Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Lzts1-201ENSMUST00000037049 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Spag9-202ENSMUST00000041956 7340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Mynn-202ENSMUST00000192715 5555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Proser1-201ENSMUST00000058577 4472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 1600002D24Rik-202ENSMUST00000136744 1854 ntTSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Il2rb-202ENSMUST00000163494 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Marveld2-203ENSMUST00000168772 1888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Ccdc117-201ENSMUST00000020776 3372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 AC121801.1-201ENSMUST00000225363 1899 ntBASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Cage1-202ENSMUST00000089840 3449 ntTSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Ckmt1-202ENSMUST00000078222 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Asxl1-205ENSMUST00000227428 6981 ntAPPRIS ALT2 BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Osbpl9-202ENSMUST00000084366 3134 ntTSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 B230209E15Rik-201ENSMUST00000209115 1597 ntTSL 5 BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Pcdh19-202ENSMUST00000149154 10289 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Klc2-203ENSMUST00000113728 2838 ntTSL 5 BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Cd3d-201ENSMUST00000034602 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Ly9-201ENSMUST00000004827 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Cox4i2-201ENSMUST00000010020 727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Spsb1-202ENSMUST00000105684 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Gm11222-201ENSMUST00000119005 738 ntBASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Gm12403-201ENSMUST00000121384 959 ntBASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Rbm3-ps-201ENSMUST00000121422 465 ntBASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 1700003G18Rik-201ENSMUST00000140689 633 ntTSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 1700066O22Rik-203ENSMUST00000150994 961 ntTSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Igdcc4-203ENSMUST00000166273 778 ntTSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Lsm10-203ENSMUST00000179323 808 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Gm3809-201ENSMUST00000180973 1006 ntBASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Gm4335-201ENSMUST00000182581 1004 ntBASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Gm18916-201ENSMUST00000198264 1246 ntBASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Ube2a-202ENSMUST00000200835 911 ntTSL 5 BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Ube2a-209ENSMUST00000202991 715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Plin1-203ENSMUST00000205413 1294 ntTSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Gm30285-201ENSMUST00000214614 422 ntBASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Fam92b-201ENSMUST00000048786 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Rpl18a-201ENSMUST00000054220 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Krtap19-9a-201ENSMUST00000062005 168 ntAPPRIS P1 BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Fmr1nb-202ENSMUST00000071848 842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Vangl1-201ENSMUST00000029453 6531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Zfhx2os-202ENSMUST00000183750 4375 ntTSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Smim13-201ENSMUST00000165561 4483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Exoc6b-203ENSMUST00000160197 5439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Ppp1r1b-206ENSMUST00000150762 1801 ntTSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Usp20-201ENSMUST00000061544 1360 ntTSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Det1-202ENSMUST00000107431 1439 ntTSL 5 BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Wdr31-203ENSMUST00000120095 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Pcyox1l-201ENSMUST00000025472 2017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Asap1-217ENSMUST00000177371 6164 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Usp16-202ENSMUST00000119504 2562 ntTSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Nab1-205ENSMUST00000186764 3640 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 AC123857.2-201ENSMUST00000225756 1582 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Tmem184c-201ENSMUST00000034030 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Akna-201ENSMUST00000035724 5387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Spcs2-210ENSMUST00000209032 1610 ntTSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Tsc22d4-203ENSMUST00000100540 2730 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 App-204ENSMUST00000227021 3264 ntAPPRIS ALT2 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Dlgap3-201ENSMUST00000046659 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Smarcb1-201ENSMUST00000000925 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Rspry1-207ENSMUST00000212729 2800 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Spg20-204ENSMUST00000118118 3981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Mapt-203ENSMUST00000106989 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Tecpr1-201ENSMUST00000085701 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Pelp1-201ENSMUST00000019065 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Kdm4b-201ENSMUST00000025036 4577 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Zfp276-201ENSMUST00000001092 4071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Prpf31-202ENSMUST00000108636 1798 ntTSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Jph3-201ENSMUST00000026357 3637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Blzf1-203ENSMUST00000120447 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Skp2-203ENSMUST00000190131 1819 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 C2cd4c-201ENSMUST00000059699 6729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Ctu2-201ENSMUST00000116412 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Repin1-201ENSMUST00000009420 3145 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Smarcd2-203ENSMUST00000106843 2548 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Ranbp3-201ENSMUST00000002445 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Lypla1-201ENSMUST00000027036 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Trim32-201ENSMUST00000050850 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Rpl38-204ENSMUST00000106602 371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Gm15440-201ENSMUST00000110042 1231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Rbm3-202ENSMUST00000115615 1183 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Rbm3-203ENSMUST00000115616 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Gm11331-201ENSMUST00000119764 288 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Gm16302-201ENSMUST00000159268 428 ntTSL 3 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Gm20426-201ENSMUST00000173657 440 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 7530416G11Rik-201ENSMUST00000178942 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Gm27023-201ENSMUST00000182372 285 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Gm38144-201ENSMUST00000192790 465 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Gm43584-201ENSMUST00000199762 605 ntTSL 3 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 AC153974.2-201ENSMUST00000218577 1025 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Gm17330-201ENSMUST00000221047 165 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Asphd1-201ENSMUST00000052937 730 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Mrpl18-201ENSMUST00000079121 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Actr1b-201ENSMUST00000043951 3248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Ncan-201ENSMUST00000002412 7195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Scarf1-202ENSMUST00000118243 2617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Gm17518-201ENSMUST00000181232 1346 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Zfp862-ps-204ENSMUST00000204484 6065 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 F10-204ENSMUST00000128418 1395 ntTSL 5 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Gm18630-201ENSMUST00000222109 1397 ntBASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Tub-202ENSMUST00000119474 2097 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.61
Col8a1Q00780 Arl11-202ENSMUST00000224727 2095 ntAPPRIS P1 BASIC11.24□□□□□ -0.61
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.3 ms