Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Qtrt1-201ENSMUST00000002902 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10620-201ENSMUST00000098379 1332 ntBASIC35.49■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Fndc4-201ENSMUST00000041266 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 4930526A20Rik-202ENSMUST00000142461 1628 ntBASIC35.49■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Scamp3-202ENSMUST00000098941 1338 ntTSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20548-204ENSMUST00000174528 791 ntTSL 3 BASIC35.48■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Glp1r-201ENSMUST00000114574 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp335os-201ENSMUST00000129364 1127 ntTSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Spr-203ENSMUST00000174769 1029 ntTSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Zfand2b-201ENSMUST00000027394 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Nsmf-213ENSMUST00000140737 862 ntTSL 5 BASIC35.47■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Pawr-202ENSMUST00000218332 870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Ccnh-201ENSMUST00000022030 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.46■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.46■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Tusc2-201ENSMUST00000010198 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.46■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 8430432A02Rik-201ENSMUST00000039080 1248 ntBASIC35.46■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem191c-213ENSMUST00000164950 1394 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.45■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Auh-204ENSMUST00000120535 1647 ntTSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Tcte2-202ENSMUST00000127032 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Tirap-207ENSMUST00000177129 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
Ccdc88bQ4QRL3 Efr3a-203ENSMUST00000172756 1411 ntTSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Txnrd2-213ENSMUST00000178093 1785 ntTSL 5 BASIC35.44■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Taf11-202ENSMUST00000114848 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17324-201ENSMUST00000165499 922 ntAPPRIS P1 BASIC35.44■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Rcc1l-201ENSMUST00000076228 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Bcas2-201ENSMUST00000005830 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 4930426I24Rik-202ENSMUST00000217797 1232 ntBASIC35.42■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Smim19-201ENSMUST00000033935 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Zgpat-202ENSMUST00000108807 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Zc3h8-201ENSMUST00000028866 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Bag1-201ENSMUST00000030125 1295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Msrb1-201ENSMUST00000101800 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.41■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Mapk12-201ENSMUST00000088827 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxw2-204ENSMUST00000113077 1670 ntTSL 5 BASIC35.4■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Timm8a1-201ENSMUST00000054213 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Snrnp40-201ENSMUST00000105994 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.39■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 A730098A19Rik-201ENSMUST00000188193 978 ntTSL 1 (best) BASIC35.39■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 AC158990.1-201ENSMUST00000221450 2016 ntBASIC35.39■■■■□ 3.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13241-201ENSMUST00000094493 780 ntBASIC35.38■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Nfkbil1-201ENSMUST00000048994 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Tpm1-206ENSMUST00000113686 998 ntTSL 5 BASIC35.37■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Psmd11-214ENSMUST00000173938 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.35■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 2900079G21Rik-201ENSMUST00000139552 1139 ntTSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkn2aipnl-201ENSMUST00000102763 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Ooep-201ENSMUST00000034900 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Cep97-205ENSMUST00000121703 609 ntTSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9847-201ENSMUST00000052528 599 ntBASIC35.35■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Q2-201ENSMUST00000074806 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Pstpip1-201ENSMUST00000059206 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Eri3-201ENSMUST00000037127 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12922-201ENSMUST00000120626 809 ntBASIC35.34■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxb7-201ENSMUST00000049352 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Krt10-201ENSMUST00000103131 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Prr7-201ENSMUST00000046533 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Clta-205ENSMUST00000107851 1135 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC35.33■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Porcn-203ENSMUST00000089402 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Sdccag3-203ENSMUST00000114100 2099 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.33■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Htra2-201ENSMUST00000089645 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 Rab26-201ENSMUST00000035797 1575 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.25
Ccdc88bQ4QRL3 B4galt1-202ENSMUST00000108096 1413 ntTSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Tk2-205ENSMUST00000212275 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.32■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Chml-203ENSMUST00000210367 1324 ntTSL 5 BASIC35.32■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 B3gat1-203ENSMUST00000159799 2021 ntTSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Stard4-203ENSMUST00000119991 941 ntTSL 5 BASIC35.31■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Yjefn3-202ENSMUST00000152938 785 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.31■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Pwwp2b-202ENSMUST00000172136 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16253-201ENSMUST00000148290 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Sumf1-206ENSMUST00000172188 723 ntTSL 5 BASIC35.3■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 5930403N24Rik-204ENSMUST00000217338 337 ntTSL 2 BASIC35.29■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10642-201ENSMUST00000098589 1610 ntAPPRIS P1 BASIC35.29■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Adora2b-201ENSMUST00000018644 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26558-201ENSMUST00000180559 861 ntAPPRIS P1 BASIC35.29■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Smim19-202ENSMUST00000163774 1435 ntTSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Alkal2-201ENSMUST00000067087 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 E130311K13Rik-201ENSMUST00000061706 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Psip1-202ENSMUST00000107214 1973 ntTSL 5 BASIC35.27■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Pkp2-203ENSMUST00000162150 1959 ntTSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29442-201ENSMUST00000188725 724 ntTSL 3 BASIC35.27■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC35.27■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Mnx1-202ENSMUST00000165512 2245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 86.5 ms