Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Gm11847-201ENSMUST00000125165 1119 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Gm15334-201ENSMUST00000131421 325 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Gm20522-201ENSMUST00000173576 784 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Hnrnpa3-201ENSMUST00000090792 1140 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Btbd6-204ENSMUST00000221104 2085 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col8a1Q00780 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Stmn4-203ENSMUST00000120229 1281 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Gm2011-201ENSMUST00000203124 1263 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Endod1-203ENSMUST00000214236 419 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Spcs1-207ENSMUST00000228767 1008 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Mrpl2-201ENSMUST00000002844 1031 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Arhgap9-201ENSMUST00000069548 1782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Gm9780-202ENSMUST00000184915 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Gm28731-201ENSMUST00000185564 1569 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Arl5a-201ENSMUST00000036541 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 6430628N08Rik-201ENSMUST00000132221 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Htra2-202ENSMUST00000113962 1305 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Gm8093-201ENSMUST00000128935 1892 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Dok6-201ENSMUST00000097495 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Gm4285-201ENSMUST00000131222 902 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Snhg6-203ENSMUST00000182580 473 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Dgcr6-201ENSMUST00000066027 1050 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 BC005561-201ENSMUST00000096452 5409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Gm26646-201ENSMUST00000180715 1490 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 E130311K13Rik-201ENSMUST00000061706 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 2700081O15Rik-202ENSMUST00000159348 4989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Gng5-203ENSMUST00000119130 593 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Gabbr1-209ENSMUST00000174456 1595 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Fbxo4-201ENSMUST00000022791 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Gm11586-201ENSMUST00000123060 566 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Rps2-208ENSMUST00000170715 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 AC116713.1-201ENSMUST00000215074 430 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 C1qc-201ENSMUST00000046332 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Trir-201ENSMUST00000047281 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 C1ql4-201ENSMUST00000064462 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Rtca-201ENSMUST00000000348 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Mblac1-201ENSMUST00000057773 1308 ntAPPRIS P1 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Slc35b2-205ENSMUST00000224905 1906 ntAPPRIS P1 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Fam241b-203ENSMUST00000124615 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Gimap1-205ENSMUST00000204168 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
Col8a1Q00780 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Akt1s1-201ENSMUST00000054343 1592 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Tmem59-202ENSMUST00000106753 1148 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 1810022K09Rik-201ENSMUST00000108365 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Kiss1-204ENSMUST00000194044 583 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Kiss1-205ENSMUST00000195286 656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Gm4553-202ENSMUST00000210925 1044 ntAPPRIS P5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Pop7-201ENSMUST00000031728 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Ski-201ENSMUST00000030917 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Msc-201ENSMUST00000027062 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Phax-202ENSMUST00000130163 1386 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 AC061963.1-201ENSMUST00000213180 1765 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 1810026B05Rik-203ENSMUST00000184587 5738 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Gm20421-201ENSMUST00000153344 672 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Gm9207-201ENSMUST00000198773 1115 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Gm9833-201ENSMUST00000061419 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Rhod-201ENSMUST00000048197 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Tmed2-201ENSMUST00000060226 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Pantr1-205ENSMUST00000177136 1543 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Klhdc10-202ENSMUST00000068259 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Gm10642-201ENSMUST00000098589 1610 ntAPPRIS P1 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Nsmf-213ENSMUST00000140737 862 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 AB124611-203ENSMUST00000173769 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Dleu2-209ENSMUST00000182957 352 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Gm37564-201ENSMUST00000195000 330 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Ltb-201ENSMUST00000025262 1160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Gm6139-201ENSMUST00000079261 882 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Rnf166-201ENSMUST00000014614 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Slc30a1-201ENSMUST00000044954 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Nfu1-202ENSMUST00000117583 950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Gm21964-202ENSMUST00000213641 1649 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Dynll1-201ENSMUST00000009157 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Eif5a-209ENSMUST00000108612 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Thap8-201ENSMUST00000014072 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Polr3gl-204ENSMUST00000145001 607 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Ypel3-210ENSMUST00000170882 1050 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Tcte2-201ENSMUST00000053376 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Cacna2d2-205ENSMUST00000168532 5807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Tuba1b-201ENSMUST00000077577 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Dnajc19-203ENSMUST00000117223 1695 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Cadm1-201ENSMUST00000034581 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Gpr3-201ENSMUST00000052090 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col8a1Q00780 Gpx4-201ENSMUST00000097227 995 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.1 ms