ENSMUST00000034375 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gemin5-202ENSMUST00000102711 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Zmynd15-201ENSMUST00000039093 2804 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 1700088E04Rik-212ENSMUST00000190959 1403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Lztr1-201ENSMUST00000023444 3112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Pdcd1-201ENSMUST00000027507 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Usp42-201ENSMUST00000053287 5151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Cpxm2-201ENSMUST00000033149 3498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Rnf123-214ENSMUST00000162355 4727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Eif4g3-204ENSMUST00000105830 3252 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Lgals12-202ENSMUST00000099729 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Tmem254b-202ENSMUST00000100806 1108 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Tmem254a-201ENSMUST00000100811 1108 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm23270-201ENSMUST00000104055 131 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 6030468B19Rik-201ENSMUST00000106331 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm15808-201ENSMUST00000119046 604 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm15703-201ENSMUST00000120250 880 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm25043-201ENSMUST00000158604 212 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Zdhhc4-208ENSMUST00000161915 1216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm8885-201ENSMUST00000189382 598 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm18056-201ENSMUST00000207670 568 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm18061-201ENSMUST00000208350 562 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm18063-201ENSMUST00000208529 568 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm18052-201ENSMUST00000208750 559 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm6082-201ENSMUST00000215204 454 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Rps12-203ENSMUST00000218107 584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm45925-201ENSMUST00000218882 744 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Tnfrsf17-201ENSMUST00000023140 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm9843-201ENSMUST00000052867 504 ntAPPRIS P1 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Rnf7-201ENSMUST00000057500 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Asb8-201ENSMUST00000059112 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Wdfy3-206ENSMUST00000174698 3858 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm14703-201ENSMUST00000145894 1820 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Slc25a25-204ENSMUST00000113308 2643 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Adh6a-202ENSMUST00000106247 1341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 AC110816.2-201ENSMUST00000220360 1323 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Slc7a6-201ENSMUST00000034378 3750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Slc13a3-201ENSMUST00000029208 3524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Hnrnpu-201ENSMUST00000037748 7640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Arhgap27os3-201ENSMUST00000124462 2729 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Cnmd-203ENSMUST00000165835 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Tbc1d22b-201ENSMUST00000048677 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Ablim2-201ENSMUST00000054598 3564 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Zfp142-201ENSMUST00000027315 6480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Laptm5-207ENSMUST00000151698 2600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Zfx-201ENSMUST00000088102 7002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 2810474O19Rik-209ENSMUST00000189932 5269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Lrrfip1-202ENSMUST00000068167 2849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Tspan32-203ENSMUST00000082008 1587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Ugt1a2-201ENSMUST00000049289 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Egfl7-209ENSMUST00000150404 892 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm25668-201ENSMUST00000157700 129 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 D930030I03Rik-201ENSMUST00000180735 920 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm28379-201ENSMUST00000186450 554 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm38000-201ENSMUST00000192390 1215 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Cym-201ENSMUST00000029504 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Lsm7-201ENSMUST00000035775 468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Olfr368-201ENSMUST00000053990 985 ntAPPRIS P1 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Ripk4-201ENSMUST00000019386 3541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Cyp2d26-201ENSMUST00000006094 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Polr3e-202ENSMUST00000106483 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Qsox1-202ENSMUST00000111764 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Nedd4l-202ENSMUST00000163516 8163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Spock1-206ENSMUST00000189373 3128 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Usf1-208ENSMUST00000161241 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Wdr13-205ENSMUST00000130832 4374 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm43823-201ENSMUST00000197391 1808 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Cyp2b10-201ENSMUST00000005477 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Adgrb2-206ENSMUST00000106018 4470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Mapk8ip3-203ENSMUST00000115229 5603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Nmbr-201ENSMUST00000020015 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm6015-201ENSMUST00000217493 1586 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Cab39-201ENSMUST00000097666 2369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Hps1-208ENSMUST00000162004 2847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Eme1-201ENSMUST00000039949 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Grm5-204ENSMUST00000155358 4500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Fnbp1-203ENSMUST00000100207 1680 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Ackr4-204ENSMUST00000219146 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Sept10-201ENSMUST00000165971 2532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Mir877-201ENSMUST00000104738 85 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Cacnb2-202ENSMUST00000114719 2117 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm11630-201ENSMUST00000152825 382 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm16555-201ENSMUST00000159971 1199 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Grp-203ENSMUST00000173985 952 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm26956-201ENSMUST00000182176 986 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm29585-203ENSMUST00000188089 835 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm4959-201ENSMUST00000197271 1044 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm34376-201ENSMUST00000218529 2107 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 AC113031.8-201ENSMUST00000227856 631 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Cma2-201ENSMUST00000089555 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 6430548M08Rik-201ENSMUST00000034281 5564 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 BC003965-201ENSMUST00000088307 3022 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Fam43a-201ENSMUST00000059078 3075 ntAPPRIS P1 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Rnps1-201ENSMUST00000088512 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Gm1661-203ENSMUST00000165128 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Rab17-201ENSMUST00000027529 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Trim28Q62318 Ncoa1-201ENSMUST00000085814 7329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 64.2 ms