Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Manf-202ENSMUST00000159283 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Fam216a-201ENSMUST00000031419 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 1700034P13Rik-201ENSMUST00000181358 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Aktip-205ENSMUST00000125257 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Cys1-208ENSMUST00000189849 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Rab3ip-203ENSMUST00000219109 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 D130058E05Rik-201ENSMUST00000173856 1372 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Nnat-207ENSMUST00000173041 760 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Rab24-201ENSMUST00000035242 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 H3f3a-207ENSMUST00000162814 724 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Gm27253-201ENSMUST00000183670 367 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Ptms-201ENSMUST00000032216 1149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Hist2h2ab-201ENSMUST00000073115 444 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Purg-202ENSMUST00000078058 1795 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Hoxb9-201ENSMUST00000000010 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Gm6934-201ENSMUST00000194780 1905 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Ctsz-201ENSMUST00000016400 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Ncoa7-206ENSMUST00000215725 1445 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 2210011C24Rik-204ENSMUST00000190457 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Dynll1-201ENSMUST00000009157 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Rgs10-205ENSMUST00000145739 564 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Mta3-204ENSMUST00000112352 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Borcs6-201ENSMUST00000051888 1862 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Cgrrf1-201ENSMUST00000068532 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Homer3-203ENSMUST00000110124 2445 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Tmem120b-202ENSMUST00000111619 1256 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Gm40881-201ENSMUST00000223397 166 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Capza2-201ENSMUST00000015877 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Gm2415-203ENSMUST00000149952 435 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Sf3b1Q99NB9 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Gabbr1-209ENSMUST00000174456 1595 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Csnk1a1-201ENSMUST00000115246 1484 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Clta-206ENSMUST00000170241 1079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 4930500M09Rik-202ENSMUST00000194988 1563 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Naxd-202ENSMUST00000177955 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Abhd17b-201ENSMUST00000052556 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Ppp1cb-206ENSMUST00000202078 383 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Lgals3-201ENSMUST00000142734 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Ppp3cc-201ENSMUST00000078434 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Tmem41a-201ENSMUST00000023562 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Rtca-201ENSMUST00000000348 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Gm11837-201ENSMUST00000136992 876 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Prrt2-206ENSMUST00000202045 429 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Gm18190-203ENSMUST00000209944 389 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Irf5-201ENSMUST00000004392 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Tmem74b-202ENSMUST00000109872 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Hmg20b-202ENSMUST00000105323 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Hsd11b2-201ENSMUST00000034363 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Ubl3-204ENSMUST00000201595 2064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Pfdn4-204ENSMUST00000109148 736 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Alyref2-201ENSMUST00000081527 1273 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Gm8093-201ENSMUST00000128935 1892 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Zgpat-202ENSMUST00000108807 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 1700018A14Rik-201ENSMUST00000195587 711 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 1700020G03Rik-201ENSMUST00000211264 889 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Clec3b-201ENSMUST00000026890 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Pkig-202ENSMUST00000099105 640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 B3gat1-203ENSMUST00000159799 2021 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Lrrc3b-201ENSMUST00000055211 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Emc10-202ENSMUST00000118808 1872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
Sf3b1Q99NB9 Spsb3-202ENSMUST00000068508 2004 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Sf3b1Q99NB9 Gpx7-202ENSMUST00000184609 331 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Sf3b1Q99NB9 Gm10399-202ENSMUST00000202768 748 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
Sf3b1Q99NB9 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Sf3b1Q99NB9 Tspan17-201ENSMUST00000026993 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Sf3b1Q99NB9 Emc10-201ENSMUST00000118515 1662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Sf3b1Q99NB9 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Sf3b1Q99NB9 Gm9934-202ENSMUST00000191246 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Sf3b1Q99NB9 Med25-205ENSMUST00000207278 2287 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Sf3b1Q99NB9 Stmn4-204ENSMUST00000121955 1361 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Sf3b1Q99NB9 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Sf3b1Q99NB9 Ube2e3-202ENSMUST00000121433 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Sf3b1Q99NB9 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Sf3b1Q99NB9 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Sf3b1Q99NB9 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Sf3b1Q99NB9 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Sf3b1Q99NB9 Tcte2-210ENSMUST00000148430 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.4 ms