Protein–RNA interactions for Protein: Q8BXJ2

Trerf1, Transcriptional-regulating factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 1,205 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trerf1Q8BXJ2 Ttc6-201ENSMUST00000101398 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Trerf1Q8BXJ2 Zgpat-202ENSMUST00000108807 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Trerf1Q8BXJ2 Grb2-201ENSMUST00000021090 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Cited1-202ENSMUST00000101336 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Dgcr6-207ENSMUST00000151266 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Gadd45g-201ENSMUST00000021903 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Nrxn2-205ENSMUST00000113462 6667 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Borcs6-201ENSMUST00000051888 1862 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Exosc8-201ENSMUST00000029316 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Ube2k-206ENSMUST00000201984 1449 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Emc10-202ENSMUST00000118808 1872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Gm11492-201ENSMUST00000060360 1972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Bmpr1a-201ENSMUST00000049005 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Slc35b2-205ENSMUST00000224905 1906 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Gm45095-201ENSMUST00000206736 254 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Ltbp3-201ENSMUST00000081496 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Ipp-202ENSMUST00000106479 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Ipp-201ENSMUST00000030461 2115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 BC037034-205ENSMUST00000159649 2093 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Idh3a-205ENSMUST00000217484 2580 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 1700016H13Rik-204ENSMUST00000120688 612 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Magi2-205ENSMUST00000197354 4785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Smc6-201ENSMUST00000020931 5603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Map3k15-201ENSMUST00000033665 4348 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Arhgef25-205ENSMUST00000218654 2475 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Jak2-202ENSMUST00000065796 5030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Arhgap39-204ENSMUST00000176219 542 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Tmem42-201ENSMUST00000084733 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Tifa-202ENSMUST00000163775 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Mtf2-202ENSMUST00000112626 1968 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Foxg1-201ENSMUST00000021333 2941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Tmem164-205ENSMUST00000112891 1654 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Mrfap1-201ENSMUST00000068795 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Trerf1Q8BXJ2 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Cep68-202ENSMUST00000109596 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Jund-201ENSMUST00000095267 1668 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Barhl1-203ENSMUST00000113849 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Gnpnat1-201ENSMUST00000046191 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Purg-202ENSMUST00000078058 1795 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Doc2a-201ENSMUST00000064110 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Srsf2-201ENSMUST00000092404 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Vcpkmt-201ENSMUST00000058639 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 H2afy-201ENSMUST00000016081 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Rell2-211ENSMUST00000176902 1835 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Fance-201ENSMUST00000088007 1581 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Btbd6-204ENSMUST00000221104 2085 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Aif1l-201ENSMUST00000001920 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Tcte2-210ENSMUST00000148430 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Snx21-203ENSMUST00000152471 1243 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 P4ha3-201ENSMUST00000057023 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Trim33-202ENSMUST00000106860 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Dynll1-202ENSMUST00000112090 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Fam20b-201ENSMUST00000086153 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Nckap1-201ENSMUST00000028386 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 P4htm-201ENSMUST00000006853 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Osbpl2-201ENSMUST00000040668 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Sdccag3-203ENSMUST00000114100 2099 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Podxl2-210ENSMUST00000145944 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Dynlrb1-204ENSMUST00000150602 788 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Zdhhc5-201ENSMUST00000035840 4706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Spns2-201ENSMUST00000045303 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Ing2-201ENSMUST00000080353 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Eif5a-208ENSMUST00000108611 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Rbfa-201ENSMUST00000025462 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Sh2d4b-202ENSMUST00000096000 1597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Trerf1Q8BXJ2 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
Trerf1Q8BXJ2 Nsun2-208ENSMUST00000176485 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
Trerf1Q8BXJ2 Eva1b-201ENSMUST00000052876 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trerf1Q8BXJ2 Col23a1-201ENSMUST00000102765 5658 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trerf1Q8BXJ2 Gm2415-202ENSMUST00000134688 401 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trerf1Q8BXJ2 Gm22567-201ENSMUST00000175542 342 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
Trerf1Q8BXJ2 Arhgef26-201ENSMUST00000079300 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trerf1Q8BXJ2 Gm15893-201ENSMUST00000143208 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trerf1Q8BXJ2 Trp73-204ENSMUST00000105644 5042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trerf1Q8BXJ2 Mpnd-209ENSMUST00000162883 1400 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trerf1Q8BXJ2 Magi3-202ENSMUST00000121198 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trerf1Q8BXJ2 Dapk1-202ENSMUST00000077453 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trerf1Q8BXJ2 Hey1-201ENSMUST00000042412 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trerf1Q8BXJ2 AC166358.2-201ENSMUST00000223403 734 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.6 ms