Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Ube2k-203ENSMUST00000201266 1449 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Gpr162-201ENSMUST00000046893 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Ccnjl-201ENSMUST00000050574 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Usp4P35123 A230052G05Rik-201ENSMUST00000050921 2302 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Gm21989-201ENSMUST00000174530 1609 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Usp4P35123 1700020L24Rik-201ENSMUST00000037378 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Inpp5a-201ENSMUST00000026550 2774 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Has1-201ENSMUST00000003762 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Usp4P35123 Klhl15-203ENSMUST00000113911 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Cntfr-203ENSMUST00000102961 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Tifa-202ENSMUST00000163775 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Usp4P35123 6430628N08Rik-202ENSMUST00000165938 1602 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Hsf1-207ENSMUST00000228371 2102 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Tcte2-202ENSMUST00000127032 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Smurf2-202ENSMUST00000103067 5290 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Gm42418-201ENSMUST00000182010 1831 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Nisch-201ENSMUST00000022469 5559 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Tbc1d10a-206ENSMUST00000180088 1921 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Retreg2-208ENSMUST00000190240 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Oaz2-206ENSMUST00000153700 1843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Smagp-201ENSMUST00000066068 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Tinagl1-203ENSMUST00000105999 1952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Notumos-201ENSMUST00000151998 2659 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Dvl3-201ENSMUST00000003318 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Dlk2-204ENSMUST00000170271 1783 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Gm16049-201ENSMUST00000155166 616 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Usp4P35123 AC153366.1-201ENSMUST00000218132 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Usp4P35123 AC153911.1-201ENSMUST00000220378 758 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Fkbp8-201ENSMUST00000075491 1698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Morf4l1-201ENSMUST00000085248 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Txnrd2-216ENSMUST00000206606 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Cox4i1-205ENSMUST00000181586 765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Ezh2-201ENSMUST00000081721 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Lrrc10b-201ENSMUST00000171400 2077 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Nr5a1-202ENSMUST00000112883 2994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Best2-201ENSMUST00000059072 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Usp4P35123 4930526A20Rik-202ENSMUST00000142461 1628 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Klhl15-202ENSMUST00000113908 1235 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Btbd6-201ENSMUST00000002880 2057 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Zfp3-201ENSMUST00000060444 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Usp4P35123 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Tfg-201ENSMUST00000065515 1945 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Zfp703-201ENSMUST00000127097 587 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Polr2m-201ENSMUST00000034720 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Tmem11-201ENSMUST00000062677 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Eml4-202ENSMUST00000096766 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Gm10642-201ENSMUST00000098589 1610 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Git2-214ENSMUST00000155908 2338 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Ints11-201ENSMUST00000030901 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Usp4P35123 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Tinagl1-209ENSMUST00000175992 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Stx3-202ENSMUST00000069285 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Serpinh1-202ENSMUST00000169437 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Usp4P35123 AC117245.4-201ENSMUST00000217388 1646 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Usp4P35123 B4galt1-202ENSMUST00000108096 1413 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Slc9a3r2-201ENSMUST00000002572 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Msto1-201ENSMUST00000107494 2093 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Chadl-201ENSMUST00000072910 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Cars2-201ENSMUST00000049461 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Hs6st3-201ENSMUST00000065904 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Usp4P35123 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Tmem45b-201ENSMUST00000048050 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Mau2-206ENSMUST00000212451 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Usp4P35123 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Phf12-202ENSMUST00000108360 3047 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Zfp69-201ENSMUST00000106280 2362 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Chn2-201ENSMUST00000046856 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Six5-201ENSMUST00000049454 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Glipr2-201ENSMUST00000030202 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Bcl11b-202ENSMUST00000109887 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Usp4P35123 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Pth1r-201ENSMUST00000006005 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Sh3rf3-202ENSMUST00000135526 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Usp4P35123 Htra3-201ENSMUST00000087629 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Usp4P35123 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.2 ms