Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Bola1-203ENSMUST00000177442 692 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Dleu2-211ENSMUST00000183066 788 ntTSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Gm26571-205ENSMUST00000223215 591 ntTSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Shisa5-201ENSMUST00000026737 1834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Hpca-209ENSMUST00000164649 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Capn10-202ENSMUST00000117814 1268 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Gm43137-201ENSMUST00000198052 594 ntBASIC29.6■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Selenos-205ENSMUST00000206575 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Mrpl48-207ENSMUST00000146003 1625 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Dnajb2-207ENSMUST00000188290 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Gorasp2-203ENSMUST00000112205 1196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Pnkd-204ENSMUST00000113805 740 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Mrgbp-206ENSMUST00000169630 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Snrpa-201ENSMUST00000080356 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Lgals3-201ENSMUST00000142734 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Hsd17b3-202ENSMUST00000166224 1286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Rtn4rl2-201ENSMUST00000054514 1263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Smim19-202ENSMUST00000163774 1435 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Spint2-201ENSMUST00000098604 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Spcs1-207ENSMUST00000228767 1008 ntBASIC29.58■■■□□ 2.33
Col18a1P39061 Dap-205ENSMUST00000186547 535 ntTSL 3 BASIC29.57■■■□□ 2.32
Col18a1P39061 Rnf187-202ENSMUST00000217262 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
Col18a1P39061 Dtd2-202ENSMUST00000085404 1012 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
Col18a1P39061 Bex4-201ENSMUST00000116527 837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
Col18a1P39061 Gng5-203ENSMUST00000119130 593 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
Col18a1P39061 Cox14-201ENSMUST00000023761 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
Col18a1P39061 4930500M09Rik-202ENSMUST00000194988 1563 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
Col18a1P39061 Gm26571-201ENSMUST00000181399 666 ntBASIC29.55■■■□□ 2.32
Col18a1P39061 Ubtd1-201ENSMUST00000026170 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Col18a1P39061 Snhg6-203ENSMUST00000182580 473 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Col18a1P39061 Trnau1ap-201ENSMUST00000030730 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Col18a1P39061 Rbp4-202ENSMUST00000112335 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Col18a1P39061 Gm5874-201ENSMUST00000096101 508 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
Col18a1P39061 Ppp3cc-201ENSMUST00000078434 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Col18a1P39061 Aktip-205ENSMUST00000125257 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Col18a1P39061 2310061I04Rik-203ENSMUST00000148482 1193 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Col18a1P39061 Mlycd-201ENSMUST00000098367 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Pigp-204ENSMUST00000113914 912 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Kcnma1-215ENSMUST00000190339 890 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Gltpd2-201ENSMUST00000057685 1216 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 2310015A10Rik-201ENSMUST00000180643 1399 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Gm7291-201ENSMUST00000199147 382 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Gpr3-201ENSMUST00000052090 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Smox-202ENSMUST00000110179 1320 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Art1-201ENSMUST00000033300 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Ntsr2-201ENSMUST00000111064 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Cdk18-202ENSMUST00000112362 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Tmem158-201ENSMUST00000068140 1712 ntAPPRIS P1 BASIC29.49■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Nfkbil1-201ENSMUST00000048994 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Tarbp2-202ENSMUST00000100168 1278 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Stmn4-204ENSMUST00000121955 1361 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Ubxn1-202ENSMUST00000166407 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 BC022687-201ENSMUST00000037014 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 6230400D17Rik-202ENSMUST00000224976 1019 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Cdkn1c-202ENSMUST00000167912 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Mir7075-201ENSMUST00000184187 82 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Gm43173-201ENSMUST00000202246 593 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Wdfy1-202ENSMUST00000113510 704 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Wdfy1-203ENSMUST00000113511 704 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Gm27011-201ENSMUST00000182352 972 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Wdfy1-201ENSMUST00000048820 717 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Sccpdh-201ENSMUST00000040538 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
Col18a1P39061 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Gm12251-201ENSMUST00000117893 792 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Gm6569-201ENSMUST00000154520 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Gm15867-201ENSMUST00000159407 388 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Pigx-211ENSMUST00000189013 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Arl10-201ENSMUST00000026988 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Pigx-201ENSMUST00000096109 993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Tmbim6-202ENSMUST00000159209 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Tusc2-201ENSMUST00000010198 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Tmem9-202ENSMUST00000117950 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Gm27027-201ENSMUST00000183110 547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Porcn-201ENSMUST00000077595 1872 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Acot3-203ENSMUST00000223080 1545 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Gm8773-201ENSMUST00000101627 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Usf2-211ENSMUST00000172417 648 ntTSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Kazald1-201ENSMUST00000026234 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 4930444P10Rik-203ENSMUST00000151004 1001 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Cys1-208ENSMUST00000189849 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Gm3558-201ENSMUST00000163790 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Slc36a4-202ENSMUST00000115588 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Tk2-205ENSMUST00000212275 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
Col18a1P39061 Snx16-203ENSMUST00000195822 1084 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
Col18a1P39061 Fuz-214ENSMUST00000209132 853 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
Col18a1P39061 Gm3448-202ENSMUST00000097400 747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.29
Col18a1P39061 Nabp2-202ENSMUST00000164199 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Col18a1P39061 Mrfap1-201ENSMUST00000068795 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Col18a1P39061 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC29.38■■■□□ 2.29
Col18a1P39061 Gfra4-201ENSMUST00000028787 909 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Col18a1P39061 Gm10849-201ENSMUST00000100397 618 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
Col18a1P39061 Tcte2-209ENSMUST00000143162 1221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
Col18a1P39061 Hist2h3c2-201ENSMUST00000167403 1020 ntAPPRIS P1 BASIC29.37■■■□□ 2.29
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.3 ms